学校现设有基础医学院、中药学院、针灸学院、管理学院、护理学院、国际学院、远程教育学院、继续教育学院、临床医学院、文法系、台港澳中医学部等教学机构。
学校致力于构建面向新世纪的以高层次教育为主体的人才培养体系，目前设有中医学、中药学、制药工程、针灸推拿学、公共事业管理（卫生事业管理）、工商管理（中药企业管理）、护理学、英语（医学）、法学（医药卫生）9个专业。其中中医学七年制含科研方向、针推对外交流方向、中西医结合方向等9个培养方向班，分别与南开大学、清华大学、北京师范大学和中日友好医院等单位联合培养。
截止2003年9月，学校各类在校生达到16160名，其中本专科生5950名，硕士研究生688名，博士研究生356名，来自41个国家和地区的留学生758名，台港澳学生416名，远程教育学员4897名，继续教育学员3095名。
我校是全国中医药院校中首批建立博士学科点和博士后科研流动站的单位之一，中医学、中药学、中西医结合医学3个一级学科均具有博士学位授予权，并均设有博士后科研工作流动站。学校现有6个国家级重点学科，10个部局级重点学科，3个北京市重点学科，重点学科建设在全国中医药院校中保持领先地位。
学校现有教育部重点实验室1个，北京市重点实验室2个，国家中医药管理局重点研究室2个。学校是国家理科人才培养基地、国家生命科学与技术人才培养基地，建设有“教育部中药制药与新药开发关键技术工程研究中心”、“教育部高等学校中医药现代化网上合作研究中心”，并与北京师范大学共建“国家大学科技园”。
创办于1958年的附属东直门医院是学校临床教学及医疗、科研基地。经过近半个世纪的艰苦创业，已发展成为一所医教研力量雄厚、科室齐全、设备完善、综合服务能力强并具有中医专科专病特色的综合性三级甲等医院。附属东方医院于1999年开诊，已建设成环境优美、布局合理、设备先进、人才优化、管理科学、医疗水平一流、中医特色突出、具有综合服务功能的国家级现代化的综合性中医医院。
建于1958年的药厂拥有雄厚的技术力量、齐全的生产设备和先进的工艺技术，现已通过小剂量注射液GMP认证。其拳头产品“清开灵注射液”自1992年以来连续三次被审定为全国中医医院急诊首选必备药品。
建校48年来，学校为国家培养各级各类中医药专门人才2万余名，为世界87个国家和地区培养各类中医药人才2342名。近几年来，学校先后与19个国家和港、澳、台地区建立了40个合作项目，与12个国家和地区的大学及学术团体合作开办了教学分院和医疗机构。
学校主办有国家一级学术期刊《北京中医药大学学报》、《北京中医药大学学报（中医临床版）》和《中医教育》杂志，是中医药学术交流的重要园地。
