生物化学教研室于1949年9月建校时成立。原雷斯德（lester）医学研究院生理所研究员候祥川教授任教研室（当时称生化科）主任，1958年调离。候祥川教授领导教研室人员主要从事营养缺乏病的研究，对维生素，特别是维生素b2（核黄素）缺乏病的研究独到。全国解放前夕，他深入华东军区部队进行调查研究，发现不少战士患口角炎和阴囊炎，及时被诊断为维生素b2缺乏症，并提出了有效的防治措施，增强了部队的战斗力。此外对我军第一代军用口粮和γ－射线对米、面营养价值的影响也进行了研究，指导完成第一代军用口粮的供应。由于上述工作荣立一等功。共发表科学论文270多篇，著作有食物中毒（人民卫生部出版，1954年）、饮食与营养学（上海广协书局出版，1953年；第二版，1954年）、营养缺乏病纲要及图谱（人民卫生部出版，1957年）。曾兼任中华医学杂志、中华医史杂志、生理学报、生理科学进展、生物化学杂志及人民军医等多种刊物的编委或顾问。还担任过卫生部药典委员会药理与生物化学专门委员会委员、全国卫生科学研究委员会营养专门委员会委员、中国人民最低营养需要拟定委员会委员及上海市政协委员等职。1979年被选为中国营养学会及中国生化学会荣誉理事。候祥川先生由于在营养学方面研究中取得的丰硕成果，为我国营养学的创建和发展作出了重要贡献，在国际营养学和生物化学界享有较高的声誉。
　　
　　1959年戴重光教授任教研室主任。教研室主要从事教学改革工作。编写了适合于不同层次学员的讲义、教材。翟森老师成为学校郭兴福教学苗子，教学工作得到学员的好评。1974年伍济担任教研室主任。储仲禄先生曾对凝血机制以及动脉硬化方面进行过一些研究。由于文化大革命的影响，研究工作未能深入进行。文化大革命结束后，陈志、李建新先生抓紧科研工作，与本校电镜室合作，肝细胞内乙型肝炎表面抗原电子显微镜定位方法1978年获全国科学大会奖。1980年陈克明教授任教研室主任，与中国科学院上海生物化学研究所合作连续开办了三期全国高级生化班，为全国培养了生物化学教学和科研骨干，也为我校生物化学教研室在全国有一席之地奠定了基础。科研工作也逐渐形成生物膜结构和功能的研究、凝血机制的研究以及酶学的应用研究三个方面。smmc近交系小鼠建立与分子生物学遗传监测技术的研究获1985年军队科技进步一等奖（合作研究）。红细胞膜蛋白质与疾病获1989年军队科技进步二等奖。1981年生化教研室被批准为硕士学位授权点。同年陈克明教授当选为上海生物化学会常务理事，1984年当选为全国生物化学理事，1988年当选为医学生物化学常务理事，并担任中国生物化学杂志编委。教学工作也取得了较好的成绩，编写了本校本科生生物化学讲义。合编了发光分析与医学（华东师范大学出版社）、全国高级生化班实验教材、临床血液病讲义第一分册。参编了英汉生物化学词汇第1，2版（上海科技出版社）、肝脏外科学（上海科学技术出版社）、医学分子生物学（武汉大学出版社）、生物化学（上海科学技术出版社）、biochemistry of hemostasis、blood lipids等。1991年杨雨善教授获全军优秀教师称号。
　　
　　1992年魏尧梅任教研室主任，仍坚持上述科研方向。人红细胞膜血型糖蛋白a与恶性疟原虫裂殖子入侵红细胞的机制、肌营养不良症的基础和临床研究、中国蚊类衍化研究（与寄生虫教研室合作研究）分别获1992年、1994年、1995年军队科技进步二等奖。实验教学不断进行了改革。去除了不适应现代教学的有关验证理论和检验方面的实验，增加了生物大分子蛋白质核酸分离纯化方面的综合性实验。并通过国内外生物化学考试试题的比较提出当时教学内容陈旧的观点，在教学中不断增加新的内容。教研室教授副教授全部参加教学工作。生物化学教学工作始终得到全校的好评。多次获学校教学优秀奖和教学成果奖。赵麟讲师被评为学校a级教员。
　　
　　1995年毛积芳任教研室主任。除上述科研方向外，增加了基因表达和调控的研究.创伤和应激时线粒体功能的改变及其防治获1997年军队科技进步二等奖、肾上腺素诱导兔血小板的聚集作用的方法获全国星火杯创造发明二等奖。教研室继续坚持教学改革的方向，为硕士研究生开设了分子生物学实验，本科生中增加了分子生物学实验内容。教研室组织编写了适合不同层次学员的生物化学理论和实验教材。王学敏教授参加了全国高等院校教材生物化学第五版的编写。毛积芳教授等与第四军医大学合编？quot；生物化学与分子生物学实验技术（高等教育出版社）。制作了《凝胶层析》多媒体课件、《《生物化学与分子生物学教学电子图表数据库管理系统》获校级教学成果二等奖。1997年王学敏教授当选为全国生物化学与分子生物学会常务理事。杨雨善教授被授予学校特级教师称号。冯伟华副教授获上海市育才奖.邹鲁峰讲师被评为学校a级教员。1998年教研室被评为学校优秀课程单位。已连续三年获教学先进集体。1998年杨雨善教授当选为全军继续教育指导委员会成员。同年教研室被批准为博士学位授予点。1999年生物化学教研室改名为生物化学与分子生物学教研？quot；。
　　
　　2001年焦炳华任教研室主任。根据国内外生命科学与生物技术的发展趋势，将学科方向确立为生物大分子的结构与功能、生物技术药物与天然生化药物和生物芯片与功能基因组学.围绕上述三个方向，重建和整合了相应的课题组，并新建了海洋生命活性物质和组织芯片两个实验室。教研室投入300万元，彻底改建了实验室，扩大了工作场地，建立了局域网、程控电话交换网，为每位科技干部配置了电脑。2002年，教研室主持的生物技术药物技术平台和创新药物研究被列为学校十五211工程建设重点项目。王学敏、焦炳华教授主编的《高级医学生物化学教程》被遴选为全国研究生选修教材，并由科学出版社出版：新型肿瘤坏死因子的研究获中国发明专利金奖和国家九五重点攻关计划优秀成果，重组降钙素的研制获中国发明专利授权。两年中获国家十五重大科技专项、国家高技术研究计划、国家杰出青年（海外）科学基金等共7项，获资助1407万元。教研室连续第5次评为学校教学先进集体，焦炳华教授获军队育才奖银奖，蔡在龙副教授被评为基础部优秀中青年教员。2001年，教研室被学校评为基层建设标兵单位并荣立集体三等功一次。
　　
　　教研室建立以来共获军队科技进步一等奖1项（合作研究），二等奖9项（3项为合作研究），三等奖12项。全国星火杯创造发明二等奖1项，三等奖2项。已毕业硕士研究生36名、博士研究生4名。
　　
　　目前教研室是：
　　
　　中国生物化学与分子生物学会常务理事单位
　　
　　上海生物化学与分子生物学会常务理事单位
　　
　　全国医学生物化学与分子生物学会副主任委员单位
　　
　　中国干扰素与细胞银子学会主任委员单位
　　
　　中国海洋生物工程学会主任委员单位
　　
　　中国海洋生物化学与分子生物学分会理事长单位
　　
　　中国生化药物研究中心上海研究基地挂靠单位