研究生教育是潍坊医学院最高层次的学历教育。1986年学校被国务院学位委员会批准为硕士学位授予单位，2000年被批准为同等学力人员申请硕士学位和临床医学硕士专业学位授予单位，2002年与山东大学等联合培养博士研究生。

　　目前，学校有生物学、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学6个一级学科硕士点、47个二级学科硕士点，在校全日制研究生1000余人。人体解剖与组织胚胎学是山东省“泰山学者”设岗学科， 外科学、人体解剖与组织胚胎学、影像医学与核医学、社会医学与卫生事业管理和应用药理学实验室、免疫学实验室和临床检验诊断学实验室是山东省“十二五”重点学科（实验室），整形外科学、眼科学是山东省学科带头人设岗学科。优势学科群的建立，为研究生培养奠定了坚实基础。

　　学校拥有一支高水平的研究生导师队伍。现有中国工程院院士1人，“泰山学者”特聘教授1人，“泰山学者”海外特聘专家1人，博士研究生导师6人，硕士研究生导师300余人。导师队伍中先后有15人获全国“五一”劳动奖章、全国优秀教师、教育部新世纪创新人才等荣誉称号，13人享受国务院政府特殊津贴，23人被评为省市专业技术拔尖人才，5人被评为山东省卫生系统杰出学科带头人和中青年重点科技人才，18人成为省级中青年学科带头人学术骨干。经过多年建设，导师队伍素质不断提高，结构进一步优化，为研究生培养提供了有力保障。

　　近年来，学校以提高研究生培养质量为目标，深入实施研究生教育创新工程，不断加强学科建设、导师队伍建设和支撑条件建设，狠抓管理，推进研究生教育的规范化、制度化、科学化，研究生教育的质量和水平不断提升。经过多年发展，学校为国家培养和输送了大批高层次优秀人才。广大毕业生在各自的工作岗位上，以“志存高远、勤奋好学、知行统一、勇于创新”的优良学风，赢得了社会的广泛赞誉。