姓 名：王海芸
职 称：副教授
导师情况：博士生/硕士生导师
研究领域：生物信息学
研究方向：1、肿瘤异质性与癌症用药的耐药性机制及合并用药研究
2、癌症的新型生物标志物研究
E-mail：wanghaiyun@tongji.edu.cn
联系电话：
通讯地址：上海市四平路1239号同济大学生命科学与技术学院 200092

个人简介：
王海芸，同济大学生命科学与技术学院副教授。1998年本科毕业于中南大学湘雅医学院（医学）；2004年获哈尔滨医科大学硕士学位（生物信息学）；2009年获同济大学博士学位（生物信息学）；2012-2014年美国哈佛医学院Dana-Farber癌症研究所访问****（生物信息学）。2004年任职于同济大学生命学院至今。先后主持国家自然科学基金《运用比较基因组学基于基因关系传递模式研究基因表达调控的进化机制》、《基于高通量药物基因组学数据的肺癌个性化联合用药方案筛选和评估》和《非小细胞肺癌不同KRAS突变型的治疗异质性与精准联合用药研究》。参与国家精准医学研究重点专项《头颈部恶性肿瘤个性化药物评价及临床转化体系建立》和参与重大科学计划项目《微小RNA在若干重要器官发育中的网络调控机理及其功能》子项目等研究。发表SCI文章20余篇。国家自然科学基金函评专家，《Bioinformatics》、《BMC Genomics》、《Scientific Reports》和《Journal of Theoretical Biology》等杂志同行评审专家。

代表性论文(#一作，*通讯)：
1: Cai Z, Xue H, Xu Y, K?hler J, Cheng X, Dai Y, Zheng J, Wang H*. Fcirc: A comprehensive pipeline for the exploration of fusion linear and circular RNAs. Gigascience. 2020 Jun 1;9(6):giaa054.
2: Kim K, Lane EA, Saftien A, Wang H, Xu Y, Wirtz-Peitz F, Perrimon N. Drosophila as a model for studying cystic fibrosis pathophysiology of the gastrointestinal system. Proc Natl Acad Sci U S A. 2020 May 12;117(19):10357-10367.
3: Rice A, Cortes E, Lachowski D, Oertle P, Matellan C, Thorpe SD, Ghose R, Wang H, Lee DA, Plodinec M, Del Río Hernández AE. GPER Activation Inhibits Cancer Cell Mechanotransduction and Basement Membrane Invasion via RhoA. Cancers (Basel). 2020 Jan 25;12(2):289.
4: Kurppa KJ, Liu Y, To C, Zhang T, Fan M, Vajdi A, Knelson EH, Xie Y, Lim K, Cejas P, Portell A, Lizotte PH, Ficarro SB, Li S, Chen T, Haikala HM, Wang H, Bahcall M, Gao Y, Shalhout S, Boettcher S, Shin BH, Thai T, Wilkens MK, Tillgren ML, Mushajiang M, Xu M, Choi J, Bertram AA, Ebert BL, Beroukhim R, Bandopadhayay P, Awad MM, Gokhale PC, Kirschmeier PT, Marto JA, Camargo FD, Haq R, Paweletz CP, Wong KK, Barbie DA, Long HW, Gray NS, J?nne PA. Treatment-Induced Tumor Dormancy through YAP-Mediated Transcriptional Reprogramming of the Apoptotic Pathway. Cancer Cell. 2020 Jan 13;37(1):104-122.e12.
5. Haiyun Wang*, Qi Lv, Yue Xu, Zhaoqing Cai, Jie Zheng, Xiaojie Cheng, Yao Dai, Pasi A. J?nne, Chiara Ambrogio*, Jens K?hler* An integrative pharmacogenomics analysis identifies therapeutic targets in KRAS-mutant lung cancer. EbioMedicine. 2019 Nov;49:106-117.
6. Weidong Chen, Jinzeng Wang, Jiahao Shi, Xu Yang, Ping Yang, Ning Wang, Sai Yang, TianpeiXie, Hua Yang, Mengjie Zhang, Haiyun Wang*, Jian Fei*. Longevity Effect of Liuwei Dihuang in Both Caenorhabditis Elegans and Aged Mice. Aging and Disease. 21 Aug 2018.
7. Cortes E, Lachowski D, Rice A, Chronopoulos A, Robinson B, Thorpe S, Lee DA, Possamai LA, Wang H, Pinato DJ, Del Río Hernández AE. Inhibits Myosin-Driven Activation and Durotaxis in Hepatic Stellate Cells. Hepatology. 2018 Jul 28.
8. Liu R, Wang J, Ukai M, Sewon K, Chen P, Suzuki Y, Wang H*, Aihara K*, Okada-Hatakeyama M*, Chen L*. Hunt for the tipping point during endocrine resistance process in breast cancer by dynamic network biomarkers. J Mol Cell Biol. 2018 Nov 1.
9. AmbrogioC, K?hler J, Zhou ZW, Wang H, Paranal R, Li J, Capelletti M, Caffarra C, Li S, Lv Q, Gondi S, Hunter JC, Lu J, Chiarle R, Santamaría D, Westover KD, J?nne PA. KRAS Dimerization Impacts MEK Inhibitor Sensitivity and Oncogenic Activity of Mutant KRAS. Cell. 2018 Feb 8;172(4):857-868.e15.
10. Wang J, Liu K, Liu Y, Lv Q, Zhang F, Wang H*. Evaluating the bias of circRNA predictions from total RNA-Seq data. Oncotarget. 2017 Dec 6;8(67):110914-110921.
11. Linyan Wang, Haiyun Wang, Dongli Song, Menglin Xu, Michael Liebmen. New strategies for targeting drug combinations to overcome mutation-driven drug resistance. Seminars in Cancer Biology. 2017 Feb;42:44-51.
12. Yin Liu, Teng Fei, Xiaoqi Zheng, Peng Zhang, Myles Brown, Xiaole Shirley Liu, Haiyun Wang*. An integrative pharmacogenomic approach identifies two-drug combination therapies for personalized cancer medicine. Sci Rep. 2016, 26:6.
13. Jinzeng Wang, Qi Lv, Xujuan Li, Ya Liu, Kang Liu, Haiyun Wang*. Post-transcriptional and translational regulation modulates gene co-expression behavior in more synchronized pace to carry out molecular function in the cell. Gene. 2016, 587(2).
14. Naiqian Zhang#, Haiyun Wang#, Yun Fang, Zuoli Dong, Xiaoming Liu, Fayou Wang, Jun Wang, Xiaoqi Zheng, X. Shirley Liu. Predicting anticancer drug responses using a dual-layer integrated cell line-drug network model. Plos Computational Biology. 2015 Sep 29;11(9).
15. Haiyun Wang*, Xiaoqi Zheng, Teng Fei, Jinzeng Wang, Xunjuan Li, Ya Liu, Fan Zhang. Towards pathway-centric cancer therapies via pharmacogenomic profiling analysis of ERK signalling pathway. Clin Transl Med. 2015 Dec;4(1):66.
16. Jian Wang#, Yong Zhang#, Haiyun Wang#, NianDong, LianninBao, XiaoqongSun, MenglinXu, Xiangdong Wang. Global analyses of subtype- or stage-specific genes on chromosome 7 in patients with lung cancer. Cancer Metast Rev. 2015 Jun;34(2).
17. Yun Fang, Yufang Qin, Naiqian Zhang, Jun Wang, Haiyun Wang*, Xiaoqi Zheng*. DISIS: prediction of drug response through an iterative sure independent screening. Plos One. 2015 Mar 20;10(3).
18. YongZhang, HaiyunWang, JianWang, LianmingBao, LingyanWang, JiayuanHuo, XiangdongWang. Global analysis of chromosome 1 genes among patients with lung adenocarcinoma, squamous carcinoma, large-cell carcinoma, small-cell carcinoma, or non-cancer. Cancer Metast Rev. 2015 Jun;34(2).
19. Xiaoqi Zheng, Qian Zhao, Hua-Jun Wu, Wei Li, Haiyun Wang, Clifford A Meyer, Qian Alvin Qin, Han Xu, Chongzhi Zang, Peng Jiang, Fuqiang Li, Yong Hou, Jianxing He, Jun Wang, Jun Wang, Peng Zhang, Yong Zhang and Xiaole Shirley Liu. MethylPurify: tumor purity deconvolution and differential methylation detection from single tumor DNA methylomes. Genome Biology. 2014, 15(8): 419.
20. Haiyun Wang*, Clifford A Meyer, Teng Fei, Gang Wang, Fan Zhang, X Shirley Liu. A systematic approach identifies FOXA1 as a key factor in the loss of epithelial traits during the epithelial-to-mesenchymal transition in lung cancer. BMC Genomics. 2013, 14: 680.
21.Haiyun Wang*, Qi Wang, Bairong Shen and Xia Li. Systematic investigation of global coordination among mRNA and protein in cellular society. BMC Genomics. 2010, 11:364.
22.Haiyun Wang*, Qi Wang, Xia Li, Bairong Shen, Min Ding and Ziyin Shen. Towards patterns tree of gene coexpression in eukaryotic species. Bioinformatics. 2008,24(11)：1367-1373.
承担项目
1.非小细胞肺癌不同KRAS突变型的治疗异质性与精准联合用药研究，国家自然科学基金面上项目（2018），主持，经费58万。
2. 基于高通量药物基因组学数据的肺癌个性化联合用药方案筛选和评估，国家自然科学基金面上项目（2016），主持，经费60万。
3. 头颈部恶性肿瘤个性化药物评价及临床转化体系建立，精准医学研究重点专项（2018），参与。
4．运用比较基因组学基于基因关系传递模式研究基因表达调控的进化机制，国家自然科学基金青年项目（2012），主持，经费28万，结题。
5．药物对动植物细胞作用机理研究，横向项目（2011），主持，经费50万，结题。
6．miRNA在心脏和血管发育过程中的调控作用，973重大专项，参与，经费35万，结题。

专著：
1. 转化生物信息学系列丛书12《Genomic Approach to Asthma》第16章《Application of Bioinformatics to Asthma》(Springer出版社，2018年出版)

2. 转化生物信息学系列丛书11《Application of Clinical Bioinformatics》第11章《Integrative Biological Databases》(Springer出版社，2016年出版)

3. 全国高等学校临床医学专业长学制卫生部规划教材《生物信息学》第七章《基因芯片数据分析》（人民卫生出版社，2010年出版，供8年制及7年制用）

4. 生物信息学基础《概率论与信息论基础》编委（哈尔滨出版社）


获奖情况：
1. 同济大学2018年第五期“名课优师”奖
2.同济大学2018-2019年度优秀班主任
3.同济大学生命学院2017年优秀教学工作者
4. 同济大学生命学院2017年优秀班主任
5.同济大学生命学院2016年优秀班主任
6. 2012年国家留学基金委全额资助留学的优秀青年骨干教师
7. 2011年同济大学青年教师讲课竞赛团体二等奖
8. 2007-2008学年度同济大学第二期大学生创新实践训练计划(SITP)二等奖指导教师
9. 同济大学2007本科毕业设计(论文)优秀指导教师
10. 同济大学教学成果一等奖：生命科学与技术创新人才培养模式的探索与实践