同济大学创建于1907年。1914年建立土木工程系。1948年发展成5个学院（医，工，理，法，文），10系1所。1951年，根据华东区教育部决定私立大厦大学、光华大学土木工程系合并到同济大学土木工程系，调整后的同济大学设立2个学院（理学院，工学院），共有8个系。其中工学院有5个系，即机械工程系，电机工程系，造船工程系，土木工程系，测量工程系，还有大地测量研究所。土木工程系分结构、公路、水利、市政4个专业组。市政组开设给水工程、排水工程课程。成为国内在城市给水排水领域的专门学科。1979年，成立环境工程学院。
1981年11月给水排水专业（研究生专业名称为市政工程专业）和环境工程专业双获国内第一批硕士学位点资格。同时杨钦教授被授予全国第一批博士生导师资格，市政工程专业获得全国第一批博士学位点资格。同年，第一批硕士研究生被授予硕士学位。1983年3月开始招收第一批博士研究生。1984年1月，环境工程专业获得博士学位点资格，1985年11月，市政工程专业和环境工程专业被批准建立国内首批博士后流动站。
1984年建成了环境实验大楼；1985年3月成立了国家环保局同济大学环境科学技术研究所；1985年1月成立同济水处理技术开发中心，下设工程设计室；1986年1月成立了国家环保局同济大学环境保护技术干部培训中心。
到1988年环境工程系有给水排水、废水工程、固体废物处理工程、系统工程、环境生物工程、大气污染控制和环境监测等七个教研室；给水排水、环境工程、环境监测三个专业。在国家环保局的建议下，于1988年10月批准成立环境工程学院，并于2月召开环境工程学院成立大会，当时任国家环保局局长的曲格平教授到会祝贺，并任名誉院长，学院成为全国高校有环境学科的唯一以学院建制的环境教育和科研机构。1998年8月根据形势和发展的需要，改名为环境科学与工程学院。
环境工程学院成立后在全院教职工的共同努力下继续得到了扩大和发展，1989年建成了环境学院大楼和干部培训宿舍楼。1993年6月，经国家教委批准，学院与南京大学环境科学系联合建立了“污染控制和资源化研究国家重点实验室”；1995年9月经国家计委批准在同济大学建立“城市污染控制国家工程研究中心”；1996年9月原上海城市建设学院环境工程系并入环境工程学院；1999年2月又建立了环境科学与工程一级学科博士后流动站。
经历了近50年的发展沿革和三代人的艰苦创业，学院目前成为国内环境教育、人才培养和科学研究的重要基地。
在教学上已形成本科生、硕士研究生、博士研究生和博士后流动站研究人员等完整的培养体系；在科学研究上有环境科学技术研究所、国家重点实验室、教学研究室等，配备先进的科研设备，培养和形成了人数众多的学术带头人，为培养环境学科领域内高层次科技人才奠定了坚实基础；在科研成果应用和转化上有国家工程研究中心、同济水处理技术开发中心、环境工程设计研究院等机构，形成了将科技转化为生产力的有效机制。目前，环境科学与工程学院在环境学科领域内已具有坚强的学科综合实力，在新的世纪中必将再创辉煌。
