针对研究生入学考试中“考分最高”与“水平最高”之间往往不能划等号的现象，南开大学还决定，将从考试方式、增加学院和导师自主权、加强监督管理方面入手提高生源质量、改善生源结构，将部分“高分低能”考生拒之门外，确保录取到水平最高的考生。

　　南开大学鼓励各学科根据自身特点，强化复试过程。目前，化学学院已经实行“复试否决制”，复试成绩不合格的考生，初试成绩再高也将落榜。南开大学研究生院副院长李靖说，研究生考试过窄的命题范围容易造成“应试教育”，不易考核出考生的真正水平、综合知识和能力。有关院系在严谨负责的前提下，由导师和专家委员会讨论是否对考生实行“复试否决”，只要有理有据，学校便会予以支持。

　　由于良好的品牌效应，南开大学成为全国大学生报考研究生的最热门高校之一。2005年硕士研究生录取2550人，报名人数则达到15577人，报名录取比超过6.1：1，高过北京大学5.1：1的比例，在全国高校中处于领先地位。

　　对于考生，学校致力于建立科学的研究生考试和选拔制度，从中筛选出优质生源予以培养。在研究生考试题目的设计中充分利用自主出题科目，把握试题的难易程度，最大限度地检测出考生的能力和潜力。在统一出题的科目认真分析有关试题，确定选拔的合适标准，做到宁缺毋滥。在复试中做到公平、公正、公开的同时，适度扩大面试的比重，特别注重整体素质和发展潜力的考核，使那些基础扎实、善于思考、有研究潜力的学生进入研究生学习阶段。在选拔制度上，逐步扩大专业学院选拔研究生的决策权。在此基础上，逐步扩大导师在博士生选拔中的自主权，使导师可以根据自己发展学科的特点、课题研究的需要和自己的课题与经费确定招生的数量和人选。此外，学校还将加大“考核攻博”的力度，通过“免试推荐”、“转攻博”和“直攻博”等方式吸引更多的优秀生源。