姓 名： 李慧慧
性 别：女
职 称：研究员
联系电话：
电子邮箱：lihuihui@caas.cn
个人网页：
课 题 组：作物数量遗传

　　本人简历:
　　2009年6月获北京师范大学生物数学专业博士学位；2007年9月到2008年11月美国康奈尔大学Buckler实验室访问****，从事统计基因组学研究；2009年7月加入中国农业科学院作物科学研究所，现任作物基因与分子设计中心副主任，研究员。2014年入选研究所优秀青年培育人才计划，中国农业科学院“作物生物信息学”科技创新团队科研骨干，2019年荣获中国农业科学院“科研英才培育工程”院级入选者。农学国际顶级学术期刊《Theoretical and Applied Genetics》编委、《作物学报》编委；国家自然科学基金委项目评审专家。
　　研究方向:
　　利用高通量组学数据开展复杂性状重要基因定位（包括连锁分析和全基因组关联分析）；海量基因型数据连锁图谱构建、全基因组关联分析、全基因组选择育种预测算法开发和模型构建等生物信息学、统计基因组学和数量遗传学相关研究。
　　主要贡献：
　　自2007年以来一直致力于作物数量遗传学研究，围绕数量性状遗传解析方法及育种应用做出一系列创新性工作：1）创建精准多亲群体数量性状遗传分析方法；2）创制基于基因组大数据的高效分子辅助育种工具；（3）提出智能设计育种新策略。这些技术和软件体系在包括美国康奈尔大学、法国农科院、德国马普研究所等96个国家/地区的1,430家单位广泛应用。在Genetics，TAG，Molecular Ecology，Trends in Plant Science等期刊发表SCI论文46篇，其中第一/通讯作者（含共同）22篇，累计SCI他引3,125次，H-指数24。
　　获奖成果和荣誉称号：
　　2019年 中国农业科学院农科英才
　　在研的科研项目：
　　1、国际集成育种平台项目“A REGIONAL HUB OF THE INTEGRATED BREEDING PLATFORM”，2014年7月至2016年12月，经费26万美元。
　　2、国家自然科学基金面上项目“数量性状基因型到表型预测模型的理论及其在植物育种中的应用研究”（项目批准号**），2015年1月至2018年12月，经费86万元。
　　3、“十二五”农村领域国家科技计划子课题“基因发掘和分子育种数据处理分析系统建立”（项目批准号2015BAD02B01-2-2），2015年7月至2019年12月，经费43万元。
　　4、“十三五”七大作物国家重点研发计划项目子课题“玉米骨干亲本遗传框架图和预测模型构建”（项目批准号2016YFD**），2016年7月至2020年12月，经费100万元
　　5、作科所“优青培育计划”，2016年1月至2018年12月，经费60万元。
　　获得专利：
　　1、王建康，李慧慧，张鲁燕，孟磊，连锁图构建和QTL作图集成软件V4.1
　　2、王建康，李慧慧，张鲁燕，孟磊，连锁图谱构建和QTL作图集成软件V4.0
　　3、王建康，李慧慧，张鲁燕，孟磊，连锁图谱构建和QTL作图集成软件V3.0
　　4、王建康，李慧慧，QTL IciMapping 作图软件V1.4
　　5、李慧慧，王建康，染色体片段置换系群体模拟软件V1.0
　　主要论文和著作：
　　1. Jing Li#, Guobo Chen#, Awais Rasheed, Delin Li, Kai Sonder, Cristian Zavala Espinosa, Jiankang Wang, Denise E. Costich, Patrick S. Schnable, Sarah J. Hearne*, Huihui Li*, 2019. Identifying loci with breeding potential across temperate and tropical adaptation via EigenGWAS and EnvGWAS. Molecular Ecology, 28: 3544-3560
　　2. Fakiha Afzal, Huihui Li*, Alvina Gul, Abid Subhani, Ahmad Ali, Abdul Mujeeb-Kazi, Francis Ogbonnaya, Richard Trethowan, Xianchun Xia, Zhonghu He, Awais Rasheed*, 2019. Genome-Wide Analyses Reveal Footprints of Divergent Selection and Drought Adaptive Traits in Synthetic-Derived Wheats. Genes|Genomes|Genetics, G3 9: 1957-1973
　　3. Renyu Zhang#, Gen Xu#, Jiansheng Li, Jianbing Yan, Huihui Li*, Xiaohong Yang*, 2018. Patterns of genomic variation in Chinese maize inbred lines and implications for genetic improvement. Theoretical and Applied Genetics 131: 1207-1221
　　4. Huihui Li#, Awais Rasheed*, Lee T. Hickey, Zhonghu He*, 2018. Fast-forwarding genetic gain. Trends in Plant Science, 23: 184-186.
　　5. Huihui Li, Sukhwinder Singh, Sridhar Bhavani, Ravi P. Singh, Deepmala Sehgal, Bhoja R. Basnet, Prashant Vikram, Juan Burgueno-Ferreira, Julio Huerta-Espino. Identification of Genomic Associations for Adult Plant Resistance in the Background of Popular South Asian Wheat Cultivar, PBW343. Front. Plant Sci., 7: 1674.
　　6. Huihui Li, P. Vikram, R. P Singh, A. Kilian, J. Carling, J. Song, J. A. Burgueno, S. B., J. Huerta-Espino, T. Payne, D. Sehgal, P. Wenzl, S. Singh, 2015. A high density GBS map of bread wheat and its application for dissecting complex disease resistance traits. BMC Genomics 16:216 DOI 10.1186/s12864-015-1424-5.
　　7. Huihui Li, R. P. Singh, H.-J. Braun, W. H. Pfeiffer, J. Wang, 2013. Comparison of doubled haploids with conventional breeding in CIMMYT wheat breeding programs.Crop Science 53(1): 74-83
　　8. Ziqi Sun, Huihui Li#, Luyan Zhang, Jiankang Wang, 2012. Estimation of recombination frequency in biparental genetic populations.Genetics Research 94 (3): 163-177.
　　9. Buckler, S. E., J. B. Holland, M. M. McMullen, S. Kresovich, C. Acharya, P. Bradbury, P. Brown, C. Browne, M. Eller, E. Ersoz, S. Flint-Garcia, A. Garcia, J. Glaubitz, M. Goodman, C. Harjes, K. Hutchins, D. Kroon, S. Larsson, N. Lepak, Huihui Li, S. Mitchell, G. Pressoir, J. Peiffer, M. O. Rosas, T. Rocheford, C. Romay, S. Romero, S. Salvo, H. Sanchez Villeda, Q. Sun, F. Tian, N. Upadyayula, D. Ware, H. Yates, J. Yu, Z. Zhang, 2009. The genetic architecture of maize flowering time. Science 325: 714-718.
　　10. McMullen, M. M., S. Kresovich, H. S. Villeda, P. Bradbury, Huihui Li, Q. Sun, S. Flint-Garcia, J. Thornsberry, C. Acharya, C. Bottoms, P. Brown, C. Browne, M. Eller, K. Guill, C. Harjes, D. Kroon, N. Lepak, S. E. Mitchell, B. Peterson, G. Pressoir, S. Romero, M. O. Rosas, S. Salvo, H. Yates, M. Hanson, E. Jones, S. Smith, J. C. Glaubitz, M. Goodman, D. Ware, J. B. Holland, E. S. Buckler, 2009. Genetic properties of the maize nested association mapping population. Science 325: 737-740.
　　11. Huihui Li, S. Hearne, M. B?nziger, Zhonglai Li, Jiankang Wang, 2010. Statistical properties of QTL linkage mapping in biparental genetic populations. Heredity, 105 (3): 257-267.
　　12. Huihui Li, Luyan Zhang, Jiankang Wang, 2008. Windows QTL IciMapping v2.2.Institute of Crop Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing, China, 42p (available from http://www.isbreeding.net).
　　13. Huihui Li, J.-M. Ribaut, Zhonglai Li, Jiankang Wang, 2008. Inclusive composite interval mapping (ICIM) for digenic epistasis of quantitative traits in biparental populations. Theor. Appl. Genet. 116 (2):243-260.
　　14. Huihui Li, Guoyou Ye, Jiankang Wang, 2007. A modified algorithm for the improvement of composite interval mapping. Genetics 175 (1): 361-374.