微生物学与免疫学系的前身是农业微生物学专业，创建于1958 年， 由我校植保系和土化系的微生物学教研组合并组建而成 ，是我国高等院校第一个农业微生物学专业。 1981 年被国务院学位委员会列为第一批博士点， 1988 年获准设立博士后流动站， 1993 年微生物学专业被评为农业部级重点学科， 1996 年成为国家 “211 工程 ” 首批建设学科点， 2001 年被评为国家级重点学科， 2002 年农业部批准设立“农业部农业微生物资源及其应用重点实验室”。2005年更名为微生物学与免疫学系。四十多年来，经过几代人的努力，目前已形成了基础理论，应用基础理论和产业开发全方位发展的微生物学研究体系，以及本科生、硕士生、博士生 和 博士后完整的人才培养体系。自本专业成立以来，共培养了硕士研究生 130 人，博士研究生 62 人。
本系师资力量雄厚，现有教职工 21 人，其中包括中国科学院院士李季伦和陈文新在内的教授 8 人，副教授 5 人，中级职称 7 人。另外，还聘请兼职教授 5 人。
本系开设了微生物生物学、微生物生理学、微生物遗传学、微生物分类学、农业微生物学、发酵工程、食用菌学、土壤及环境微生物学、病毒学等课程。主编教材 7 部，其中微生物学（第 2 版）获国家新闻总署优秀科技图书一等奖，普通微生物学及土壤环境微生物学获农业部高校优秀教材一等奖。
本学科的主要研究领域有微生物分类及系统发育、微生物生理及遗传学、发酵工程、药用及食用真菌、环境微生物学、分子病毒学和分子免疫学等。
几十年来，本学科始终抓住与农业生产密切相关的课题，保持稳定的研究方向， 在加强基础理论研究的同时，也注重农业微生物的应用研究。 倡导研究思想的活跃与创新，注重人才的培养，注重学科的交叉与延伸，取得了丰硕的成果。近五年来，全系承担的科研项目共 30 余项，有 100 余篇 研究论文被 SCI 收录。编写教材 4 部，并获得含国家自然科学奖在内的多项科技成果奖。

研究生专业设置
研究生招生专业： 微生物学
研究生招生方向 1．微生物发酵工程 2．固氮微生物资源与分类 3．固氮微生物化学
4．微生物基因工程学 5．药用及食用真菌 6．真菌遗传
7．微生物降解与环境微生物 8．分子病毒学 9．分子免疫