计算机科学与技术系是在原计算机与系统科学系基础上组建而成。南开大学开展计算机软件研究工作始于1958年，计算机软件专业创建于1977年，是我国最早从事软件研究与教学的院校之一。
　　
　　计算机科学与技术系设有计算机科学与技术本科专业，设有计算机软件与理论、计算机应用技术、计算机系统结构等3个专业硕士点。主要研究方向有：并行技术与应用、并行与分布体系结构、计算机协同工作与工作流技术、计算机网络与信息系统、计算机安全与密码学、网络安全技术、Internet技术、软件工程与理论、数据库与数据挖掘、软件开发环境、Java技术、嵌入式系统、语言识别与OCR技术、计算机视觉及图象处理、人工智能理论与应用研究、多媒体技术与应用、宽带网络技术、远程教育技术与应用。
　　
　　计算机科学与技术专业培养目标是：培养学生具有坚实的数理基础，掌握计算机领域的基本理论与知识，熟悉计算机系统和应用环境，掌握计算机系统的分析、设计的基本方法，具有从事计算机前沿技术研究和大型应用软件与系统设计、开发能力的计算机软件、硬件与网络技术的高级专门人才。开设的主要课程有：程序设计、离散数学、数据结构、数据库技术、操作系统、编译原理、数值计算方法、Java应用技术、计算机网络、局域网技术与应用、网络与信息安全、人工智能、软件工程、信息系统分析与设计、计算机体系结构等。
　　
　　十几年来，该系先后承担国家科技重大工程、国家863高技术、九五科技攻关、自然科学基金和各部委及天津市开发项目100余项，其中并行技术与并行体系结构设计研究、信息安全技术研究处于国际先进水平，曙光计算机示范工程项目达到国内领先水平。