其他题名The Analysis of the Low Coverage Haematococcus Pluvialis Draft Genome
陈军; 郑华军; 刘亚铭; 赵国屏; 秦松
发表期刊中国生物工程杂志
ISSN1671-8135
2018-07-15
卷号38期号:07页码:21-28
关键词雨生红球藻基因组测序基因预测功能注释
研究领域分子生物学
DOI10.13523/j.cb.20180704
产权排序(1)中国科学院烟台海岸带研究所海岸带生物学与生物资源利用重点实验室; (2)中国科学院大学; (3)上海人类基因组研究中心
作者部门海岸带生物学与生物资源保护实验室
英文摘要The investigation on the genomic study of Haematococcus pluvialis would be significant to explore the origin and evolution of green algae and the stress responses in Haematococcus pluvialis; and promote the development of Haematococcus pluvialis industry. The low-coverage draft genome of Haematococcus pluvialis was constructed by the Illumina Hiseq 2500 platform. The predicted genome size was approximately 547Mb,with the GC content of 59.2% by calculating k-mer distribution. The draft genome contained 11 059 predicted proteincoding genes and the average gene size and CDS were 1 711bp and 681bp; every gene contained 3.2 exons and the size of exon was 353bp in average. The analysis of metabolic pathway indicated that the low-coverage genome contained whole glycolysis,tricarboxylic acid cycle,phosphopentose,purine and pyrimidine synthesis and other basic metabolism pathway.
中文摘要开展雨生红球藻基因组测序研究,对于解读绿藻起源与进化及生物逆境胁迫响应机制,以及推动雨生红球藻产业发展都具有重要意义。利用Illumina Hiseq 2500对雨生红球藻(Haematococcus pluvialis)进行高通量测序,获得低覆盖度全基因组草图。通过计算k-mer分布预测该基因组草图大小约为547Mb,GC含量为59.2%,为纯合或单倍体。共得到11 059个预测基因,平均基因长度为1 711bp,平均CDS长度为681bp;平均每个基因包含3.2个外显子,外显子的平均长度为353bp。代谢通路分析表明,具有完整的糖酵解、三羧酸循环、磷酸戊糖途径、嘌呤和嘧啶合成等基本代谢通路。
资助机构国家重点研发计划#2016YFF0202304; 国家自然科学基金面上项目#41376139; 烟台市科技计划#2016JHZB007
收录类别CSCD
语种中文
CSCD记录号CSCD:6325763
引用统计
文献类型期刊论文
条目标识符http://ir.yic.ac.cnhttp://ir.yic.ac.cn/handle/133337/24692
专题海岸带生物学与生物资源利用重点实验室_海岸带生物学与生物资源保护实验室
作者单位1.中国科学院烟台海岸带研究所海岸带生物学与生物资源利用重点实验室;
2.中国科学院大学;
3.上海人类基因组研究中心
推荐引用方式
GB/T 7714陈军,郑华军,刘亚铭,等. 雨生红球藻低覆盖度基因组草图分析[J]. 中国生物工程杂志,2018,38(07):21-28.
APA陈军,郑华军,刘亚铭,赵国屏,&秦松.(2018).雨生红球藻低覆盖度基因组草图分析.中国生物工程杂志,38(07),21-28.
MLA陈军,et al."雨生红球藻低覆盖度基因组草图分析".中国生物工程杂志 38.07(2018):21-28.
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