物理海洋学专业
本专业1990年获得硕士学位授予权，现有在读硕士生23名，在读博士生10名（招生计划挂靠外单位）。硕士生导师10名、博士生导师9名。院士2名。该专业有科研人员70名，其中院士1名，研究员11名、副研究员21名。从学历来讲，7人具有博士学位，20人具有硕士学位，人才结构基本合理。
该专业拥有国家海洋局海洋环境环境科学与数值模拟重点实验室。经过多年来的研究工作，逐步形成了相对稳定的多个研究方向，如大洋环流与气候变化、数值模拟、区域海洋学、海洋动力学、海洋遥感与信息系统、海气相互作用等，并承担了大量的重大科研项目如全球大气实验、中美热带海气相互作用、中日黑潮和副热带环流、国际TOGA-COARE、WOCE计划、中韩黄海水循环动力学合作调查研究以及海洋环流补充调查和评价、海洋环境数值模拟、在大洋、陆架浅海及近岸海域水文、气象和海洋动力研究、海洋环流数值模拟、全球海洋和气候的年际与年代际变化、中国近海水结构和动力学研究等。
海洋化学专业
本专业现有科技人员37名，具备高级职称的10人，中级专业技术人员12人。从学历来讲有博士5名，硕士5名。2002年开展招收攻读硕士学位研究生。现有在读硕士生10名。
该专业主要从事海洋化学基础理论、应用及开发研究、拥有α谱仪、高纯锗γ谱仪，α和β低本底测量装置、气相色谱仪，原子吸收分光光度计，营养盐自动分析仪及超速离心机等先进仪器设备，近十几年来承担了国家攻关、国际合作、科学基金等重大科研项目近30项。近10项科研成果获国家及省部级科技进步奖。完成了特定海区营养盐跃层理论、物质通量、海水自净能力、海洋功能区划研究及放射性和中子活化技术在建港、倾废区选划及航道疏浚等海洋工程建设之中的应用。近期主攻方向是研究海洋生源要素地球化学动力学与气候的耦合效应，海洋底质污染物时空变化的动力学机制及海洋放射性同位素的动态监测，海洋资源的开发利用，海洋环境评价与保护及海洋环境化学要素自动化监测技术、海洋生物地球化学等。
海洋生物学专业
本专业现有科技人员43人，具备高级职称的18人、博士9人，中级职称的14人。硕士生导师10人，博士生导师6人，在读硕士生17人，在读博士生6人（计划挂靠外单位），是我所最早获得硕士学位授予权的专业。
该专业拥有国家海洋局活性物质重点实验室，另外还有生物生产力、水生生物病理、底栖生态、生物化学、浮游生物等5个实验室，配有高压液相色谱仪、紫外分光光度计、萤光分光光度计、大型万能显微镜、倒置显微镜、生化培养箱、光照培养箱等精密仪器和海洋生物调查设备。主要从事海洋初级生产力、浮游生物学、底栖生物学、海洋生态学、海水养殖与病害防治技术、养殖新品种培养和赤潮研究等。完成了“中日黑潮”和“中美海气相互作用”项目中的生态调查，海岸带、海岛生物资源调查，南极生态学研究等重大科研项目。目前正在进行浅海养殖生态系研究，海水增养殖生物优良种质和抗病力基础研究、牙鲆重大疾病早期诊断技术与核酸疫苗研究（863）、中日长江口环境负荷对生态系的影响研究和潮间带养殖容量及优化技术等国家重大研究项目。经多年研究，形成比较稳定的研究方向，如分子生物学、微生物活性物质、天然海洋活性物质、生态模型、海洋初级生产力、海水养殖与病虫害防治技术等。
海洋地质专业
本专业现有科技人员56人，其中研究员16人，副研究员13人、中级专业技术人员17人；博士4人，硕士7人。1998年获得硕士学位授予权。现有硕士生导师13人，博士生导师9人，目前在读硕士生12人，在读博士生14人。
该专业拥有海洋资源与环境地质重点实验室和岩矿、古地磁、粒度、同位素地球物理等12个实验室，配有质谱仪、等粒子体光谱仪、海洋重力仪、海洋磁力仪、单道地震仪等先进的调查和分析仪器。主要从事海洋沉积、海岸带及海底地貌、第四纪地质、地球物理、海底构造、地球化学、环境与工程地质等调查研究，近几年来主要完成“冲绳海槽中部海域勘察”、“马里亚纳海槽海底热液硫化物研究”、“太平洋多金属结核调查研究”、“植物硅化物研究”、“中法长江三角洲至冲绳海槽沉积物输运”等数十项国家专项、国家攻关和国防合作等重大项目，近20项成果获国家及省、部级科技进步奖，目前正在承担着大量的重大科技项目，如海底底类质分类多参数识别技术、数字海底技术、西北太平洋海底环境调查与研究、深海铁锰矿床矿系统与富钴品位的变化规律等科研项目。在研究生培养方面，主要研究方向有海洋沉积、海洋地貌、第四纪环境、海洋地球化学、物探资料处理和解释等。
环境科学专业
本专业现有科研人员60名，其中院士1名，研究员12名、副研究员18名、中等专业技术人员20名。硕士生导师6名，博士生导师3名。1993年获得环境科学硕士学位授予权，本专业现有在读博士生7名，在读硕士11名。已培养毕业研究生10名。本专业拥有国家海洋局生态环境与工程重点实验室。
环境科学（环境海洋学）是物理海洋、海洋化学、海洋生物、海洋地质等多学科交叉形成的新兴学科。海洋环境复杂多变，人类活动对其产生重要影响。通过对环境海洋学的研究，使我们能够综合地、立体地和动态的认识海洋、保护海洋、开发海洋、利用海洋，使海洋可持续地为人类服务，我所通过多年来对海洋环境的研究，基本形成了相对稳定的多个研究方向。
1. 海洋环境动力学：在海洋环境要素数值模拟、海洋环境要素波谱和信息特征的动力学分析、海水自净能力研究、遥感监测等方面已达到国际先进水平。研究成果大都已被应用于海洋开发项目中，经济效益显著。
2. 海岸带生态环境：多年来，开展了数十项海岸带环境的调查研究课题。诸如海岸带、海湾、岛屿的综合调查研究；未来海岸带环境演变的预测；海洋灾害发生的原因、机理、地域及防灾减灾对策；海岸带侵蚀的原因及防治对策、海岸与近海的工程环境；全新世以来的海面变化与海岸线变迁等。
3. 海洋环境生态学：该方向主要研究环境因子与生物群落之间的相互关系。例如海洋生物生产机制；环境因子对生物特别是养殖生物主要生理代谢活动影响及养殖生物病原学、组织病理学；生物对污染物指示生物的研究；极端环境下生物适应能力的研究等。
4. 海洋环境化学和放射化学：主要研究内容如：污染物质在海洋环境中的分布、迁移、转化、归宿；海洋化学自净能力；大气-海水-海底沉积界面物质交换及其通量；海岸水域污染状况及防治对策；近岸养殖工程水质的评价；海洋放射性水平监测评价；海洋放射性核素测定的新方法和新技术的探索等
