学院创建于1980年，是浙江科技学院最早建立的学科院系之一，创建前期依托与浙江大学的教学和科研紧密纽带关系，秉承了浙江大学“求是”精神和办学理念，20余年来依托中德合作办学，借鉴了德国应用科学大学（FH）高等工程教育办学经验，30年来的发展历程中，特别是近年来，倡导科学精神，培植人文素养，孕育和谐心灵，激发创新思维，凝练和培育了“科学、人文、和谐、创新”生化学院文化和精神，率先提出和实践了“‘实学实效’教学，强化‘三基’培养，造就做人实在、做事实干、做学问实用的‘三实’人才”的办学理念，将“化学工程与工艺”、“食品科学与工程”、“生物工程”、“制药工程”、“材料科学与工程”等5个专业集成交叉、融合，选择农产品化学与生物加工特色学科建设作为攻坚突破口，在国内同类院系中率先提出和培育实践的“农产品化学与生物加工”创新特色学科方向。
　　
　　学院拥有“浙江省农产品化学与生物加工技术重点实验室”、浙江省重点科技创新团队（农副产品生化制造创新团队）、浙江省“应用化学”重点学科、首批浙江省法人科技特派员、首批浙江省团队科技特派员、校中德农产品加工工业研究院和中德ZEHN联合研究院（中德四校合作），2009年“化学工程与技术”学科被列为校首批硕士学位授权建设一级学科，“化学工程与工艺”为国家特色专业和浙江省重点专业，与新安化工、浙江银象生物工程等上市公司和科技型企业设立“浙江科技学院—新安化工可再生能源研发中心”等13个产学研联合研发中心。
　　
　　学院现有在校全日制本科学生1300余人，教职工76人，具有高级职称45人，其中正高职14人，博士31人，具有德国、英国、日本等海外背景教师19人，具有企业工程背景教师27人。拥有浙江省“151”第一层次人才、国务院特殊津贴获得者、浙江省重点实验室主任、浙江省优秀教师、浙江省高校中青年学科带头人等21人。聘请包括法国科学院通讯院士等在内的国内外知名学者、企业高管等兼职/客座教授70余人。
　　
　　学院配备有超临界流体萃取中试工艺系统、超声波提取中试工艺系统、分子蒸馏分离中试工艺系统、制备液相色谱仪、辊筒干燥中试工艺装置、冷冻干燥中试工艺装置、层析分离中试工艺系统、液体产品加工中试工艺流水线、中试喷雾干燥系统及荧光光谱、高效液相色谱、气相色谱、红外光谱、原子吸收等大型仪器设备，仪器总价值1000余万元。
　　
　　几年来学院主持和承担国家自然科学基金、国家重点星火计划、国家科技部科技项目、国家教育部重点科研项目、浙江省重大科技攻关项目、省长基金重大专项及重大横向产业化开发项目等项目100余项，年到位科研经费700万元。
　　
　　学院为浙江省化工学会常务理事、 浙江省化工学会生物化工专业委员会副主任委员、浙江省食品学会常务理事、浙江省食品添加剂与配料行业协会常务理事、浙江省食品添加剂与配料行业协会技术专家委员会主任委员、浙江省生物工程学会理事、浙江省生物工程学会工业生物技术专业委员会副主任委员、 浙江省生物工程学会资源生物学专业委员会副主任委员、 浙江省食品工业协会理事、浙江省复合材料学会理事、浙江省肉制品工业协会专家组成员、浙江省“十一五”农产品深加工重大科技攻关专项专家组成员、浙江省“十一五”先进皮塑加工和装备重大科技攻关专项专家组成员、衢州市食品加工学会副理事长等等。
　　
　　生物与化学工程学院院长毛建卫教授：浙江省农产品化学与生物加工技术重点实验室主任、浙江省151第一层次人才、浙江省重点科技创新团队（农副产品生化制造创新团队）带头人、浙江省重点学科应用化学学科带头人、浙江省优秀教师、浙江省农产品深加工（食品）重大科技攻关专项专家组成员、浙江省化工学会常务理事、省化工学会生物化工专业委员会副主任委员、浙江省食品添加剂工业协会专家委员会副主任委员、浙江省食品工业协会理事、生化学院准工程师协会总顾问等。近几年在国内外和国际会议等发表研究论文和着作五十多篇（部），在大型企业和高校工作中，作为第一主持人主持承担过二十多项国家和省部级理论研究课题和工业化技术项目；包括国家教育部重点科学研究项目、国家级重点星火计划项目、国家科技部计划项目、浙江省重大科技攻关项目、浙江省自然科学基金项目、浙江省重点科技计划项目、重大横向产业化项目等。