姓名：李旭凯
学科：生物信息学
团队：杂粮功能基因组学中心
邮箱：xukai_li@sxau.edu.cn
地址：生命科学学院307室


个人简介
李旭凯，博士，副教授，硕士生导师。本硕博均就读于华中农业大学，2017年06月毕业于华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室，同年07月参加工作。现任山西农业大学生命科学学院副教授，山西农业大学杂粮功能基因组学中心核心成员。在《Nature Plants》（IF: 13.256，1区 Top）、《International Journal of Molecular Sciences》、《BMC Genomics》、《PLoS ONE》（入选ESI高被引论文）、《作物学报》（入选中国知网优秀中文文章）、《华中农业大学学报（自然科学版）》、《山西农业大学学报（自然科学版）》、《生物信息学》等杂志发表论文 20 余篇。
工作经历
2020.01 - 至今，山西农业大学，生命科学学院，副教授；
2017.07 - 2019.12，山西农业大学，生命科学学院，讲师。
教育经历
2010.07 - 2017.06，华中农业大学，作物遗传育种，硕博连读／博士；
2006.09 - 2010.06，华中农业大学，农学，本科／学士。
实验室成员
在读客座硕士研究生：胡萌萌、郄倩茹、张丽玲、张雅坤、任碧云、杨宇琭.
研究领域与方向
1.生物信息软件开发和应用；
2.植物功能基因组、植物三维基因组；
3.谷子功能成分、食味品质分子机制和应用研究；
4.谷子耐盐碱分子机制和应用研究。
发表的主要论文
^# 为共一作者（Equal contributors）； * 为通讯作者（Correspondence）:
SCI 论文
1.Guifen Zhang, Lingqiang Wang*, Xukai Li (李旭凯), Shuming Bai, Yali Xue, Zihui Li, Shangwen Tang, Yanting Wang, Youmei Wang, Zhen Hu, Ping Li, Liangcai Peng*. Reducing H-monolignol synthesis by site-modification of OsCAD2 for enhanced biomass saccharification in rice. Global Change Biology Bioenergy, 2020. (SCI 期刊论文, 2020.09.19接收, IF: 5.316, 中科院分区: 1区Top)
2.Zhirong Yang^#, Haoshan Zhang^#, Xukai Li^# (李旭凯), Huimin Shen, Jianhua Gao, Siyu Hou, Bin Zhang, Sean Mayes, Malcolm Bennett, Jianxin Ma, Chuanyin Wu, Yi Sui*, Yuanhuai Han*, Xingchun Wang*. A mini foxtail millet with an Arabidopsis-like life cycle as a C₄ model system. Nature Plants, 2020, 6(9):1167–1178. DOI: 10.1038/s41477-020-0747-7. (共同第一作者, SCI 期刊论文, 2020.08.31发表, IF: 13.256, 中科院分区: 1区Top, 植物科学顶级期刊)
3.Jiajia Li, Xukai Li (李旭凯), Ahmed Adel Khatab, Guosheng Xie*. Phylogeny, structural diversity and genome-wide expression analysis of fibrillin family genes in rice. Phytochemistry, 2020, 175:112377. DOI: 10.1016/j.phytochem.2020.112377. (SCI 期刊论文, 2020.04.18发表, IF: 2.905, 中科院分区: 2区)
4.Xukai Li^#, * (李旭凯), Zhiyong Shi^# , Qianru Qie, Jianhua Gao, Xingchun Wang, Yuanhuai Han. CandiHap: a toolkit for haplotype analysis for sequence of samples and fast identification of candidate causal gene(s) in genome-wide association study. bioRxiv, 2020, 02.27.967539. DOI: 10.1101/2020.02.27.967539. (第一、通讯作者, 期刊论文预印版, 2020.02.27发表)
5.Renjian Li, Yanqing Han, Qi Zhang, Guorong Chang, Yuanhuai Han, Xukai Li* (李旭凯), Baojun Zhang*. Transcriptome profiling analysis reveals co-regulation of hormone pathways in foxtail millet during Sclerospora graminicola infection. International Journal of Molecular Sciences, 2020, 21(4):1226. DOI: 10.3390/ijms**. (通讯作者, SCI 期刊论文, 2020.02.12发表, IF: 4.183, 中科院分区: 2区Top)
6.Huizhen Hu, Ran Zhang, Zhangsheng Tao, Xukai Li (李旭凯), Yuyang Li, Jiangfeng Huang, Xinxin Li, Xiao Han, Shengqiu Feng, Guimin Zhang, Liangcai Peng*. Cellulose synthase Mutants distinctively affect cell growth and cell wall integrity for plant biomass production in Arabidopsis. Plant and Cell Physiology, 2018, 59(6):1144-1157. DOI: 10.1093/pcp/pcy050/**. (SCI 期刊论文, 2018.03.05, IF: 4.817, 中科院分区: 2区)
7.Youmei Wang, Chaoqun Pang, Xukai Li (李旭凯), Zhen Hu, Zhengyi Lv, Bo Zheng, Peng Chen*. Identification of tRNA nucleoside modification genes critical for stress response and development in rice and Arabidopsis. BMC Plant Biology, 2017, 17(1):261. DOI: 10.1186/s12870-017-1206-0. (SCI 期刊论文, 2017.12.21发表, IF: 3.964, 中科院分区: 2区)
8.Chunfen Fan, Shengqiu Feng, Jiangfeng Huang, Yanting Wang, Leiming Wu, Xukai Li (李旭凯), Lingqiang Wang, Tao Xia, Jingyang Li, Xiwen Cai, Liangcai Peng*. AtCesA8-driven OsSUS3 expression leads to largely enhanced biomass saccharifcation and lodging resistance by distinctively altering lignocellulose features in rice. Biotechnology for Biofuels, 2017, 10:221. DOI 10.1186/s13068-017-0911-0. (SCI 期刊论文, 2017.09.16发表, IF: 6.732, 中科院分区: 1区Top)
9.Youmei Wang^#, Dongqin Li^#, Junbao Gao, Xukai Li (李旭凯), Rui Zhang, Xiaohuan Jin, Zhen Hu, Bo Zheng, Staffan Persson, Peng Chen*. The 2'-O-methyladenosine nucleoside modification gene OsTRM13 positively regulates salt stress tolerance in rice. Journal of Experimental Botany, 2017, 68(7):1479-1491. DOI: 10.1093/jxb/erx061. (SCI 期刊论文, 2017.03.28发表, IF: 6.538, 中科院分区: 2区Top)
10.Fengcheng Li^#, Guosheng Xie^#, Jiangfeng Huang, Ran Zhang, Yu Li, Miaomiao Zhang, Yanting Wang, Ao Li, Xukai Li (李旭凯), Tao Xia, Chengcheng Qu, Fan Hu, Arthur Ragauskas, Liangcai Peng*. OsCESA9 conserved-site mutation leads to largely enhanced plant lodging resistance and biomass enzymatic saccharification by reducing cellulose DP and crystallinity in rice. Plant Biotechnology Journal, 2017, 15(9):1093-1104. DOI: 10.1111/pbi.12700. (SCI 期刊论文, 2017.03.15发表, IF: 7.443, 中科院分区: 1区Top)
11.Yang Wang, Xukai Li (李旭凯), Kai Guo, Liangcai Peng, Yanting Wang*. Gene profling of plant cell wall biosynthesis for genetic enhancing biomass enzymatic saccharifcation in cereal crops. Journal of Plant Biochemistry & Physiology, 2017, 5:179. DOI: 10.4173/2329-9029.**. (期刊论文, 2017.01.19发表)
12.Xukai Li (李旭凯), Kai Guo, Xiaobo Zhu, Peng Chen, Ying Li, Guosheng Xie, Lingqiang Wang, Yanting Wang, Staffan Persson*, Liangcai Peng*. Domestication of rice has reduced the occurrence of transposable elements within gene coding regions. BMC Genomics, 2017, 18(1):55. DOI: 10.1186/s12864-016-3454-z. (第一作者, SCI 期刊论文, 2017.01.09发表, IF: 3.729, 中科院分区: 2区Top)
13.Xukai Li (李旭凯), Haofeng Liao, Chunfen Fan, Huizhen Hu, Ying Li, Jing Li, Zili Yi, Liangcai Peng, Yuanyuan Tu*. Distinct geographical distribution of the Miscanthus accessions with varied biomass enzymatic saccharification. PLoS ONE, 2016, 11(8):e**. DOI: 10.1371/journal.pone.**. (第一作者, SCI 期刊论文, 2016.08.17发表, IF: 2.806, 中科院分区:3区，入选ESI高被引论文，截止2020年09月23日被引153次)
部分中文论文
1.胡萌萌，张丽玲，张雅坤，郄倩茹，任碧云，侯思宇，朱喆标，高建华，王海岗，李旭凯*，韩渊怀*. 基于WGCNA挖掘谷子淀粉合成相关基因. 山西农业大学学报（自然科学版）, 2020, 40.（通讯作者，核心期刊，已接收，待见刊）
2.郄倩茹，张雅坤，胡萌萌，张丽玲，李旭凯，韩渊怀*，杨宏斌*. 小米脂肪酸含量与小米粥感官品质的相关性研究. 中国农业大学学报（自然科学版）, 2020.（核心期刊，已接收，待见刊）
3.赵雄伟，吴年隆，乔佳辉，李旭凯，韩渊怀，邢国芳*. 谷子酸性磷酸酶ACP家族基因鉴定与SiACP1耐低磷单倍型分析. 华北农学报, 2020, 35(4):35-45.（核心期刊，2020.08.28发表）
4.张丽玲，郄倩茹，罗韶凡，牛文康，朱喆标，高雨柔，李旭凯*，韩渊怀*. 谷子12种黄酮类代谢物合成通路分析. 山西农业大学学报（自然科学版）, 2020, 40(4):10-18.（通讯作者，核心期刊，2020.06.16发表）
5.李任建，申哲源，李旭凯，韩渊怀，张宝俊*. 谷子NBS-LRR类基因家族全基因组鉴定及表达分析. 河南农业科学, 2020, 49(02):34-43.（核心期刊，2019.12.11发表）
6.李旭凯，胡萌萌，张义茹，姜金霞，韩渊怀*. 基于米色、转录分析探究谷子食味差异. 山西农业大学学报（自然科学版）, 2019, 39(5):1-9.（第一作者，核心期刊，2019.06.24发表）
7.李旭凯，李任建，张宝俊*. 利用WGCNA鉴定非生物胁迫相关基因共表达网络. 作物学报, 2019, 45(9):1349-1364.（第一作者，国家1A级核心期刊，2019.04.18发表，入选中国知网优秀中文文章，并全文翻译成英文在国际上宣传推广）
8.李旭凯*，王钇杰，王俊杰. Enrich_analysis.pl, 差异表达基因富集分析的perl脚本. 生物信息学, 2018, 16(3):178-183.（第一作者，2018.09.15发表）
9.易晓燕，李丰成，郭凯，张冉，李旭凯，王友梅，彭良才，谢国生*. 水稻半纤维素支链合酶GT61家族基因的结构特征和组织表达分析. 中国农业大学学报（自然科学版）, 2015, 20(1):19-28.（核心期刊，2015.02.15发表）
10.李旭凯，彭良才，王令强*. pep_pattern.pl, 搜索蛋白质序列模体的perl脚本. 华中农业大学学报（自然科学版） , 2014, 4:1-6.（第一作者，核心期刊，2014.06.10发表）
11.李旭凯，郭凯，彭良才，王令强*. ChooseMaterials.pl, 控制变量挑选实验材料的perl脚本. 生物信息学, 2013, 11(3):186-191.（第一作者，2013.09.15发表）
12.陈婷婷，李旭凯，王如意，彭良才，夏涛*. 棉花GhPME1和GhPME2基因的克隆和表达分析. 中国农业大学学报（自然科学版）, 2012,17(5):7-14.（核心期刊，2012.10.15发表）
开发的主要生信软件
1.http://sky.sxau.edu.cn/MDSi.htm：谷子多组学数据库.
2.https://github.com/xukaili/CandiHap或者https://bigd.big.ac.cn/biocode/tools/BT007080：vcf 或 ab1 数据单倍型分析软件.
3.https://github.com/xukaili/T-DNA_Insertion_Identify：利用重测序技术鉴定 T-DNA 插入位点.
4.https://github.com/xukaili/GFF2Gene_structure.pl：基因结构作图.
5.https://github.com/xukaili/Genes_on_Chr：多个基因在染色体位置作图.
6.https://github.com/xukaili/Enrich-analysis.pl：差异表达基因富集分析.
7.https://github.com/xukaili/pep_pattern.pl：搜索蛋白质序列模体.
8.https://github.com/xukaili/ChooseMaterials.pl：控制变量挑选实验材料.
主持的科研项目
1.国家自然科学基金青年科学基金项目，基于GWAS与基因共表达网络的谷子耐盐碱基因发掘及其功能研究，项目编号**，研究年限2021年01月-2023年12月，24万元.
2.山西省应用基础研究面上青年基金项目，项目编号201901D211362，谷子耐盐碱品种筛选与关键基因定位，研究年限2019年09月-2022年09月，3万元.
3.山西省优秀博士来晋工作奖励资金科研项目，生物信息软件开发与晋谷21籽粒发育时期转录组探究，项目编号SXYBKY201738，研究年限2018年01月-2019年12月，5万元.
4.山西农业大学科技创新基金项目，小米代谢物差异与食味品质的关系，项目编号2017YJ27，研究年限2017年07月-2020年07月，14万元.
参与的科研项目
1.国家重点研发计划项目子课题，项目编号2018YFD**-11，谷子氮素高效吸收利用的分子机制，研究年限2018年07月-2022年12月，50万元.
2.国家自然科学基金面上项目，项目编号**，小麦脆秆基因的图位克隆和功能解析，研究年限2018年01月-2021年12月，59万元.
3.国家自然科学基金面上项目，项目编号**，一个新的C2H2型锌指蛋白PhZFP1调控矮牵牛耐寒性的机理研究，研究年限2018年01月-2021年12月，60万元.
4.国家自然科学基金面上项目，项目编号**，杨树Elp基因影响ncm5U生物合成和参与干旱耐受的功能分析，研究年限2014年01月-2017年12月，80万元.
5.国家自然科学基金面上项目，项目编号**，杨树转录延伸复合体Elp基因参与干旱耐受的分子机制，研究年限2013年01月-2015年12月，15万元.
荣誉获奖情况
1.2016年08月在《PLoS ONE》上发表的 SCI 论文入选ESI高被引论文，截止2020年09月23日被引153次.
2.2019年04月在《作物学报》上发表的国家1A级核心期刊论文入选中国知网优秀中文文章，并全文翻译成英文在国际上宣传推广.
3.华中农业大学2016-2017学年度优秀博士学位论文，2018年01月公布.
4.2018年度“五四青年标兵”称号，2019年05月公布.
5.2017-2018年度指导的本科生 1人（共5人）获校级优秀学位论文，1人保送南开大学研究生.
6.2018-2019年度指导的本科生 3人（共8人）获校级优秀学位论文，1人考入华中农业大学，1人考入中国林业科学院研究生.
7.2019-2020年度指导的本科生 10人（由于疫情未评优），6人分别考入中国科学院大学、中国科技大学、华中农业大学、华南农业大学、石河子大学、山西农业大学研究生.
学术交流
1.参加2019年中国作物学会学术年会，并提交论文摘要《MDSi: 谷子多组学数据库》，中国作物学会，杭州，2019.10.27-30.
2.参加河南大学首届植物代谢生物学学术研讨会，河南大学，开封，2019.05.25-27.
3.参加第一届全国代谢生物学大会，海南大学，海口，2018.12.04-07.
4.参加第四届全国功能组学高峰论坛，并做题为《挖掘公共数据解析转座子在栽培稻驯化中的作用》报告，百迈客研究院，北京，2017.10.23-24.
5.参加2017年中国作物学会学术年会，中国作物学会，北京，2017.10.14-17.
秉承“学以事人、教以授道、研以惠民”的杂粮分子育种团队宗旨，如果您对本课题组的研究感兴趣，想感受一下课题组的研究氛围，欢迎申请加入或建立合作！长期招募本科生和研究生开展课题研究，请有意者通过上述联系方式联系。


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