生物与环境工程系是我院最早建设的工科系之一，也是与德国下萨克森州开展教育合作的重点系之一。1980年合肥学院前身之一合肥联合大学建校时，首招两个本科专业“应用微生物”和“环境监测”；1985年组建“环境化学工程系”，逐步发展为“化学与生物工程系”、“生物与科学技术系”，2004年正式定名为“生物与环境工程系”。现设有生物工程、生物技术、环境工程、食品科学与工程等专业。

　　生物与环境工程系拥有较雄厚的师资力量，现有教工41，其中教授12人（含2名在学院任职的教师），副教授9人，兼职硕导5人；博士14人，四十岁以下教师队伍中具有硕士学位的教师达到100%。另有德国客座教授4人，国内客座教授5人，中国科大返聘教授1人。教师中享受安徽省政府特殊津贴1人，校级教学名师1人，安徽省高校学科带头人2人，安徽省高等学校科技拔尖人才1人，省级优秀中青年骨干教师2人，高等学校省级教坛新秀奖2人；此外，2人为中国微生物学会基础微生物学专业委员会和酶工程专业委员会委员；4人为安徽省生物工程学会理事；1人为安徽省微生物学会副理事长；1人分别为安徽省微生物学会和环境科学学会理事；3人为《生物学杂志》编委，其中1人为常务副主编。

　　生物与环境工程系目前设有生物工程、生物技术、环境工程、食品科学与工程、实验技术5个教研室，拥有先进的实验仪器设备和较为系统的研究条件。现有15个专业基础和专业实验室、一个校内实训基地、两个院级重点实验室、较完善的公共平台；仪器设备总价值达到近一千万元，与安徽安科生物工程（集团）股份有限公司、安徽华恒生物工程有限公司、安徽华伊美科技集团有限公司、安徽白帝乳业有限公司等单位联合建立了16个校外实习基地。