8、出版著作、教材
甜叶菊高产栽培技术，编著，黑龙江科技出版社，1998
农业植物病理学，主编，内蒙古科技出版社，1999
农业植物病理学，面向21世纪课程教材，参编，中国农业出版社，2001
园艺植物病理学，面向21世纪课程教材，参编，中国农业大学出版社，2001
经济作物栽培学，副主编，吉林科技出版社，2001
北方小麦病虫草害的综合防治，编著，中国农业出版社，2011
9、在国内外重要学术期刊发表学术论文30篇：

    1、辛惠普, 马汇泉, 刘静茹, 等. 大豆根腐病发生与防治的初步研究. 大豆科学, 1987, 6（3）: 189~196
    2、马汇泉, 靳学慧, 辛惠普, 等. 寒地甜叶菊病害调查及防治技术研究. 中国植保导刊, 1994, 14（4）: 9
    3、马汇泉, 靳学慧, 孙伟萍, 等. 大豆根腐病生态学研究Ⅱ. 不同土壤条件对大豆根腐病的影响. 中国油料作物学报, 1995, 17（1）: 47~48
    4、靳学慧, 马汇泉, 辛惠普, 等. 春油菜病虫害综合防治技术. 中国油料作物学报, 1995, 17（4）: 60~61
    5、王光华, 马汇泉, 靳学慧, 等. 甜叶菊斑枯病病原研究. 植物病理学报, 1995, 25（4）: 366
    6、马汇泉, 靳学慧, 郑树生, 等. 甜叶菊立枯病发生规律及防治方法的研究. 中国植保导刊, 1996, 20（1）: 14~15
    7、马汇泉, 靳学慧, 孙伟萍, 等. 大豆根际真菌类群对大豆幼苗生长的影响. 中国油料作物学报, 1996, 18（3）: 54~55
    8、靳学慧, 吴兴泉, 马汇泉, 等. 大豆壳针孢菌生物学特性的研究. 植物保护学报, 1996, 23（3）: 285~286
    9、马汇泉, 郑桂萍, 赵九州, 等. 大豆连作障碍及产生机理. 土壤, 1997, 29（1）: 46~48
    10、马汇泉, 靳学慧, 辛惠普, 等. 大豆菌核病病原菌生物学特性的研究. 中国油料作物学报, 1998, 20（3）: 82~84
    11、马汇泉, 孔祥清, 吴总江, 等. 寒地水稻叶鞘腐败病的药剂防治. 中国植保导刊, 2000, 20（5）: 14~15
    12、马汇泉, 辛惠普, 等. 大豆菌核病的药剂防治. 农药, 2001, 40（1）: 29~30
    13、马汇泉, 何立. 大豆菌核病的药剂防治. 中国植保导刊, 2001, 20（5）: 14~15
    14、马汇泉, 甄惠丽, 孙伟萍. 不同添加物对大豆根腐病生防菌株BH_1-OA_(15-1)和DSLHX_3防治效果的影响. 中国农学通报, 2003, 19（4）: 117~118, 127
    15、马汇泉. 生物专业大学生如何学好《微生物学》这门课. 生物学杂志, 2003, 20（4）: 50, 54
    16、马汇泉, 孙伟萍. 第二课堂——提高大学生微生物学科技创新能力的良好途径. 生物学杂志, 2004, 21（2）: 53~54
    17、张录强, 马汇泉. Nutrient recycling and forest management.Plant nutrition for food security, human health and environmental protection. 2005, 1176~1177
    18、李桂霞, 马汇泉, 刘婧, 等. 番茄灰霉病高效拮抗菌株的鉴定及通过导入β-1, 3-葡聚糖酶基因提高其生防效果. 中国生物工程杂志, 2007, 27（4）: 44~49
    19、董瑾, 马汇泉, 刘婧, 等. 利用转座子Tn917构建蜡样芽孢杆菌抑菌活性丧失突变株. 江苏农业学报, 2008, 24（3）: 366~369
    20、刘婧, 马汇泉, 董瑾, 等. BacilluscereusB-02对Botrytiscinerea拮抗机理的研究. 菌物学报, 2008, 27（6）: 930~939
    21、宋关玲, 马汇泉, 宋新华. 废电池浸出液对青萍（Lemna minor）生长的影响. 东北林业大学学报, 2009, 37（8）: 15~16, 25
    22、谭亚男, 马汇泉, 温学森, 等. 一株克服地黄连作障碍有益菌的鉴定及其LuxAB基因标记. 安徽农业科学, 2010, 38（17）: 8967~8969
    23、TAN Ya-nan, MA Hui-quan, WEN Xue-sen, et al. Identification and LuxAB Biochemical Mark of A Certain Bacterium Contributing to Settle Continuous Cropping Obstacles of Rehmanniaglutinosa. Medicinal Plant , 2010, 1（6）: 33~35
    24、Zhang Chunyang, Li Xinglei, Ma Huiquan. Klebsiellaaquatica sp. nov., a novel PAH degrading bacterium from wastewater. International Conference on E-Product E-Service and E-Entertainment, ICEEE2010, 2010（EI收录）
    25、马汇泉, 王克平. 纳米银制备及提高生防菌剂抗菌活性. 农药, 2011, 50（4）: 258~260
    26、Fengxia Li, Huiquan Ma, Shu Liu, et al. Bioinformatics analysis on one Botrytis cinerea-resisted AMP nucleosidase gene.The 3rd International Conference on Information Science and Engineering, 2011. 872~875
    27、李凤霞,马汇泉,林玉柱,等.天达2116提高冬小麦抗低温冷害生理机制的研究.中国农学通报,2012, 28（30）: 11~15
    28、李凤霞, 马汇泉, 刘舒, 等. 一个灰葡萄孢菌拮抗基因的生物信息学分析. 信息工程期刊, 2012（已接收）
    29、Fengxia Li,Huiquan Ma,JingLiu,et al.Antagonistic effects of Bacilluscereus stain B-02 on morphology,ultrastructure and cytophysiology ofBotrytiscinerea.Polish Journal of Microbiology,2012, 61（2）: 119~128（SCI收录）
    30、Cheng Zhang, Fang Zhang, Jinjun Zhou, Zhongxue Fan, Fan Chen, Huiquan Ma, et al. Overexpression of a phytochrome-regulated tandem zinc finger protein gene,OsTZF1, confers hypersensitivity to ABA and hyposensitivity to red light and far-red light in rice seedlings, Plant Cell Reports.2012, 31(7): 1333~1343（SCI收录）DOI:10.1007/s00299-012-1252-x