李钢
职称/职务：教授
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传真：
电子信箱：gli@snnu.edu.cn
研究方向：基因组学
办公地点：格物楼3134
个人简介

李钢博士于2008年在中国科学院动物研究所获得生态学博士学位，之后在美国德克萨斯州农工大学(Texas A&M University)兽医学和生物医学学院(该学院为全美兽医类排名前五)以博士后、副研究员身份长期从事动物基因组学研究。其研究工作家养动物人工驯化的遗传基础、动物表型变化的遗传机制、雄性Y染色体的结构功能变化等等。
李钢博士已发表SCI索引科研论文26篇。近年来以第一作者或并列第一作者和通讯作者身份在期刊《基因组研究》Genome Research（IF= 13.79（五年平均影响因子））上发表了2篇 （均为第一作者)研究论文, 在 《美国国家科学院院刊》PNAS(IF= 10.41)发表了2篇 研究论文（第一作者和并列第一作者各1篇)，以及《分子生物学与进化》 Molecular Biology and Evolution（IF= 14.56）发表了1篇（第一作者）和Science子刊杂志《科学进展》Science Advances发表了1篇 (IF=11.5 并列第一作者)等一系列科研论文。 李钢博士发表的科研论文被引用总次数为1306次。李钢博士所发表文章总影响因子之和大于150。其中一作者、通讯作者的论文文章影响因子之和大于75，一作文章总引用次数大于500次.李钢博士受邀成为多个国际学术期刊审稿人。其中PLOS Genetics, Molecular Biology and Evolution等等。


科研工作媒体报道
1)家猫基因组研究:
科学杂志： Scinece “The genes that turned wildcats into kitty cats”;
洛杉矶时报：Los Angeles Times “Semi-domesticated? House cats not far removed from wild, genome shows”;
华盛顿邮报：Washington Post“Scientists investigate the cat genome to see how wildcats turned into lazy furballs”;
NBC新闻：NBCnews “Genome Reveals How Cats Evolved to Tolerate Humans”;
FOX新闻：FOX News“Will purr for treats: How cats became domesticated”;
芝加哥论坛报：Chicago Tribune“Cat genome shows human and feline evolved to get along, mostly”;
U.S. News & World Report“Domestic Cats' Genes Made Them Purrfect Companions”;
雅虎新闻 （英国）Yahoo News UK“Fondness for treats may have helped cats become pets”;
澳洲人报：The Australian“Cats cosy up for rewards: study”;
雅虎新闻 （印度）Yahoo News India“Cats' genome reveals they, unlike dogs, are only 'semi-domesticated'”;
日本时报： The Japan Times“Fondness for fatty treats may have helped cats become house pets”;
南华早报： South China Morning Post“US researchers find DNA of domestic cats closely related to wild felines”.
2)蝙蝠基因组研究:
科学杂志：Science：“Speech Gene Gone Batty”;
美国科学人：Scientific American“The "language" gene FOXP2proves critical for animal vocalizations”;
ScienceDaily “Gene Involved In Human Language Development Also Involved In Bat Echolocation”;
ScienceDaily “Molecular Evolution Is Echoed In Bat Ears”;
3)猫科豹属分子系统进化
BBC新闻： BBC News“The tiger may be more ancient and distinct than we thought”;
发现杂志： Discover magazine“Lions, and tigers, and snow leopards! Oh, my!”


经费项目
1)2010 优秀博士后研究经费 (Texas A&M University College of Veterinary Medicine). US$ 10,000.00
2)2014优秀博士后研究经费 (Texas A&M University College of Veterinary Medicine). US$ 10,000.00
3)2015 The Winn Feline Foundation (“Improving the Feline Reference Genome with PacBio Sequencing”, Co-PI, W15-008)US$ 24,910.00
4)2015 Morris Animal Foundation (“Finishing the Feline Genome with Long-Read Sequencing Technologies”, Co-PI, D16FE-011) US$ 213,305.00
5)2018NSF(‘ Felid phylogenomics to study the roles of chromosome evolution, recombination and hybridization on phylogenetic accuracy’ Co-PI) US$1,000,000.00
6)陕西师范大学科研启动经费 4,500,000.00



发表SCI论文（**并列第一作者，* 通讯作者）
1)Jan E. Janecka, Brian W. Davis, Sharmila Ghosh, Nandina Paria, Pranab J. Das, Ludovic Orlando, Mikkel Schubert, Martin K. Nielsen, Tom A. E. Stout, Wesley Brashear, Li Gang, Charles D. Johnson, Richard P. Metz, Al Muatasim Al Zadjali, Charles C. Love, Dickson D. Varner, Daniel W. Bellott, William J. Murphy, Bhanu P. Chowdhary, and Terje Raudsepp. 2018.Horse Y Chromosome Assembly Displays Unique Evolutionary Features and Putative Stallion Fertility Genes. Nature Communications9 .
2)Figueiró VH**, Li Gang**, Trindade JF, Assis J, Pais F, Fernandes G, Santos HS, Hughes MG, Komissarov A, Antunes A et al. 2017. Genome-wide signatures of complex introgression and adaptive evolution in the big cats. Science advances. Vol. 3, e** DOI: 10.1126/sciadv.** ( IF: 11.5 Science杂志子刊并列一作， 大型猫科动物基因组比对 )
3)Abascal, F., Corvelo, A., Cruz, F., Villanueva-Canas, J. L., Vlasova, A., Marcet-Houben, M., Martinez-Cruz, B., Cheng, J. Y., Prieto, P., Quesada, V., Quilez, J., Li Gang, Garcia, F., Rubio-Camarillo, M., Frias, L., Ribeca, P., Capella-Gutierrez, S., Rodriguez, J. M., Camara, F., Lowy, E., Cozzuto, L., Erb, I., Tress, M. L., Rodriguez-Ales, J. L., Ruiz-Orera, J., Reverter, F., Casas-Marce, M., Soriano, L., Arango, J. R., Derdak, S., Galan, B., Blanc, J., Gut, M., Lorente-Galdos, B., Andres-Nieto, M., Lopez-Otin, C., Valencia, A., Gut, I., Garcia, J. L., Guigo, R., Murphy, W. J., Ruiz-Herrera, A., Marques-Bonet, T., Roma, G., Notredame, C., Mailund, T., Alba, M. M., Gabaldon, T., Alioto, T. and Godoy, J. A 2016. Extreme genomic erosion after recurrent demographic bottlenecks in the highly endangered Iberian lynx. Genome Biology17: 251. ( IF:13.554) （伊比利亚猞猁全基因组分析）
4)Li Gang, Davis BW, Eizirik E, Murphy WJ. 2016. Phylogenomic evidence for ancient hybridization in the genomes of living cats (Felidae). Genome Research26(1): 1-11. (杂志封面文章) ( IF: 13.795) （猫科动物全基因组SNP分析）
5)Li Gang, Hillier LW, Grahn RA, Zimin AV, David VA, Menotti-Raymond M, Middleton R, Hannah S, Hendrickson S, Makunin A et al. 2016b. A High-Resolution SNP Array-Based Linkage Map Anchors a New Domestic Cat Draft Genome Assembly and Provides Detailed Patterns of Recombination. G3(Bethesda)6(6): 1607-1616. ( IF: 3.356) （家猫遗传图谱）
6)Mason VC, Li Gang, Minx P, Schmitz J, Churakov G, Doronina L, Melin AD, Dominy NJ, Lim NT, Springer MS et al. 2016. Genomic analysis reveals hidden biodiversity within colugos, the sister group to primates. Science advances2(8): e**. ( Science杂志子刊，鼯猴基因组进化)
7)Davis BW, Seabury CM, Brashear WA, Li Gang, Roelke-Parker M, Murphy WJ. 2015. Mechanisms Underlying Mammalian Hybrid Sterility in Two Feline Interspecies Models. Molecular biology and evolutiondoi: 10.1093/molbev/msv124. ( IF: 14.558)
8)Montague MJ**, Li Gang**, Gandolfi B, Khan R, Aken BL, Searle SM, Minx P, Hillier LW, Koboldt DC, Davis BW, Driscoll CA, Barr CS, Blackistone K, Quilez J, Lorente-Galdos B, Marques-Bonet T, Alkan C, Thomas GW, Hahn MW, Menotti-Raymond M, O'Brien SJ, Wilson RK, Lyons LA, Murphy WJ, Warren, WC. 2014. Comparative analysis of the domestic cat genome reveals genetic signatures underlying feline biology and domestication. Proceedings of the National Academy of Sciences USA111, 17230-17235. ( 并列第一作者，IF: 10.414) （家猫基因组测序分析）（媒体评述报道： 科学杂志（Science），洛杉矶时报、华盛顿邮报 、雅虎新闻、南华早报等等）
9)Xu H, Liu Y, Meng F, He B, Han N, Li Gang, Rossiter SJ, Zhang S. 2013. Multiple bursts of pancreatic ribonuclease gene duplication in insect-eating bats. Gene.526(2):112-117. ( IF: 2.266)
10)Li, Gang, Davis BW, Raudsepp T, Pearks Wilkerson AJ, Mason VC, Ferguson-Smith M, O’Brien PC, Waters P, Murphy WJ, 2013. Comparative analysis of Carnivore Y chromosomes illuminates ancestral structure and lineage-specific evolution. Genome Research. 2013 23(9):1486-1495( IF: 13.795) （家猫、家犬性染色体测序比对分析）
11)Das PJ, McCarthy F, Vishnoi M, Paria N, Gresham C, Li Gang,Kachroo P, Sudderth AK, Teague S, Love CC et al. 2013. Stallion Sperm Transcriptome Comprises Functionally Coherent Coding and Regulatory RNAs as Revealed by Microarray Analysis and RNA-seq. PLoSOne8(2). ( IF: 3.394)
12)Mason VC, Li Gang,Helgen KM, Murphy WJ. 2011. Efficient cross-species capture hybridization and next-generation sequencing of mitochondrial genomes from noninvasively sampled museum specimens. Genome Research21(10): 1695-1704. ( IF: 13.795)
13）Li Gang, Janecka JE, Murphy WJ. 2011. Accelerated Evolution of CES7, a Gene Encoding a Novel Major Urinary Protein in the Cat Family. Molecularbiologyandevolution28(2): 911-920. ( IF: 14.558) （猫科动物CES7基因研究）
14）Davis BW, Li Gang, Murphy WJ. 2010. Supermatrix and species tree methods resolve phylogenetic relationships within the big cats, Panthera (Carnivora: Felidae). MolecularPhylogeneticsEvolution56(1): 64-76. ( IF: 4.462) （BBCNews评述文章）
15）Wang L, Li Gang*, Wang JH, Ye SH, Jones G, Zhang SY. 2009. Molecular cloning and evolutionary analysis of the GJA1 (connexin43) gene from bats (Chiroptera). GeneticsResearch91(2): 101-109. ( 通讯作者，IF: 2.067)
16）Tang XC, Li Gang, Vasilakis N, Zhang Y, Shi ZL, Zhong Y, Wang LF, Zhang SY. 2009. Differential stepwise evolution of SARS coronavirus functional proteins in different host species. BmcEvolutionaryBiology9. ( IF: 3.628)
17）Liu Y, Dong D, Han NJ, Zhao HB, Zhang JS, Li Gang, Racey PA, Zhang SY. 2009. Molecular Cloning and Evolutionary Analysis of Hemoglobin alpha-Chain Genes in Bats. BiochemGenet47(3-4): 257-265. ( IF: 1.158)
18）He BB, Wang L, Wang JH, Li Gang*, Zhang SY. 2009. Positive selection of three chitinase genes of the family 18 of glycoside hydrolases in mammals. Biologia64(4): 819-825. (通讯作者, IF: 0.803)
19)Flanders J, Jones G, Benda P, Dietz C, Zhang SY, Li Gang, Sharifi M, Rossiter SJ. 2009. Phylogeography of the greater horseshoe bat, Rhinolophus ferrumequinum: contrasting results from mitochondrial and microsatellite data. MolecularEcology18(2): 306-318. ( IF: 6.644)
20)Li Gang, Wang JH, Rossiter SJ, Jones G, Cottont JA, Zhang SY. 2008. The hearing gene Prestin reunites echolocating bats. Proceedings of the National Academy of Sciences USA105(37): 13959-13964. ( IF: 10.414) （蝙蝠回声定位基因Prestin研究）(ScienceDaily评述文章)
21)Thabah A, Li Gang, Wang YN, Liang B, Hu KL, Zhang SY, Jones G. 2007. Diet, echolocation calls, and phylogenetic affinities of the great evening bat (Ia IO; Vespertilionidae): Another carnivorous bat. Journal of Mammalogy88(3): 728-735. ( IF: 2.408)
22)Li Gang, Wang J, Rossiter SJ, Jones G, Zhang S. 2007. Accelerated FoxP2 evolution in echolocating bats. PLoS One2(9): e900. ( IF: 3.394)（蝙蝠回声定位基因Foxp2研究）（科学杂志Science评述文章）
23)Li Gang, Liang B, Wang YN, Zhao HB, Helgen KM, Lin LK, Jones G, Zhang SY. 2007a. Echolocation calls, diet, and phylogenetic relationships of stoliczka's trident bat, Aselliscus stoliczkanus (Hipposideridae). Journal of Mammalogy88(3): 736-744. ( IF: 2.408)
24)Cui J, Han NIJ, Streicker D, Li Gang, Tang XC, Shi ZL, Hu ZH, Zhao GP, Fontanet A, Guan Y et al. 2007. Evolutionary relationships between bat coronaviruses and their hosts. Emerging Infectious Diseases13(10): 1526-1532. ( IF: 7.373)
25)Li Gang, Jones G, Rossiter SJ, Chen SF, Parsons S, Zhang SY. 2006. Phylogenetics of small horseshoe bats from east Asia based on mitochondrial DNA sequence variation. Journal of Mammalogy87(6): 1234-1240. ( IF: 2.408)
26)Tang XC, Zhang JX, Zhang SY, Wang P, Fan XH, Li LF, Li Gang, Dong BQ, Liu W, Cheung CL et al. 2006. Prevalence and genetic diversity of coronaviruses in bats from China.Journal of Virology80(15): 7481-7490. ( IF: 4.272)


主要学术方向和成果

一、动物的基因组学、遗传保护和野生动物人工驯化的遗传机制研究 对猫科两亚科、11属共38种动物利用二代测序进行了全基因组重测序，提取了其核基因SNPs数据，同时测序和组装了全部物种物种的线粒体基因组序列；依据线粒体和核基因组数据，完整阐述了猫科动物的起源、分化和基因组进化式样，特别是发现渐进杂交在猫科动物的物种多样化具有十分重要的作用。该工作被Genome Research杂志以封面文章形式发表。同时我们还完成了家猫的全基因组的高质量测序、组装、注释和进化分析，发现家猫驯化过程中一些与神经、行为、食物消化等相关的关键基因发生了人工选择性进化；为家猫作为医用动物开展多方面的基因功能研究奠定了基础。这一工作发表在美国科学院院刊PNAS上。我们还利用最新第二代测序技术构建了家猫的新的遗传连锁图谱（大于5万个SNP分子标记），这一工作是迄今精度最高、信息量最大的猫科动物遗传连锁图谱。并且以此为依据，将家猫的全基因组组装质量进一步提高，这为研究猫科动物及其他哺乳动物的生物学、遗传学研究提供了准确的数据支持。该工作发表在(G3-Genes Genomes Genetics）上。我们还完成了美洲虎基因组的测序，经过基因组的比对分析，我们发现猫科豹属中5物种大型猫科动物的复杂的系统发育史，而且和在该属的进化中发生过频繁的种间杂交。这一工作发表在Science杂志子刊Science advance上。此外我们对重要化学通讯基因CES7在猫科动物多样化中的分子适应性进化进行了比较详细的研究。我们发现CES7基因在该类群中发生了强烈的正选择进化；这是对于除鼠类动物类群以外的其他动物类群中首先发现化学通讯基因发生适应性进化。我们的研究结果表明不同动物类群在信息通讯基因上都发生了适应性正选择进化，说明这一类基因在动物物种多样化中具有十分重要的作用。这一工作论文发表在Molecular Biology and Evolution上。我们上述有关猫科动物的进化和保护研究不仅让一些新闻媒体十分感兴趣，如洛杉矶时报、华盛顿邮报、雅虎新闻、NBC新闻、日本时报、南华早报等等适应被几十家媒体进行了报道；更为重要的是一些科学杂志对我们的研究工作也进行了评价， 例如科学（Science）杂志以‘The genes that turned wildcats into kitty cats’为题专文评论了我们发现的家猫驯化关键基因变化。

二、蝙蝠类回声定位功能基因组研究Prestin基因编码蝙蝠内耳毛细胞的马达蛋白。我们克隆了翼手目动物（蝙蝠类）和相关物种的Prestin基因序列，并对其进化历史和功能进行了比较准确的分析，发现Prestin基因在蝙蝠类特有的回声定位能力起着极为重要的关键作用，并且这一基因在蝙蝠类群发生了十分显著的正向选择进化。这项研究工作发表PNAS上。我们还发现与翼手目动物（蝙蝠类）回声定位基因Foxp2基因在不同蝙蝠类群中有着极大的分化，并受到自然选择正选择效应。该工作论文发表在学术期刊Plos One上。我们对蝙蝠的回声定位能力研究整合了基因组、功能基因组和适应性进化等多方面的工作，为研究蝙蝠这一特有的超声波回声定位能力提供了比较重要的证据。Science网站以‘Speech Gene Gone Batty’为题对我们完成的对蝙蝠回声定位基因的进化研究做了评论，认为这些研究结果也为研究人类语言能力起源、演化有着重要的补充价值。此外，还参与了中国特有分布的小型蝙蝠物种的分类、分子生态、系统进化等研究工作，参与发表11篇SCI论文，发表在如国际期刊哺乳动物学杂志（Journal of Mammalogy）、病毒学报 （Journal of Virology）、BMC 进化生物学（BmcEvolutionaryBiology）等等上。申请人是其中2篇文章的第一作者、2篇文章的通讯作者。

三、哺乳动物性染色体研究我们还对家猫、家犬的Y 染色体进行了测序、组装和注释分析。通过对食肉目动物Y染色体以及其他哺乳动物、人类Y染色体的比对分析，进一步发现雄性Y染色体与雌性性染色体以及常染色体比较，具有十分独特的进化方式。该工作于2013年发表在Genome Research杂志上。


专业技术领域

基因组学是新世纪发展最为迅速的新兴学科之一。近五年来由于基因组学的大发展，尤其得益于二代三代高通量测序技术的飞速提高和生物信息学、计算机科学的革新，极大的推动了生物学、农学、医学等等相关学科的进展。现今的农业育种、遗传病致病机理研究、精准医学等等方面都广泛的从全基因组水平上展开。专业技术包括：
1) 全基因组组装、注释，二代、三代测序数据处理。基因组大数据综合分析
2) 全基因组关联性分析，遗传病致病基因筛选。 SNP、CNV 等大数据检验
3) 生物信息学知识和方法。PERL/R计算机语言编程，基因组专业软件开发
4) 大数据高密度遗传连锁图谱（linkage map）构建
5) 转录组学、功能基因组学相关知识和技术