温州医学院药学院创办于 2001年，具有药理学硕士学位点。至 2004 年 8 月，有教职工 78 人 ( 含第一、第二临床药学教研室人员 ) ， 专职教师 59 人，其中高级职称 22 名， 5 位博士， 23 位硕士，是一支基础好、实力强、后劲足的师资队伍。

几年来，聘请了 11 位国内外药学专家为我院客座教授、特聘教授； 2004年2月，又特聘沈阳药科大学原副校长、有机化学教授于广慧，天然药物化学教授、博士生导师徐绥绪等两位专家作为学科带头人，加强我学院的教学、科研力量； 2005 年 1 月，学校又特聘（广州）暨南大学医药生物技术研究开发中心主任、国家教育部基因组药物工程中心主任李校堃教授担任药学院院长，开展基因工程药物与眼科相关药物的基础研究和开发、天然活性药物的基础研究与开发、生物活性材料的基础研究与开发等，旨在进一步提升药学院科研层次，促进产学研一体化建设，更好地以项目带动学科发展和师资队伍建设。

药学院的办学理念是：“同心同德同创业，求真求实求发展”。

2001年秋季开始，我院招收四年制药学专业本科生，招生数量逐年翻番； 2004 年又增设了中药学专业； 2005 年，计划招收药学专业、中药学专业和市场营销（药品方向）等三个专业。随着国家医药分开，执业药师准入制等有关政策、法规的实施，为药学院提供了广阔的发展空间，药学人才紧缺为药学专业毕业生提供了良好的就业前景。

我院教学、科研机构有化学教研室、药理学教研室、药学专业教研室、第一、第二临床药学教研室、温州医学院基础课 ( 分析测试 ) 实验教学示范中心 / 药学院实验中心 等，温州医学院生物与天然药物研究院、实验神经生物学研究所、天然创新药物研究所等隶属于我院，温州医学院医药生物技术与天然活性药物中试基地正在筹建中。我院的教学科研机构均具有强有力的教学、科研和社会服务能力。

学院拥有原子吸收光谱仪、红外光谱仪、气相色谱仪、电感藕合等离子发射光谱仪、电化学分析系统、高效液相色谱仪等先进科学仪器。近年来主持各级各类课题达 30 余项，在国内外专业期刊发表研究论文 200 余篇，其中多篇被 SCI 收录，出版教材、专著 20 余部，鉴定课题达 10 余项，获省部级、厅市级各类科技奖 5 项，在天然药物、农药解毒、神经药理学等方面形成了颇具实力的研究方向。基因工程药物与天然活性药物的研究开发也将成为温州医学院的一大亮点。

我院以开放性思维、国际化视野、前瞻性目光全面推进药学教育与科研工作，研究生教育、本科生教育、成人继续教育、专业人员培训，构成药学院特有的教育体系。

经浙江省食品药品监督管理局批准， 2004年开始，药学院已成为浙江省执业药师继续教育施教机构，同时具备执业药师继续教育学分授予权。