21世纪是知识经济时代，中国社会主义市场经济走向成熟的重要历史时期。为适应21世纪社会、经济和人自身发展的需要，中国的高等教育正从过去适应计划经济的旧体制迈向适应社会主义市场经济的新体制。中国的高等教育在理念、体制、管理模式等方面必将发生深刻变革，高等教育在我国现代化建设中的地位，也越来越重要。高等教育改革的实践呼吁高等教育改革的理论创新。

　　1983年，南开大学决策层为适应开展中国高等教育研究的需要，高等教育体制改革中出现的新情况，新问题开展系统研究，成立了高等教育研究室，在校长直接领导下开展工作。1998年12月，南开大学领　　导集体强调指出：现代高等教育研究是现代高等教育改革和发展的重要基础和动力。 学校鼓励对21世纪中国和世界高等教育学进行深入研究，将教育教学研究成果作为学校对各院、系教学评价的指标之一，并决定在原高等教育研究室基础上，成立高等教育研究所。

　　经过数年的发展，高等教育研究所于2000年获得高等教育学硕士学位授予权。同年9月，学校领导集体为建设高水平大学，在实行学院制，深化校内机构改革中，为尽快恢复和重建南开的教育学科，将高等教育研究所从学校本部行政单位中拨离出来，建成以教育科学研究与人才培养为主，同时为学校改革与发展服务的学院级学术研究机构。

　　南开大学具有优良的传统，出现过很多著名教育家，拥有自己的办校风格和有特色的教育思想及教育方法。早在20世纪20年代，南开大学就创立了教育学科，但于1952年院校调整是被取消。南开大学是国内外著名的综合性大学，高等教育研究所将发挥我校综合学科实力强的优势，发展南开教育学科。与我校各优势学科相结合，开展高等教育思想理论、高等教育经济学、高等教育史学、发展高等教育学、国际高等教育比较、企业内高等教育、高等教育心理学等方面的研究，以尽快形成南开高等教育学研究特色。

　　高等教育研究所将以现有高等教育学硕士点为基础，培养高等教育学高级专门人才，并适时地发展教育学科本科专业，创造条件申请高等教育学博士学位授予权。争取通过“十五”期间或更长一段时间，把南开大学高教所建成我国高等教育学领域的重要人才培养基地。

　　高等教育研究所在开展高等教育理论研究的基础上，把高等教育理论转化为教学实际的同时，把我校及全国高等教育改革的经验提升为理论成果；为交流高等教育改革的经验；对改革中的热点问题畅所欲言、各抒己见；在高等教育这块园地里创造百家争鸣的学术研究氛围；以实实在在地推动教育教学改革，为我校及全国的高教改革与发展服务，于1986年南开大学创办《南开教育论丛》学术季刊，由高等教育研究室主办。