本航次针对动力环境复杂、生态系统脆弱的长江口及其邻近海域，围绕“长江口及其邻近海域的物质输运及其生态与环境效应”这一科学主题，利用 “科学三号”和“创新二”号科学考察船，共同组织实施长江口及其邻近海域的科学考察实验共享航次，对该海域的水动力过程、物质输运与沉积特征、重要生源要素生物地球化学过程、海洋污染及其生态效应、生物多样性与生态系统等开展综合科学考察，获取基础观测数据，支撑关键科学问题研究，为阐明人类活动和全球变化影响下长江口及其邻近海域的长期变化过程和机理提供基础数据。
“创新二”号于2017年11月30日正式交付使用，是一艘适用于长江口附近河口浅水区和近海区的小型海洋科学综合考察船。该船配置常规水文和生物绞车、专业信号传输绞车，具备对河口和近海浅水区海洋生物、生态、环境、化学要素观测和采样能力，兼具水文、地质、气象等其他学科的观测和采样能力。“创新二”号还配置渔业资源调查用渔具的起放网设备，具备基本的渔业资源调查能力；配有干性实验室和湿性实验室，具备简单生物、化学样品处理和分析能力；配置船载定位系统、船用雷达和卫星通信设备等。
随着“创新二”号的投入使用，中国科学院海洋研究所初步建成了以“科学”号、“科学三号”、“创新二”号、“海鸥”号等多种船型组成的综合性海洋科学考察船队，具备了从河口、近海到深海大洋全覆盖的科考能力，能够为海上科考提供更加专业及个性化的服务。本航次“科学三号”与“创新二”号将进行联合科考作业，发挥优势，取长补短，不仅提高作业效率，而且将实现数据同步和共享，对海洋科学研究具有十分重要的意义。
