中医基础学院（原中医系）建院于1958年。经过四十年的发展，中医基础学院已成为山东中医药大学的骨干院系之一。学院现设有中医基础理论、中医诊断学、中药学、方剂学、伤寒论、金匮要略、温病、各家学说、医古文、中国医学史、中医内科、中医外科、中医儿科、中医妇科、中医耳鼻喉科、中医眼科等16个教研室。其中中医基础理论学、中医内科学、中药学为具有博士学位授权学科。中医临床基础学科、方剂学为与北京中医药大学联合培养博士学科。所有学科均具有硕士学位授予权。其中中医基础理论学科、中医内科学科为省级重点学科。
　　
　　学院师资力量雄厚，其中不乏在全国中医药界具有相当影响的专家、教授。现全院共有教工140余人，其中博士生导师13人，硕士生导师39人。教授38人，副教授55人，讲师24人。师资力量合理的年龄结构、专业结构、学历结构、知识结构，为学院的发展打下了坚实的基础。
　　
　　学院科研工作取得了累累硕果，多数学科都已经形成了稳定而有特色的研究方向，其中以中医基础理论学科的肝藏象研究、中医临床基础学科的六经辨证思维研究、中医方剂学科的名方应用及疗效客观化研究、中医诊断学科的中医诊法、证候规范化和证候实质研究最具代表性，处全国先进水平。学院现设有中医学、中医文献学、中医养生康复学、中医骨伤学四个专业方向。学生约1600人，其中本科生约1550人，专科生约50人。在校人数及办学规模均居全国中医院校前列。学院中心实验室现有专职实验人员6人，实验面积460平方米，固定资产130万元，拥有一批大型进口精密仪器。98年实验室被评为山东省教委实验装备先进科室，99年通过山东省教委双基实验室评估检查。为利用现代科技手段研究中医药提供了良好的实验条件。
　　
　　学院中国医史馆始建于一九八八年，面积约400平方米。内有馆藏文物一百余种，并藏有大量珍贵的拓片、人物生平字画等。其中龙山黑陶武梁祠汉画像石拓片为我馆的特色珍品。中国医史馆通过实物、图片等手段，真实、形象的再现了从远古到清代中国医药学发展的简史。