近日，生物信息学顶级期刊《Briefings in Bioinformatics》（IF5=7.065）在线发表农学院樊龙江教授团队论文“Characteristics of plant circular RNAs”（https://doi.org/10.1093/bib/bby111）。该论文通过分析目前已发表的植物环形RNA（以下简称circRNA）数据，揭示了circRNA特征，包括它的来源、可变剪接（可变环化）现象、剪接信号特征、潜在的miRNA-circRNA网络等，并提出circRNA统一命名规则（图1）。论文通讯作者为樊龙江团队叶楚玉副教授，第一作者为博士生褚琴洁。




图1.不同植物物种中各种类型circRNA分布比例。该研究共定义了10种不同类型circRNA（A）和水稻、拟南芥等12种植物物种中的分布（B）

环形 RNA是由于特殊的反向剪接，使得下游序列与上游序列结合，引起序列的环化而形成。近年来circRNA分子在人类及动植物基因组中被大量鉴定，并被研究证明具有重要生物学功能，如作为 miRNA的靶标竞争分子、调控编码母基因表达、吸附蛋白等。事实上，该团队近年来一直从事circRNA工作，2015年在国际上率先证实水稻基因组中大量存在circRNA，该项工作发表在New Phytologist（Ye et al., 2015），在植物学界产生广泛影响，成为“Web of Science”高被引论文。同时，该团队前期构建的国际上第一个circRNA数据库PlantcircBase （Chu et al., 2017. Molecular Plant），目前已更新至第3版（图2），可通过http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/index.php访问。该版收集了更多的circRNA，整合了更多最新结果，并增加多项分析功能（如可视化等）。


图2.植物环化RNA数据库PlantcircBase 3.0主页


（作物所供稿）