新疆生态与地理研究所主要研究领域和工作总目标是：面向国家西部大开发对新疆优势资源转换、生态和边疆安全、基础设施和生态建设、区域可持续发展和全面建设小康社会的战略需求，在绿洲生态过程与绿洲生态农业开发、退化生态系统恢复与沙漠化治理、优势资源转换与区域可持续发展三大领域，开展前瞻性、战略性和基础性研究，推动关键技术创新和系统集成，强化高层次科技和政策咨询；创建在国际干旱区资源环境研究领域有重要影响的国际知名研究所；研究所目前已与50余个国家建立了合作关系，交往频繁，在国际干旱区资源与环境研究领域有重要影响。

　　研究所现有自然地理学、人文地理学、环境科学、植物学、生态学、水土保持与荒漠化防治学、地图学与地理信息系统等7个硕士点和自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、植物学、生态学5个博士点。研究所建有国家荒漠-绿洲生态环境建设工程技术研究中心；中国科学院绿洲生态与荒漠环境重点实验室；干旱区遥感与地理信息系统重点实验室；阜康荒漠生态系统观测试验国家站（兼MODIS卫星地面数据接收站）；策勒荒漠生态系统研究国家站；阿克苏绿洲农业生态系统研究国家站；中国科学院干旱区荒漠植物园；这些大型仪器设备、实验平台、国家重点实验室、野外研究站和卫星地面数据接收站构成了“三位一体”的研究干旱区陆表过程的重要科研和技术支撑平台。

　　现有职工295人，其中科技人员231人，包括研究员31人、副研究员和高级工程师等84人。2001年以来进入创新试点128人，其中研究员30人，副研究员47人。在科技人员中，有获国务院特殊津贴专家46人、国家有突出贡献中青年专家1人、新疆优秀专家14人，客座研究员16人，引进中科院“百人计划”6人，建立一支以中青年导师为骨干的研究生导师队伍。现有在学研究生320人，其中博士生120人，硕士研究生200人。

　　建所以来共获科研成果奖237项，其中获联合国UNEP奖2项，国家级奖励23项，省部级二等奖以上108项。2005-2008年，研究所获奖成果上升到一个新的档次，其中国家科技进步二等奖5项、省部科技进步二等奖以上19项，并获中国十大科技进展3项。向中央和国家有关部门提出战略和政策咨询报告多份，为国家有关政策、规划提供了科学依据。

　　拥有仪器设备总价值6300多万元，拥有MODIS卫星接收系统、激光雷达、电子显微镜、GIS系统等重要设备。

　　建所以来共申请专利60项，获专利授权31项，其中发明专利17项，实用新型专利14项。进入知识创新工程以来共申请专利50余项。

　　挂靠有新疆植物学会、土壤肥料学会、地理学会、遥感专业委员会、治沙暨沙产业学会等5个省区级学会，主办了《干旱区研究》、《干旱区地理》汉、维文版4种学术季刊，新办《J.Arid Land》英文期刊。拥有新疆科学数字图书馆，馆藏图书49万册、期刊36万册、资料2万余册、图件73万余份。研究所标本馆馆藏各类标本10万号以上。