水利与土木工程学院是在原北京农业机械化学院农田水利工程系的基础上发展起来的，创建于1958年10月。1987年更名为北京农业工程大学水利与建筑工程系，1994年撤系建院，1995年随着北京农业工程大学与北京农业大学合并，学院更名为中国农业大学水利与土木工程学院，简称水院。
学院下设四个系、三个研究中心、一个国际培训中心、一个部级重点实验室、二个科研技开发实体。四个系分别是：水利工程系、流体机械与流体工程系、农业建筑与环境工程系、土木工程系；三个研究中心分别是：中国农业水问题研究中心、设施农业工程技术研究中心、节水农业工程技术研究中心；一个国际培训中心是：中国－以色列国际农业培训中心；一个部级重点实验室是：农业部设施农业生物环境工程重点开放实验室；二个科技开发实体分别是：北京市富通环境工程公司、北京市先飞农业工程高技术公司。
2002年，面积7000平方米的学院科研实验大楼在学校各学院拟建与在建的实验大楼中率先投入使用，学院还拥有多个校外教学科研基地，拥有功能齐全、设备先进的实验室硬件设备、多媒体学术报告厅和会议室等。
学院共有89名教职工，其中教师69人，包括****特聘教授1人、教授14人、副教授38人，具有博士学位者36人，博士学位者占教师人数的52％。 学院具有博士、硕士、学士三级学位的高层次人才培养体系。学院是农业生物环境与能源工程博士学位授权点和农业水土工程博士学位授权点。学院拥有的硕士学位授权点包括：农业生物环境与能源工程、农业水土工程、水土保持与荒漠化防治、流体机械及工程、水文学及水资源、结构工程。其中，农业生物环境与能源工程学科是农业部和北京市的重点学科。同时还在农业工程、农业电气化与自动化、机械设计及理论、城镇管理与区域规划等专业培养硕士和博士生。从1998年起，还招收包括工程硕士、推广硕士在内的专业学位研究生。学院现招收农业水利工程、农业建筑与环境工程、热能与动力工程、土木工程、水利水电工程专业的本科生。
现有在校研究生302人，其中博士52人，硕士250人，工程硕士103人，在校本科生1298人，学生总数达1600人。另外，学院现招有成人教育函授生（包括专升本学生）337人。 四十多年来，学院为国家培养了包括部长、省长在内的大批人才。因良好的的培养质量和极大的社会需求，学院各专业的毕业生越来越受到社会的广泛认可，近五年来，学生毕业一次就业率一直居学校前列，每年均在90％以上。2004年，水院各专业的一次就业率超95％。而热能与动力工程专业（流体机械与流体工程方向）的一次就业率一直居中国农业大学各专业之首，每年都达到或接近100％。
学院始终以教学、科研为中心，全面提高人才培养质量。学院的科研领域涉及节水、水资源与水环境、水力机械、农业生物环境、城镇规划、农村能源工程、土木建筑等，参与了包括长江三峡工程、南水北调工程在内的多项国家重点工程项目的研究与设计工作，获得国家、部、省、市级科技成果奖、教材奖60余项，获国家专利32项。目前承担"973"、"863"、国家自然科学基金等研究项目62项。仅2002年，进入学院的纵向科研经费达575万元，实验室专项建设经费760万元，公开发表学术论文109篇。
学院在多年的发展过程中，与许多国内外知名企业和院校形成了良好的合作与交流关系，多次接待国内外知名学者来校进行学术交流，学院教师中半数以上曾在日本、美国、英国、以色列、西班牙、俄罗斯等国长期工作、学习或讲学。 伴随着中国农业大学向世界一流农业大学目标的迈进，水利与土木工程学院正以崭新姿态跨入快速发展时期。