其他题名Comparison of genes and protein sequence analyses of the chemoreceptors in Ensifer alkalisoli YIC4027
王艺璇1,2; 党消消1,2; 董小燕1; 骆永明1,4
; 解志红1,3发表期刊微生物学报
ISSN0001-6209
2021
卷号61期号:8页码:2506-2516
关键词趋化性
研究领域Microbiology
英文摘要[Objective] Ensifer alkalisoli YIC4027 is a new type of high-efficiency nitrogen-fixing bacteria isolated from the root nodules of the host plant Sesbania cannabina.This study compared the chemoreceptors genes and related proteins of E.alkalisoli with other well-researched species.[Methods] NCBI protein BLAST was used for searching sequence similarity with default parameter values against the genomes of E.alkalisoli.HMMER3,based on Pfam database,was used for comparative analyses of methyl-accepting chemotaxis protein(MCP).[Results] There were two major chemotaxis clusters and 13 MCP homologs containing diverse signal-sensing architectures in E.alkalisoli.In addition,except that one of the cytoplasmic domains of these MCPs was composed of 40 heptad repeats,the rest were composed of 36 heptad repeats.[Conclusion] Despite the high similarity presented between the chemoreceptors of E.alkalisoli and those of well-studied species,E.alkalisoli shows its own unique characteristics.The classification of these chemotactic pathways by gene comparison and related protein analysis enables us to better understand how E.alkalisoli responds to changes in environment via exquisite signal transductions in chemotaxis system.
中文摘要【目的】田菁共生根瘤菌Ensifer alkalisoli YIC4027是从宿主植物田菁的根瘤中分离出来的一株新型高效的固氮菌。本研究对E.alkalisoli的趋化受体基因与其他研究透彻的物种进行比较以及相关蛋白分析。【方法】利用NCBI的BLAST对E.alkalisoli趋化受体基因进行序列相似性搜索。以Pfam数据库为基础,用HMMR3对甲基化趋化受体蛋白(MCP)进行比较分析。【结果】E.alkalisoli有2个趋化基因簇,共有13个MCP,含有不同的信号传感结构。此外,这些MCPs的胞质结构域除了一个是由40个七肽重复序列组成,其余都是由36个七肽重复序列组成。【结论】尽管E.alkalisoli的趋化受体与已被广泛研究的物种的趋化受体具有较高的相似性,但仍显示出其特性。通过基因的比对以及相关蛋白的分析,我们能够更好地理解E.alkalisoli是如何通过趋化系统来响应外界变化的。
文章类型Article
资助机构NSFC-山东省联合基金重点项目; 国家重点研发项目
收录类别CSCD
语种中文
CSCD记录号CSCD:7021901
引用统计
文献类型期刊论文
条目标识符http://ir.yic.ac.cnhttp://ir.yic.ac.cn/handle/133337/30260
专题中科院海岸带环境过程与生态修复重点实验室_海岸带环境过程实验室
海岸带生物学与生物资源利用重点实验室_海岸带生物学与生物资源保护实验室
作者单位1.中国科学院烟台海岸带研究所,山东烟台264003;
2.中国科学院大学,北京100049;
3.山东农业大学资源与环境学院,山东泰安271018;
4.中国科学院南京土壤研究所,江苏南京210008
推荐引用方式
GB/T 7714王艺璇,党消消,董小燕,等. Ensifer alkalisoli YIC4027趋化受体基因的比较及相关蛋白序列分析[J]. 微生物学报,2021,61(8):2506-2516.
APA王艺璇,党消消,董小燕,骆永明,&解志红.(2021).Ensifer alkalisoli YIC4027趋化受体基因的比较及相关蛋白序列分析.微生物学报,61(8),2506-2516.
MLA王艺璇,et al."Ensifer alkalisoli YIC4027趋化受体基因的比较及相关蛋白序列分析".微生物学报 61.8(2021):2506-2516.
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