学科专业学校设有临床医学院、基础学院等10个院（系）。设有临床医学、口腔医学、护理学等25个本科专业（方向），临床医学、口腔医学、护理学、生物技术、医学影像学、药学、信息管理与信息系统等7个专业建设成为省级特色专业，其中，临床医学、口腔医学、护理学、生物技术等4个专业已建设成为国家级特色专业。
　　学校设有基础医学、临床医学、护理学等3个一级学科硕士学位授权点，有临床医学、口腔医学等2个硕士专业学位授权点，有口腔临床医学、中西结合临床等54个二级学科硕士学位授权点。
　　学科与科学研究现有中西医结合临床1个国家中医药管理局重点学科，神经生物学、呼吸病学、临床营养与代谢、分子影像学、口腔科学、免疫学等6个山东省泰山学者设岗学科，免疫学、口腔科学、临床营养支持中心（肝胆外科）、内科学、人体解剖与组织胚胎学、病理学与病理生理学、影像医学与核医学（省级特色重点学科）等7个省级重点学科，临床营养与代谢、肿瘤分子生物学实验室、医学生物技术（强化建设实验室）等3个省级重点实验室，医学人文研究中心等1个省级人文社科基地。
　　近五年来，学校共承担各类科研课题1336项，其中国家自然科学基金等国家级项目56项，省部级项目185项；获省部级科研奖励12项，厅局级科研奖励419项；出版专著、教材551部，发表论文3517篇，其中被SCI等收录和转载500余篇，核心期刊1290篇。
　　主办中国医学统计类核心期刊《中国医院统计》和中国学术期刊综合评价数据库来源期刊《滨州医学院学报》，均向国内外公开发行。