张洪
单位：管理学院
地址：安徽省合肥市金寨路96号中国科大管理科研大楼1031A
邮编：230026
电话：86-
个人主页： http://bs.ustc.edu.cn/chinese/profile-392.html
实验室介绍： http://staff.ustc.edu.cn/~zhangh/


个人简历 Personal resume


学习经历 1. 1993.9-1997.6，中国科大数学系计算数学及其应用软件专业，获理学学士学位。 2. 1997.9-2000.6，中国科大数学系应用数学专业攻读硕士学位（导师：赵林城教授），获理学硕士学位。 3. 2001.2-2003.12，中国科大统计与金融系概率论与数理统计专业（导师：应志良教授、赵林城教授），获理学博士学位。 工作经历 1. 2000.7-2011，中国科大统计与金融系，助教/讲师。 2. 2011.2-2018.5，复旦大学生物统计学研究所，研究员、博导。 3. 2018.6至今，中国科大统计与金融系，教授、博导。 博士后研究 1. 2004.3-2005.4，乔治华盛顿大学统计系（postdoctoral scientist） 2. 2006.8-2007.11，耶鲁大学医学院（postdoctoral associate） 3. 2009.1-2010.12，美国NIH国立癌症研究所（postdoctoral visiting fellow）


研究方向 Research direction


1、因果推断
2、医学影像大数据分析
3、遗传统计



招生信息 Enrollment information


生源知识背景：欢迎对统计计算/大数据分析/生物统计感兴趣，并具备扎实数理基础和计算机编程的数学/统计学/计算机科学/生物学等专业背景的本科毕业生报考本人的硕士/博士研究生。联系方式：可发e-mail至zhangh@ustc.edu.cn联系。学生待遇：除享受学校与管理学院/大数据学院规定的待遇外，还有机会获得在院内具有竞争力的助研费。


论文专著 The monograph


1)contamDE-lm: Linear model based differential gene expression analysis using next-generation RNA-seq data from contaminated tumor samples. - Bioinformatics - 2020年 -
2)An Efficient and Computationally Robust Statistical Method for Analyzing Case-Control Mother-Offspring Pair Genetic Association Studies - Annals of Applied Statistics - 2020年 -
3)A new semiparametric transformation approach to disease diagnosis with multiple biomarkers - Statistics in Medicine - 2019年 - 38: 1386-1398
4)Screening key genes and signaling pathways in colorectal cancer by integrated bioinformatics analysis - Molecular Medicine Reports - 2019年 - 20: 1259–1269
5)Adjustment of non-confounding covariates in case-control genetic associaiton studies - Annals of Applied Statistics - 2018年 - 12(1): 200-221
6)AntCaller: An accurate variant caller incorporating ancient DNA damage - Molecular Genetics and Genomics - 2017年 - 292(6): 1419-1430
7)armDNA: A functional beta model for detecting age-related genomewide DNA methylation marks - Statistical Methods in Medical Research - 2018年 - 27:2627–2640
8)multiDE: A dimension reduced model based statistical method for differential expression analysis using RNA-sequencing data from multiple conditions - BMC Bioinformatics - 2016年 - 17: 248
9)contamDE: Differential expression analysis of RNA-seq data for contaminated tumor samples - Bioinformatics - 2016年 - 32(5): 705-712
10)MAFsnp: A Multi-sample Accurate and Flexible SNP Caller Using Next-generation Sequencing Data - PLoS ONE - 2015年 - 10(8): e**
11)PLNseq: a multivariate Poisson lognormal distribution for high-throughput matched RNA-sequencing read count data - Statistics in Medicine - 2015年 - 34: 1577-1589
12)Semiparametric inference on the penetrances of rare genetic mutations based on a case-family design - Journal of Statistical Planning and Inference - 2013年 - 143: 368-377
13)Influence of population stratification on population based marker-disease association analysis - Annals of Human Genetics - 2010年 - 74:351-360
14)Statistical inference on the penetrances of rare genetic mutations based on a case-family design - Biostatistics - 2010年 - 11:519-532
15)Large sample interval mapping method for genetic trait loci in finite regression mixture models - Journal of Statistical Planning and Inference - 2009年 - 139:764-779
16)Genotypic association analysis using discordant-relative-pairs - Annals of Human Genetics - 2009年 - 73:84-94
17)Analysis of least absolute deviation - Biometrika - 2008年 - 95:107-122
18)Statistical methods for haplotype-based matched case-control association studies - Genetic Epidemiology - 2007年 - 31:316-326
19)Statistical analysis for haplotype-based matched casecontrol studies - Biometrics - 2006年 - 62:1124-1131