首都医科大学于2003年9月招收了40名首届药学本科学生。2004年2月25日成立化学生物学与药学院。2004年3月12日化学生物学与药学院揭牌，面向社会。
化学生物学与药学院在学校的统一规划下采用医学+生物学+化学的办学摸式。现已设立药物化学系、药剂学系、药理学系（含药事管理）、化学生物学系（含生物无机化学、生物有机化学、分析化学、物理化学）、基础中药学系（含中药理论、中药资源、中药品质、中药化学）等五个系和一个实验教学中心（含基础化学实验中心、专业课实验中心）。从而形成了五系一中心的教学建制。
学院在化学生物学与药学院的牌子下履行本科生和研究生教学功能，在首都医科大学药物研究所的牌子下履行新药研究功能。争取逐步形成一支队伍两种功能的办学模式。学院教职员总人数将控制在90人以内，招生人数控制在60名本科生/年和50名研究生/年。
学院在统筹考虑人品、学术、学位、年龄和学科五个因素，在贯彻引进外来人才、重组现有人才和聘请兼职人才的师资队伍建设策略的制约下,初步形成了由46人构成的教师队伍。其中具有硕士学位的教师17人占现有教师的37％，具有博士学位的教师9人占现有教师的20％。学院争取5年内每个学科引进一名60岁以下学科带头人、一至两名45以下具有博士学位的学术带头人、引进或培养两名40以下具有博士学位的学术骨干,形成学科带头人、学术带头人、学术骨干配套的格局。学院争取在2年内设立药物化学和药理学或药学一级学科博士点、促使年青教师通过在职申请博士学位改变青年教师队伍的学历机构，争取在7年内实现年青教师大都具有博士学位的远期目标。
建设一流学科是创建一流化学生物学与药学院的基石。学院在学科建设中采取重点发展以优势学科带头人为支撑的优势学科、优先扶持新兴学科的学科建设策略。按照这种策略引进先进的学术思想，使学院的优势学科和新兴学科在3年内达到国内中等水平、5年内达到国内先进水平。在国家利益的推动下，学院正在构建科学目标与产品目标兼顾、中西药研究并重、基础研究与应用研究有机结合的科研格局。针对心脑血管疾病、肿瘤及老年性疾病等三大疾病，发展以内源性物质及天然产物为代表的多领域并存的新药研究体系。
着力在国外知名杂志上发表高水平学术论文及申请国家发明专利是学院科研成果的主导思路。5年内争取国外杂志发表SCI论文的数达到当年论文总数的50%。争取在2006年学院（以在岗教师计算）人均SCI论文数和人均专利数达到国内知名药学院校当年水平。
逐步建立与北京地区制药企业的合作关系，积极为北京地区的制药企业提供产品支持、技术支持和人才支持是学院产学研结合的主导思路。在为医药经济服务的过程中，除积极开拓以一类新药为主体的应用研究外，鼓励实用性强、见效快的短线研究项目，力争2006年产品开发初见成效。
为了形成特色教学模式，学院确立了以系为建制的教学体制。系以下不设教研室，只设研究方向，使三级学科之间的渗透与融合以行政建制作保障。学院启动了按一级学科培养的课程体系，强化药学教育的理科特性,使学生的基础理论扎实、创新意识牢固、实验技能熟练、操作方法先进。
十年树木，百年树人。一流的学院不仅要一流的师资、一流的生源、一流的设施、一流的思维和一流的管理，还要优秀的传统。通过首都医科大学原有教师的优秀的传统与引进教师的优秀的传统相融合，年轻的化学生物学与药学院一定能够在很短的时间内形成学院的传统与文化。我们相信，化学生物学与药学院已经给社会留下了美好的感觉。