化学物理系成立于1958年9月。学校创建之初，由著名科学家钱学森、柳大纲和郭永怀创建。首任系主任是中国科学院力学所所长、中国科学院院士郭永怀先生。

　　化学物理系现设：中科院选键化学重点实验室，中科院批准的量子化学研究室和中国科大微结构研究所。还有激光化学、结构化学与理论化学、催化和表面科学、胶体电化学和燃烧化学研究室，以及物理化学，结构化学和化学物理基础教学实验室。

　　全系教职员工共60人，其中博士生导师16人，教授20人，副教授10人，高级工程师5人。另聘国内外著名学者15人担任兼职教授，诺贝尔化学奖获得者李远哲教授和物理奖获得者K.Siegbahn教授应聘担任本系名誉教授。在校博士生20人，硕士生60人，本科生210人，已培养本科生1500余人，硕士生202人，博士生20人。

　　化学物理系设有化学物理博士点、化学物理硕士点和化学专业学士点。本学科为科大211工程建设重点学科。本学科是介于化学和物理之间的边缘学科，她是以化学和物理的新成就及近代测试工具研究分子及各种聚集态的结构和性质及其变化规律的学科。着重从原子、分子水平研究那些化学和物理不可分或不宜分开的问题。因此本学科培养的学生具有坚实的数理化基础和良好的实验技能，成为适于从事化学和物理交叉学科的科技人才。本系实行4-2-3本科-硕士-博士连读制度，优秀学生可在9年内获得博士学位。