基本信息
金钟男博导中国科学院计算机网络信息中心
电子邮件： zjin@sccas.cn
通信地址： 北京市海淀区中关村南四街四号
邮政编码： 100190

研究领域
高性能计算


教育背景2001-08--2006-08美国Emory University理学博士
1992-09--1997-08北京大学理学学士


工作经历

教授课程

专利与奖励
奖励信息（1） 首届“中国科学院超级计算应用奖”最佳应用奖, 一等奖, 院级, 2013

专利成果（ 1 ） 基于网格的计算化学应用整合系统, 发明, 2011, 第 1 作者, 专利号: 9.X
（ 2 ） 基于网格的计算化学过程可视化系统及控制方法, 发明, 2011, 第 1 作者, 专利号: 7.4


出版信息
发表论文（1）iProX: an Integrated proteome resource,Nucleic Acids Research,2019,第9作者
（2）异构计算量子化学软件的研发恰逢其时,中国科学基金,2018,通讯作者
（3）PGAweb: A Web Server for Bacterial Pan-Genome Analysis,Frontiers in Microbiology,2018,通讯作者
（4）基于Intel MIC平台大规模耗散粒子动力学模拟的设计与优化,计算机工程与科学,2017,通讯作者
（5）小分子配体模拟水分子: 计算模拟相同配体与不同蛋白之间的作用模式,科研信息化应用,2017,第5作者
（6）基于高性能计算环境的科学计算应用平台设计与实现,科研信息化应用,2017,第4作者
（7）基于云服务的计算化学社区,科研信息化应用,2016,第5作者
（8）一种生物大分子自动分片程序设计技术,科研信息化应用,2016,第4作者
（9）Three-dimensional Numerical Simulation of Viscoelastic Phase Separation under Shear: the Roles of Bulk and Shear Relaxation Moduli,Chinese J. Polym. Sci.,2015,第2作者
（10）Differential structural dynamics and antigenicity of two similar influenza H5N1 virus HA-specific HLA-A*0201-restricted CLT epitopes,RSC Adv.,2015,第3作者
（11）The formation and evolution of the high surface energy facets of anatase TiO2,J. Phys. Chem. C,2015,通讯作者
（12）Systematic study on G-protein couple receptor prototypes: did they really evolve from prokaryotic genes?,IET Systems Biology,2014,第1作者
（13）VCGDB: a dynamic genome database of the Chinese population,BMC Genomics,2014,第1作者
（14）International Conference on Theoretical and High-Performance Computational Chemistry,J. Phys. Chem. A,2014,第1作者
（15）HSA: A Heuristic Splice Alignment Tool,BMC Systems Biology,2013,通讯作者
（16）The challenge to the rule of homology modeling: folding mechanism study of protein G(A) and G(B) with high sequence identity but different native structures,Curr Pharm Des,2013,第2作者
（17）Binding free energy estimation for protein-ligand complex based on MM-PBSA with various partial charge models,Curr Pharm Des,2013,第2作者
（18）BAsplice: Bi-direction Alignment for detecting splice junctions.,IEEE Intl. Conference on Systems Biology,2012,通讯作者
（19）The International Exascale Software Roadmap,International Journal of High Performance Computing Applications,2011,第4作者
（20）The rate constants of the H+FO reaction and its isotope variant on two electronic states,Chemical Physics,2011,通讯作者
（21）基于CNGrid的GridMol中作业管理器的设计与实现,计算机应用研究,2011,第3作者
（22）基于深腾7000的NAMD千核性能分析,科研信息化技术与应用,2011,第2作者
（23）基于网格的计算化学应用整合系统,华中科技大学学报,2011,第3作者
（24）An Integrated and Grid Based Solution of Chemical Application,International Conference of Information Computation and Applications 2010,2010,第3作者
（25）GridMol系统中蛋白质显示与建模的性能优化,计算机工程,2009,第4作者
（26）GridMol: A Grid Application for Molecular Modeling and Visualization,Journal of Computer-Aided Molecular Design,2008,第4作者
（27）GridMol:基于网格的分子可视化建模应用系统,微电子学与计算机,2007,第4作者
（28）Quasiclassical Trajectory Study of the CH3+ + HD → CH2D+ + H2 Reaction,Journal of Physical Chemistry A,2007,第2作者
（29）An ab initio-Based Global Potential Energy Surface: Describing CH5+ → CH3+ +H2,Journal of Physical Chemistry A,2006,第1作者

发表著作（1）《高性能计算应用概览》第3章 高性能计算应用之生物学研究,清华大学出版社,2018-06,第1作者


指导学生已指导学生
卜景德**
万波**
王今晨**
邱英秋**
现指导学生
户忠哲**
陈新宇**
田英齐**
张帅**
贺雨晴 **