学院有一支热爱中医药教育事业，教学实力雄厚的教学、科研、医疗队伍。现有联合培养博士生导师2人，硕士生导师82人，正高职称221人，副高职称333人。国家级有突出贡献专家1人，省级有突出贡献专家3人；享受国家级政府特殊津贴的专家7人，享受省级政府特殊津贴的专家3人，享有云南省名中医、名誉名中医称号6人。学院还聘请了一批国内外知名学者担任名誉教授、客座教授。

　　学院教育层次完整，以本科、硕士研究生教育为主，兼有专科、高职教教育。设有全日制教育、成人教育、民族医药教育及对外教育多种教育类型。学院现有涵盖医学、理学、工学、管理学学科的14个本科专业及专业方向；有7个专科及高职教教育专业。11个硕士学位授权点，40个研究方向。

　　学院设中药学院、临床医学院、基础医学院、成人教育学院、研究生部、社科部、公共课程部、针灸推拿系（筹）等四院三部一系。现有1 个国家中医药管理局局级西部重点学科，5个省级重点学科；1个省级重点专业；与广州中医药大学联合博士点2个； 11个研究机构，8个综合性实验室（下设24个专门性实验室），2个院级重点实验室，1个中药标本馆（其中有全国中医药院校独有的《神农本草经》标本室和《滇南本草》标本室）。

　　学院拥有以中医药诊疗为主，中西医结合并重，注重突出中医特色的教学、实习医院等实践性教学基地。现有4所附属医院、6所教学医院、20所实习医院、27个医学教学实习点及多个专家门诊部，共计5000余张病床。

　　学院注重产学研一体化工作，2001年12月正式进入云南省国家级大学科技园，成立“云南省国家级大学科技园云南中医学院分部”。作为国家食品药品监督管理局“国家药品临床研究基地”，承担了多种国家级新药的临床实验和研制工作，取得了多项省部级和厅局级科研成果。作为云南省国家中药现代化科技产业（云南）基地建设领导小组成员单位，积极参与“云药”产业的建设工作。

　　学院具有接收外国留学生学历教育资格和港澳台学生学历教育资格，是云南省较早进行对外交流合作的高等院校之一，也是全国较早在国外办学的中医药院校之一。从2001年起，每年和泰国宋卡王子大学互派师生学习交流，在昆明举办联合汉语教学班，接收该校学生到我院学习高级中文。与西班牙、法国、澳大利亚、德国、瑞士、美国、泰国等10余国家和地区20余个教学、科研、医疗机构建立了合作关系，开展教育合作、学术交流和科学研究。招收美国、澳大利亚、德国、瑞士、日本、泰国、越南等10余个国家的留学生及港澳台地区学生，努力传播博大精深的中医药文化，促进中国与各国、各地区之间的教育、科技、文化交流。

　　《云南中医学院学报》是中国科技核心期刊，在国内具有较大的学术影响。学院建成开通连接国际互联网和中国教育科研网的“云南中医学院网站” (www.ynutcm.edu.cn)，还建立了较完善的校园网，部分实现了教育信息化、校园数字化。