2002年全所经机构调整，现设有植物区系地理与民族植物学研究室、植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室和植物园。建所六十多年来，在中国科学院的领导和全所职工共同努力下，昆明植物研究所已成为在国内外有较大影响的植物学科研机构。本所已有3人获得中科院“百人计划”项目支持；3人入选“国家百千万工程”；3人获得国家杰出青年科学基金；6人入选中科院“西部之光”培养计划；17人入选云南省学术技术候选人培养计划，形成了在培养跨世纪科技人才方面不同层次、不同学科领域的基本格局，有一支老、中、青相结合、并具较强竞争实力的科研及教学队伍。已取得各类科研成果 511项，获奖成果222项，其中获国家级成果奖16项，省部级成果奖140项，编撰专著100余部，发表论文2300多篇。1997年，经过全所职工的共同努力，正式列为中科院改革试点和学科定位单位，成为中科院首批进入改革试点的18个研究所之一。1999年昆明植物研究所首批进入国家知识创新工程基地建设行列，成为中科院“西南生物资源与生物多样性保护与发展研究基地”试点单位之一，2001年基地建设进入全面推进阶段。
研究所在职的科研和管理人员235人，其中有中国科学院院士3人，研究员31人，副研究员、高级工程师和高级实验师42人，30余人具博士学位（其中14人在国外获博士学位）。昆明植物研究所从1979年开始招收硕士研究生，1986年起开始招收博士研究生。现有在读博士、硕士研究生160余人。本所具有植物学博士、硕士学位授予权，新增药物化学硕士学位授予权。有博士生导师15人和硕士生导师30余人。1991年经国家人事部批准设立博士后科研流动站。
本所占地934亩，房屋建筑面积5万多平方米。拥有多种大中型现代仪器设备，如400兆和500兆超导核磁共振仪、高分辨质谱仪、超速冷冻离心机、激光共聚焦显微镜等。标本馆收藏植物标本120多万份，图书馆藏书20余万册。新建成的图书馆和网络信息中心、植物标本馆、物业中心楼、文化广场及新装修的两幢研究生公寓为研究所全面开展工作提供了良好的技术支撑和后勤服务。
本所负责编辑出版的《云南植物研究》（1979年创刊）是发表我国植物学科学论文的主要学术刊物之一，也是我国自然科学核心期刊之一，已发行到英、美、日、德、法等30多个国家和地区，2000年获中国科学院优秀期刊一等奖。
昆明植物研究所有广泛的学术交流和良好的国际合作关系，历年来在中科院均评为A级。利用院公派及国际合作等多种渠道，先后派遣400余人次到二十多个国家和地区进行学术考察、访问、进修和参加学术会议。与日、美、英、德、法、俄等二十多个国家和地区建立了国际合作关系。近年来与德国Bayer公司、美国密苏里植物园、麦克阿瑟基金会、福特基金会、日本津村制药株氏会社、日本三得利公司、日本富山中央植物园、日本岛根县、松下电器、日本津村顺天堂、英国爱丁堡植物园、国际山地综合开发中心、国际遗传资源研究所、国际混农林研究所、泰国卫生部以及国内的丽珠、三九、红河酒业、奥妮、云南格桑花卉公司、云南河口绿大地公司等企业开展了广泛的合作。
