学校现设训练部、政治部、校务部、科研部、研究生院5个部院机关，下辖基础部、海军医学系、药学系、卫生勤务学系、护理学系、外训系、研究生管理大队、学员旅、长海医院、长征医院、东方肝胆外科医院、南京军医学院以及3个干休所，共有教职员工10，000余人。是一所为军队培养卫生专业技术干部和卫生事业管理干部的全国重点高等医科大学。
学校现设临床医学、海军临床医学、临床精神卫生学、药学、麻醉学、护理学、卫生事业管理学、医学检验学、放射技术、医学实验技术等10个专业，招收博士、硕士、本科、大专等不同学历层次的学员，是军内唯一的医药学留学生培训基地，拥有60个硕士学位授权学科，45个博士学位授权学科以及5个博士后流动站（临床医学、药学、生物学、基础医学、公共卫生与预防医学）。共为国防卫生事业培养输送了40000余名医、药、护、技和卫生管理合格人才，形成了以本科和研究生教育为主、专科教育为辅、各类成人教育为补充的比较完整的办学体系。学校于1998年顺利跨入国家“211工程”重点建设院校行列。
学校教学、医疗和科研力量雄厚。现有高级专业技术职务人员776名，中科院院士2名，国务院学位委员会学科评议组成员3名，博士生导师134名，硕士生导师377名，外籍客座教授104名，有245名专家享受政府特殊津贴，28人在国际学术机构担任理事以上职务。著名肝胆外科专家、中科院院士吴孟超教授，1996年被中央军委授予“模范医学专家”称号。长海、长征两所附属医院于1993年首批被评定为三级甲等医院，东方肝胆外科医院于1996年被评为三级甲等专科医院。学校现有生理学、遗传学、免疫学、航空航天与航海医学、内科学（消化系病）、影像医学与核医学、外科学（普外、骨外、胸心外、烧伤）、中西医结合临床、药理学等12个国家级重点学科；烧伤医学中心、中医内科中心、神经外科中心、肾脏病中心、急诊医学中心、血液病中心、消化内科中心、泌尿外科中心、医学免疫诊断中心、护理教育中心等10个全军医学专科中心；胸心外科研究所、骨科研究所、血管外科研究所、中西药研究所、肝胆外科研究所等5个全军医学研究所；医学肝胆肿瘤、免疫与基因治疗、神经生理、药物化学、医学微生物、临床免疫、心脏外科、消化内科、细胞生物信号转导等9个军队医学重点专业实验室；肝胆外科、脊柱外科、烧伤外科、神经外科、胸心外科等5个上海市医学领先专业重点学科。“九五”期间，共获准省部级以上科研项目639项，经费总额11338.9万元。其中，获准国家自然科学基金各类项目301项，居全国医科院校第一、各类高校第十二位。曹雪涛教授作为首席科学家，获国家重点基础研究发展规划（“973”项目）资助。1978年以来，共获军队、省市、部委级以上科技成果1574项，在全国医科类院校中名列前茅。
学校教学环境优良。校址位于上海市东北部文教商业中心地区，毗邻复旦、同济、财大等高校。学校占地110万余平方米，建筑面积达67万余平方米，拥有现代化的教学楼、图书馆、实验大楼和国内一流的教学实习医院。其中，图书馆建筑面积1.1万平方米，藏书50余万册；拥有磁共振、CT系统、PET单光发射计算机断层扫描（ECT）、直线加速器、透射式电子显微镜、原子吸收分光光度计、激光活性细胞分析仪、全自动生化仪、DNA序列分析仪、有机合成仪等现代化教学、医疗、科研仪器设备21908台（件），总价值达7.67亿元。
学校广泛开展国际学术交流。每年都派遣人员出国留学、参加学术会议、讲学及开展学术研究；分别与34个国家和地区建立了学术交流及合作关系；多次主办中德、德中医学协会年会、中日整形外科会议、国际内窥镜学术会议、国际诱变剂会议、中美烧伤创伤外科学等大型国际学术会议；经常邀请外国学者来校讲学、合作科研。承担外军留学生的培训任务。
学校面向全国、全军招生。本科实行秋季提前单独录取，招收地方应届高中毕业生，年龄在20周岁以下，身体健康，符合《中国人民解放军院校招收学员体格检查标准》，语种限报英语；研究生报考者除符合国家教育部规定的条件外，还要有适应部队工作需要的体魄和过硬的思想素质。每年招生计划可上网查悉或见我校每年招生简章。地方新生入学后办理参军手续，在校学习期间享受供给制待遇，家庭享受军属待遇。毕业后统一分配到全军教学、医疗、科研单位工作。
热忱欢迎有志献身军队卫生事业的军内外学子报考第二军医大学。
