周志刚长期从事水产动物消化道微生物学研究，在鱼类肠道菌群调控的理论、途径与实践等方面取得了突出成绩。创建了无菌斑马鱼生产方法和研究模型、消化道微生物高通量筛选体系等研究平台，提出梭杆菌门/变形菌门这一全新的鱼类肠道菌群靶向策略，及益生菌、益生元与益生元件三元调控途径。开展了鱼类肠道菌群三元调控途径的产业化研究，推进了我国鱼类减抗生产实践。上述成果已应用于国内20余个省市，覆盖我国水产配合饲料总量的14.4%。周志刚现担任中国农科院水产动物饲料创新团队首席科学家、中国-挪威鱼类消化道微生物联合实验室主任、国际水产动物消化道微生物研究联盟副主席等。发表学术论文160余篇，其中SCI期刊收录100余篇。
据悉，国家****科学基金项目支持在基础研究方面已取得突出成绩的青年****，自主选择研究方向，开展创新研究，培养和造就一批进入世界科技前沿的优秀学术带头人。自1999年以来，全院共有13位自主培养的科学家获得该类项目资助。
