姓名：张勇
学位：博士
导师情况：博士生导师
研究领域：生物信息学和表观遗传组学
研究方向：生物信息学，计算基因组学和表观基因组学

E-mail：yzhang@tongji.edu.cn
联系电话：021-65981196
通讯地址：上海市四平路1239号，同济大学生命科学与技术学院（200092）

个人简介：
2001年毕业于北京大学，获学士学位。2006年毕业于中国科学院生物物理研究所，获得博士学位。2006-2009年，在美国哈佛大学和Dana-Farber癌症研究所从事博士后研究；在博士后期间，主要针对新一代高通量测序技术，发展生物信息学方法，来解决表观遗传组学问题。自2009年起被聘为同济大学生命科学与技术学院教授，主要从事生物信息学及表观遗传组学的科研及教学工作。近几年的研究工作主要针对高通量生物学数据分析，发展全新的生物信息学算法，进而在基因组尺度上揭示核小体定位、表观遗传修饰的建立机制及其与转录调控的关联。
在国内外学术期刊上发表论文三十余篇，文章总计被引用超过1500次（H-index为14）其中在Nature,NatureStructural&MolecularBiology,NatureProtocols,GenomeBiology,Bioinformatics,BMCGenomics,Epigenetics等期刊发表通讯作者或第一作者论文16篇。先后入选上海市科技启明星计划和教育部新世纪优秀人才支持计划，目前作为负责人承担973重大专项课题和国家自然基金委面上项目各一项，
实验室主页http://web.tongji.edu.cn/~zhanglab/

代表性论文（按年份降序排列）
1.TianR,FengJ,CaiX,ZhangY$(correspondingauthor).Localchromatindynamicsoftranscriptionfactorsimplycelllineage-specificfunctionsduringcellulardifferentiation.Epigenetics2012;7(1):55-62.
2.FuK,TangQ,FengJ,LiuXS,ZhangY$(correspondingauthor).DiNuP:asystematicapproachtoidentifyregionsofdifferentialnucleosomepositioning.Bioinformatics2012;28(15):1965-71.
3.LiuL,ZhangY,FengJ,ZhengN,YinJ,ZhangY$(correspondingauthor).GeSICA:genomesegmentationfromintra-chromosomalassociations.BMCGenomics2012;13:164.
4.FengJ,MeyerCA,WangQ,LiuJS,LiuXS$,ZhangY$(correspondingauthor).GFOLD:ageneralizedfoldchangeforrankingdifferentiallyex-pressedgenesfromRNA-seqdata.Bioinformatics(advanceonline).
5.FengJ,LiuT,QinBo,ZhangY$(co-correspondingauthor),LiuXS$.IdentifyingChIP-seqenrichmentusingMACS.NatProtoc(accepted).
6.QinB,ZhouM,GeY,TaingL,LiuT,WangQ,WangS,ChenJ,ShenL,DuanX,HuS,LiW,LongH,ZhangY$(co-correspondingauthor),LiuXS$.CistromeMap:AknowledgebaseandwebserverforChIP-SeqandDNase-Seqstudiesinmouseandhuman.Bioinformatics2012;28(10):1411-2.
7.WangC,TianR,ZhaoQ,XuH,MeyerCA,LiC,ZhangY,LiuXS.ComputationalinferenceofmRNAstabilityfromhistonemodificationandtranscriptomeprofiles.NucleicAcidsRes2012;40(14):6414-23.
8.ZhaoQ,ZhangY$(correspondingauthor).Epigenomesequencingcomesofageindevelopment,differentiationanddiseasesmechanismresearch.Epigenomics2011;3(2):207-20.
9.FengJ,LiuT,ZhangY$(correspondingauthor).UsingMACStoidentifypeaksfromChIP-Seqdata.CurrProtocBioinform2011;34:2.14.
10.VastenhouwNL*,ZhangY*(co-firstauthor),WoodsIG,ImamF,RegevA,X.LiuXS,RinnJ,SchierA.Chromatinsignatureofembryonicpluripotencyisestablishedduringzygoticgenomeactivation.Nature2010;464:922-6.
11.ZhangY,MoqtaderiZ,RattnerB,EuskirchenG,SnyderM,KadonagaJT,LiuXS,StruhlK.Intrinsichistone-DNAinteractionsarenotthemajordeterminantofnucleosomepositionsinvivo.NatStructMolBiol2009;16(8):847-52.
12.WangQ,LiW,ZhangY,YuanX,XuK,YuJ,ChenZ,BeroukhimR,WangH,LupienM,WuT,ReganMM,MeyerCA,CarrollJS,ManraiAK,JanneOA,BalkSP,MehraR,HanB,ChinnaiyanAM,RubinMA,TrueL,FiorentinoM,FioreC,LodaM,KantoffPW,LiuXS,BrownM.AndrogenReceptorRegulatesaDistinctTranscriptionPrograminAndrogen-IndependentProstateCancer.Cell2009;138:245-56.
13.ZhangY,LiuT,MeyerCA,EeckhouteJ,JohnsonDJ,MyersRM,BernsteinBE,NussbaumC,BrownM,LiW,LiuXS.Model-basedanalysisofChIP-Seq(MACS).GenomeBiol2008;9:R137.
14.ZhangY,ShinH,SongJS,LeiY,LiuXS.IdentifyingpositionednucleosomeswithepigeneticmarksinhumanfromChIP-Seq.BMCGenomics2008;9:537.
15.LefterovaM,ZhangY,StegerDJ,SchuppM,SchugJ,CristanchoA,FengD,ZhuoD,StoeckertCJ,LiuXS,LazarMA.PPARgammaandC/EBPfactorsorchestrateadipocytebiologyviaadjacentbindingonagenome-widescale.GenesDev2008,22:2941-2952.
16.ZhangY,LiS,SkogerboG,ZhangZ,ZhuX,ZhangZ,SunS,ChenR.Phylopheneticpropertiesofmetabolicpathwaytopologiesasrevealedbyglobalanalysis.BMCBioinformatics2006;7:252.
17.ZhangY,SunS,WuT,WangJ,LiuC,ChenL,ZhuX,ZhaoY,ZhangZ,ShiB,LuH,ChenR.IdentifyingHfq-bindingsmallRNAtargetsinEscherichiacoli.BiochemBiophysResCommun2006;343(3):950-955.
18.ZhangY,ZhangZ,LingL,ShiB,ChenR.ConservationanalysisofsmallRNAgenesinEscherichiacoli.Bioinformatics2004;20(5):599-603.