植物科学系是在原“植物生理生化”的国家级重点学科的基础上组建的。学科历史可以追溯至抗战前清华大学、及抗战时期西南联大的植物生理教研组，抗战结束后由汤佩松院士（建国后首批学部委员）和娄成后院士（文革前一级教授、文革后首批学部委员）在清华大学再建植物生理教研室。建国后成立原北京农业大学时，由汤佩松和娄成后两位院士组建植物生理教研室，由汤佩松院士任主任，汤佩松院士调至中科院后由娄成后院士任主任。教研室后更名为植物生理生化教研组，在娄成后和阎隆飞二位院士的领导下，经数十年发展逐步奠定了本学科的基础，于1986年被原国家教委首批审定为“植物生理生化”国家级重点学科。1991年，在原“植物生理生化”国家级重点学科的基础上，将原中国农业大学生物学院的植物学教研组和细胞生物学教研组合并而成立国家级重点学科“植物学”。并以植物科学系为基础，联合中国农业大学的其他研究室及浙江大学，于2002年科技部批准组建“植物生理与生物化学国家重点实验室”，本系首批“****奖励计划”特聘教授武维华博士任实验室主任。
植物科学系主要从事植物细胞与分子生物学机制的研究，包括5个主要研究方向：（1）植物体内物质运输和信息传递机制；（2）植物细胞骨架结构与功能的分子基础；（3）植物生长发育与器官分化调控的分子机理；（4）植物细胞信号转导分子机制；（5）植物耐低磷耐低钾的分子生物学基础；(6) 植物抗逆高效性状的生理及分子遗传机制。所有研究方向既保持了多年在国内外同领域独具特色的研究（如植物整体及细胞间信息传递机制研究），又不断融入了代表目前国际前沿的细胞及分子生物学水平的细胞信号机制研究（如植物细胞跨膜及胞内信号转导机制的研究）。在植物整体水平的逆境信息传递机制、细胞骨架的结构与功能、细胞第二信使系统的分子作用及调控机理、利用模式植物分离鉴定重要农艺性状基因、基因沉默等方面的研究具有鲜明特色和明显创新。
最近两年，在学校的支持下，植物科学系从国外大力引进在植物科学研究方面的杰出青年科学家加盟本系。目前已有从事植物抗逆及基因表达调控分子机制研究的巩志忠教授（目前担任国家重大基础研究计划（973项目）“作物高效抗旱的分子生物学和遗传学基础”首席科学家），从事植物发育分子生物学机制研究的叶德教授（原新加坡国立研究所主任研究员），从事生物信息学研究的苏震教授，全职回国，在植物科学系筹建了实验室，并招收博士及硕士研究生。在今后的1-3年内，将由更多的优秀科学家加盟本系。同时我们还聘请了一些国际著名科学家来本系担任兼职教授。目前，杨贞标教授（University of California, Riverside, 教授，植物G蛋白研究的著名科学家）已在植物科学系建立了实验室，并于2003年开始招收直博研究生及博士后研究人员。最近新成立的北京生命科学研究所（http://www.nibs.ac.cn）植物方面的研究员也在本系兼职，承担部分教学任务，并与本系合作，共同招收直博研究生。这些学生的基础课学习将在中国农业大学完成，研究论文将在北京生命科学研究所完成，并享受由北京生命科学研究所提供的一切待遇，包括奖学金等。完成学业后由中国农业大学及北京生命科学研究所共同授予博士学位。
植物科学系坚持以人为本的理念，对研究生进行严格、系统、全面的科研训练，要求学生及教研人员积极开展有创新意义的研究，鼓励学生和老师同国内外大学和其它研究机构进行积极的科学交流和合作。定期邀请国内外知名人士举办各种讲座，并鼓励研究生参加国内外的学术交流，营造健康活跃的学术氛围。
植物科学系师资力量雄厚，现有教职工35人，其中包括中国科学院院士1人，国家重点基础研究计划（973）项目首席科学家2人，教育部首批"****奖励计划"特聘教授1人，国家自然科学杰出青年基金获得者3人，教授12人，兼职教授4人。
植物科学系具有理科硕士学位和博士学位授予权。本系主要招收5年制直博生，并招收部分硕士及博士生。我们鼓励所有对植物科学研究感兴趣的青年报考植物科学系，尤其鼓励那些综合院校毕业的学生报考。本系从2003年起开始招收生物信息学博士及直博生，欢迎对这方面研究感兴趣的学生报考（包括计算机专业的学生）。
植物科学系设有植物学博士后流动站。本系各位教授均有招收博士后研究员的资格，欢迎博士毕业生与感兴趣的教授联系博士后工作。


系主任： 袁明 教授　
副系主任：邵小明 副教授

植物科学系教授：
娄成后 (院士)，王学臣，武维华，张大鹏，张蜀秋，汪 矛,袁 明，李 岩，

巩志忠，韩玉珍,叶 德, 苏 震,


植物科学系兼职教授：
杨贞标（University of California, Riverside,） 郭岩（北京生命科学研究所）王海洋（北京生命科学研究所）周俭民（北京生命科学研究所）


植物科学系副教授：
朱国利,李颖章，王幼群，张 军，韦三立，王 丽，邵小明，李连芳，张学琴