西安医学院口腔医学系前身是临床医学系口腔医学专业，该专业设置于2002年，同年开始招生。经过数年建设与发展，于2005年成立口腔医学系，设有口腔医学专业（本、专科）和口腔医学技术（口腔工艺技术方向）专业（专科）,目前在校本、专科学生600余人, 现已逐步形成了明确的办学指导思想和办学思路，初步具有了集教学、科研和医疗于一体的专业体系，形成多专业、多层次的应用型人才培养模式。2012年被批准为我校第二批校级重点扶持学科。

重点学科建设方向：1、牙体牙髓疾病病因及防治研究：本研究方向依托口腔医学、地质学科优势和特色，与环境科学交叉，综合流行病学、环境地球化学、环境地理学和口腔医学几大重点学科，重点研究环境微量元素与龋病患病关系以及影响。2、种植义齿的临床应用研究：本研究以种植义齿治疗及普及过程中医生及患者的人格特征、心理状况作为切入点，对种植义齿临床应用现状进行调查，并研究和分析社会心理因素在种植义齿普及、治疗、预后等方面的影响和作用。