导师姓名刘雷性别男
职称教授
硕士生导师科学学位专业名称生物医学工程
博士生导师科学学位专业名称生物医学工程
所在院系生命科学院生物信息学系
联系办法leiliu@sibs.ac.cn/13482099233
研究方向/主要特长生物医学信息学；临床生物信息学；数字化医疗；转化医学；循证医学；医学数据整合于挖掘；医学自然语言处理
主要任职
中国科学院“百人计划”研究员、博士生导师；中国科学院系统生物学重点实验室生物信息中心执行主任；上海生物信息技术研究中心副主任；同济大学生命科学学院生物信息学系兼职教授，博士生导师；复旦大学附属上海市公共卫生临床中心兼职教授、信息科副主任中国医药生物技术协会生物医学信息技术分会常务委员中国医药信息学会电子病历与电子健康档案专业委员会专家委员中国卫生信息学会卫生信息技术专业委员会委员中国医药生物技术协会样本库分会委员中国医药信息学会上海学会、上海市计算机用户协会医药卫生专业委员会理事上海市生物信息学会理事国际计算生物学学会成员
科研业绩
多年从事生物医学信息学研究，不但致力于基础研究,更注重转化研究，研发了一系列医疗卫生软件系统，例如，应用于医疗科研与实验的临床样本库管理系统；医疗信息共享与整合的平台信息系统，可将多家的异构数据进行整合，已获得软件著作权，并申请了专利；在临床科研信息化、组学数据的整合与挖掘、生物信息系统建模等方面开发了一系列新算法及软件，并取得一些具有国际水平的成果，例如，结合基础研究中的组学数据，开发了基于基因多样性的个性化医疗临床决策支持系统，将基因、疾病、药物的信息相关联与整合。“十一五”期间，主持国家863项目“建立基于临床医疗信息共享平台的医疗决策支持系统”，总经费480万；主要参与国家863项目“重大疾病分子分型信息化平台建设”和国家传染病重大专项课题“病毒性肝炎相关肝癌样本库及其相关共享数据库的建设及维护”。主持开发的“临床样本库信息管理系统及科研电子病例系统”在十余家大型三甲医院得到应用推广，运行正常。近年来获得了15项软件著作权，申请了三项专利。先后在《Bioinformatics》、《PLoSComputationalBiology》、《NucleicAcidResearch》《JournalofBiomedicalinformatics》等国际上有较大影响的学术刊物及学术会议上发表论文40余篇，绝大多数的论文影响因子在3.0以上。同时还应邀撰写了四部专著的部分章节，共同主编了《中国医疗卫生信息化进展》一书。代表软件著作权：1．ClindataExpress临床信息管理系统（著作权登记号2008SR21272）2．病原体鉴定系统（著作权登记号2008SR24438）3．标本库管理系统（著作权登记号2008SR244394．电子病历智能校验辅助系统软件（著作权登记号2009SR022800）5．生物医学文档标注服务系统（著作权登记号2009SR05429代表论文：1.Animprovedkineticmodelfortheacetone-butanol-ethanolpathwayofClostridiumacetobutylicumandmodel-basedperturbationanalysis,RudongLi,YuanyuanLi,Ling-YiLu,CongRen,Yi-XueLi,*LeiLiu,BMCSystemsBiology，2011（inpress）.2.UsingPseudoAminoAcidCompositiontoPredictProteaseFamiliesbyIncorporatingaSeriesofProteinBiologicalFeatures,LeleHu,LuluZheng,ZhiwenWang,BingLi,*LeiLiu,Protein&PeptideLetters,2011(inpress).3.TheroleofHepatitisCVirusinthedynamicproteininteractionnetworksofhepatocellularcirrhosisandcarcinoma,TaoHuang,LeiLiu,QiLiu,GuohuiDing,YejunTan,ZhidongTu,YixueLi,*HongyueDai,*LuXie,InternationalJournalofComputationalBiologyandDrugDesign,Inderscience,4(1),pp5-17,2011.4.Dysfunctionalgene/proteinnetworksinhepatitisCvirus-inducedhepatocellularcirrhosisandcarcinoma,Huang,Tao,Ding,Guohui,Li,Yixue,Liu,Lei,Tan,Eugene,Dai,Hongyue,Liu,Qi,Tu,Zhidong,Xie,Lu,2010ACMInternationalConferenceonBioinformaticsandComputationalBiology,ACM-BCB2010,pp502-507,2010/8/25.ESCPP:AnevaluationandalertingsystemforthecompatibilitybetweenpracticeguidelinesandpracticingmedicineusingArdensyntax,Liu,Xingnan,Xu,Ye,Li,Zuofeng,Liu,Lei,Zhang,Xiaoyan,1stInternationalConferenceonInformationScienceandEngineering,ICISE2009,pp3649-3652,2009/12/26