应用化学专业硕士点（工学硕士，学制三年）设置于2002年，2007年开始正式招生。该硕士点依托山东省农业仿生应用工程技术研究中心和校级应用化学研究所，拥有天然产物化学及其应用、精细化学品化学与技术以及功能材料设计开发与应用3个研究方向。现有导师17人，其中教授3人，副教授14人，博士14人。1人为山东省教学名师、有突出贡献的中青年专家，并享受国务院特殊津贴，1人为青岛市青年科技专家。目前承担“生物降解型农用地膜材料的研究”“醇介质强化分解铝酸钠溶液的基础研究”等多项国家级项目，获省部级以上奖励12项，发表科研论文280余篇，其中被SCI、EI收录100余篇。其中人工模拟银杏杀菌剂是我国拥有自主知识产权的第一种新型仿生农药，杀菌剂“银果”和“仿生安”分别以500万元和600万元实现技术转让。“‘银果’和‘银泰’农用杀菌活性的发现与应用研究”获国家科技进步二等奖，“人工模拟银杏杀菌剂的研制和应用”获山东省科技进步一等奖。“灰树花发酵液多糖提取工艺及其药理作用研究”获山东省科学技术进步一等奖，其提取工艺以900万元成功实现技术转让。