三色堇转录组SSR分析及分子标记开发

杜晓华*，杨雅萍，朱小佩，牛杨莉，刘会超

河南科技学院园艺园林学院，河南省园艺植物资源利用与种质创新工程研究中心，河南新乡 453003

出版日期:2019-04-25发布日期:2019-04-25


基金资助:河南省科技攻关国际合作项目（182102410029）；河南科技学院2017省部级成果奖培育项目（2017CG02）

Development of Genic-SSR Markers by Transcriptome Sequencing in Viola × wittrockiana

DU Xiaohua*，YANG Yaping，ZHU Xiaopei，NIU Yangli，and LIU Huichao

School of Horticulture and Landscape Architecture，Henan Institute of Science and Technology，Henan Province Engineering Research Center of Horticultural Plant Resource Utilization and Germplasm Enhancement，Xinxiang，Henan 453003，China

Online:2019-04-25Published:2019-04-25

摘要/Abstract

摘要： 为解决三色堇（Viola × wittrockiana）缺乏共显性DNA标记的问题，利用MISA软件对其转录组测序获得的167 576条unigene进行筛选，共检测出23 791个SSR位点，出现频率为14.20%，平均分布距离为6.75 kb。SSR位点中主导类型为三核苷酸重复，占总SSR的28.31%；其次是二核苷酸重复，占总SSR的12.86%。AG/CT与GAA/TTC分别是二核苷酸与三核苷酸的优势重复基元，分别占总SSR重复类型的4.01%和1.85%。利用Primer 3共设计出6 863对SSR引物。随机选择30对引物进行PCR扩增，其中18对引物可扩增出清晰、可重复条带，并在42份三色堇资源中表现多态性。基于扩增的多态性SSR信息，42份三色堇种质资源的聚类结果与其遗传背景基本一致。本研究中获得的18对SSR引物可为三色堇遗传图谱构建、功能基因定位等提供有力工具。
中图分类号:
S 682

引用本文

杜晓华*，杨雅萍，朱小佩，牛杨莉，刘会超. 三色堇转录组SSR分析及分子标记开发[J]. 园艺学报, 2019, 46(4): 797-806.
DU Xiaohua*，YANG Yaping，ZHU Xiaopei，NIU Yangli，and LIU Huichao. Development of Genic-SSR Markers by Transcriptome Sequencing in Viola × wittrockiana[J]. ACTA HORTICULTURAE SINICA, 2019, 46(4): 797-806.





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