计算机科学工程系源于1959年自动控制系设立的计算机专业。1972年，计算机专业并入无线电工程系，1980年，以计算机专业为基础建立了计算机科学工程系。在过去40多年的发展历程中，计算机科学工程系为我国国防工业和其它工业部门培养了大批从事计算机科学与技术的高级研究人员和工程技术人员，也为政府管理部门培养了一批优秀的管理人才。
　　
　　计算机科学工程系现有教师98人，其中教授14人，副教授29人；设有计算机应用技术博士后流动站，计算机应用技术博士学科点（北京市重点学科点），计算机软件与理论、计算机应用技术、模式识别与智能系统、导航、制导与控制四个硕士学科点，计算机科学与技术、软件工程两个本科专业。现有在校研究生650多人（其中博士研究生140人），在校本科生1250人，留学生13人。
　　
　　计算机科学工程系的主要研究方向有系统软件与开发环境，软件理论与技术，计算机体系结构，计算机网络，信息安全，专家系统工具，数据库，操作系统，数字系统设计自动化，多媒体技术，计算机图形学，虚拟现实与仿真技术，汉字信息处理，并行计算，计算机辅助技术与信息集成，计算智能，分布式计算与决策系统，计算机视觉，机器学习，数据挖掘与知识发现，人－机智能交互技术，自然语言理解等。