近年来肠道微生态在人类健康和疾病中所起的作用引起了国际学术领域的广泛关注。一些慢性疾病如肥胖、炎性肠病（IBD）、糖尿病、代谢综合征、动脉粥样硬化和慢性肝病等都显示与肠道微生态相关。美国国立卫生研究院健康人类微生物组计划已生成了来自242名健康个体的不同解剖部位大型数据集。2009年美国国立卫生研究院（NIH）启动人体微生态研究计划（HMP）。项目负责人李兰娟院士团队分别于2007年和2012获中国科技部973项目计划支持，在微生态领域作出了很多成果。李兰娟院士于2012当选第五届国际微生态联盟（IHMC）主席。此次国家自然科学基金重大项目由2017年申报成功，凝聚了一批微生态学及肠肝疾病研究领域的顶尖力量，为突破“肠道微生态影响慢性重大炎症性肠肝疾病的机制研究”这一重大科学问题提供技术保障与人才支撑，是国家医疗领域，尤其是微生态领域重大项目之一。慢性重大炎症性肠肝疾病是世界上高发病率和高病死率的主要疾病之一，此次实施的重大项目以肠道微生态为切入点，深入揭示慢性重大炎症性肠肝疾病的机制，为临床转化研究提供新的诊断靶标与治疗靶点，具有巨大的经济价值和深远的社会意义，对我国人民的健康保障具有重要作用。
出席该启动会的有国家自然科学基金委员会医学科学部副主任孙瑞娟研究员，国家自然科学基金委员会医学二处李萃处长，浙江省自然科学基金委办公室林思达副主任，浙江大学医学院院长刘志红院士、常务副院长李晓明教授，浙江大学科研院柯越海副院长、基础研究与海外项目部陈良部长、浙江大学医学院及浙大一院科研管理领导、特邀专家中科院上海生命科学研究院陈雁研究员，复旦大学刘杰教授，中国人民解放军第四军医大学吴开春教授，上海交通大学房静远教授和马雄教授，浙江大学医学院副院长许正平教授，浙江大学李明定教授及各课题负责人，郑敏副院长主持启动会开幕式，项目负责人李兰娟院士主持学术讨论。
启动仪式上，国家自然科学基金委员会医学科学部副主任孙瑞娟对本项目的创新型、重要性、新颖性和前期工作基础等方面给予了高度肯定，并指出此次重大项目的启动对国家的肠道微生态领域有着重大意义，希望重大项目的研究成果能开辟新的理论学说，并引领国际微生态研究的前沿。
浙江省自然科学基金委办公室林思达副主任对李院士获得国家自然科学基金重大项目的成绩表示了热烈祝贺，并期待李院士率领的重大项目在今后获得丰硕成果。
浙江大学医学院院长刘志红院士代表浙江大学医学院对各位专家领导与会表示欢迎，同时感谢国家自然基金委和各位专家领导对浙江大学长期科研工作的支持和指导。
李兰娟院士指出当前微生态研究是国际科学研究的热点，国家自然科学基金委对本项目的支持，是抓紧了最前沿的研究领域，具有高度的科学敏感性；此重大项目的研究对于促进以及提升我国微生态发展建设方面的整体水平，引领国际微生态学研究，占领微生态学发展的制高点，为我国科技进步做出贡献具有极其重要的意义。
该项目由浙江大学牵头，由军事医学科学院微生物流行病研究所、中国人民解放军第二军医大学、上海交通大学共四所大学和研究所共同承担，浙江大学李兰娟院士担任项目负责人。李兰娟院士汇报了项目的主要研究内容、目标及工作方案等总体情况。随后课题负责人分别汇报了各自课题主要负责实施计划。与会专家和基金委领导就汇报内容进行问辩与讨论，高度肯定了该项目对于提供我国微生态与人民健康的深远的科学意义和广阔的应用前景，并对于项目实施具体规划提出了建设性意见。
