数学科学学院源于1930年国立青岛大学理学院数学系，1932年更名为国立山东大学文理学院数学系。几经变迁，1958年山东大学主体迁至济南后，部分留青的专业、系成立了山东海洋学院，6位留青的数学教师组建了山东海洋学院数学教研室。随着学科的发展和学校的不断壮大，1979年经教育部批准山东海洋学院设立了应用数学专业（全国首批五所院校之一），并获准建立数学系。应用数学学科是中国海洋大学的重要基础学科，在其自身循序发展的同时，开创性地发展了经济、管理、计算机及市场营销等学科，为我校的学科建设与发展壮大做出了重要贡献。2000年数学系再度建制为直属系——中国海洋大学数学系，2007年更名为数学科学学院。