数学系源于 1930 年国立青岛大学理学院数学系， 1932 年更名为国立山东大学文理学院数学系。几经变迁， 1958 年山东大学主体迁至济南后，数学系留下的 6 位教师组建了山东海洋学院数学教研室。随着学校的不断壮大和学科的发展， 1979 年经教育部批准设立了应用数学专业（全国首批五所院校），并获准建立数学系。应用数学学科是中国海洋大学的重要基础学科，在不断向其他学科渗透的同时，开创性地发展了经济管理、计算机应用、市场营销等应用学科，为学校的学科建设与发展壮大做出了重大贡献。为更好地发展数学学科， 2000 年数学系再度建制为直属系-中国海洋大学数学系。设有中国海洋大学数学科学研究所，科学与工程、信息技术、微分方程与函数论、运筹与控制、几何与代数、概率统计 6 个教研室和公共数学课教研中心。现有数学与应用数学、信息与计算科学 2 个本科专业，应用数学、计算数学、运筹学与控制论 3 个硕士点；应用数学是国务院学位办批准的第三批（ 1986 ）硕士学位授予专业； 1996 年应用数学学科被确定为山东省重点学科。本系教师研究领域主要包括：泛函微分方程、常微分方程、矩阵计算、动力系统、控制理论、模糊数学、格上拓扑、神经网络、偏微分方程数值方法、泛函分析、组合数学、计算机应用等。