流行病学教研室的前身是1950年成立的公共卫生教研室，由军队流行病学、卫生统计学、军队卫生学三个学科组成，石茂年教授负责流行病学的教学并主持全教研室工作。
　　
　　1955年春，军队流行病学教研室正式成立，石茂年教授任主任，1956年调离，由胡克诚副教授任副主任，主持工作。在此期间，全科人员多次深入部队参观，体验熟悉部队生活，并针对部队平战时防病工作需要开展一些调查研究，特别是1959年底对上海大场一大型养猪场不明原因疾病进行调查研究，从流行病学临床表现、病原学等方面着手研究，经过大量试验、分析，证明是猪型钩体病爆发，从猪及田姬鼠中检出病原体，从血清学证明人发病与动物病原相关联，因此项研究成果荣获集体三等功。
　　
　　1960年刘云沛教授任主任（1960~1980年）。1960年底军队流行病学教研室被列入全军三防研究单位，将反细菌战列为教学与科研的主题，为配合卫勤野外演练，我室主要针对侦、检、消、防、治五个方面开展三防演习，圆满完成了反生物战演练任务。1961至1964年，教研室主要开展了肝炎、副霍乱的研究以及结合消毒参加烧伤救治工作。
　　
　　1960年在海军临床医学系成立了海军流行病学教研室，王世英教授任主任（1960~1972年），在此期间主要开展教学和现场调查研究工作。
　　
　　文化大革命期间，由于历史原因，教研室各项工作曾一度停止。
　　
　　文化大革命后，各项工作逐步进入正常轨道。
　　
　　1975年军队流行病学教研室为完成朝鲜二期外训反细菌战培训任务，选派部分人员到北京军事医学科学院学习气溶胶实验技术、消毒技术、杀虫实验室ld50测定、现场ulv技术等，为以后开展研究作好了技术准备。
　　
　　1975年海军流行病学教研室由孙万芳教授任主任（1975~1987年），孙万芳教授、林永华、王能久等人响应国家号召，开展灭鼠药物研究，并研制出灭鼠灵，为部队士兵解决了多年的恶鼠困扰，获军队进步三等奖。1980年由郭振东、郑友、陈新年开展的《手持式静电喷雾器》获上海科技进步二等奖，1986年由王能久、刘一虎等人开展的《841型粘鼠胶的研制及应用》获军队科技进步三等奖。
　　
　　1976年以后，军队流行病学教研室主要从事教学改革工作。在此期间，倪仁宝副教授根据多年教学研究经验主编了《临床常见问题解答》。1980年郑友教授任主任（1980~1987年）主要进行了消毒学的研究、脑血管疾病调查研究、菌痢耐药因子研究、烧伤病原学变迁研究，等等。其中《霍乱弧菌抗药性质粒（r因子）的研究》获军队科技进步三等奖（1984年）。
　　
　　1987年7月军队流行病学教研室与海军流行病学教研室合并，编制名称为军队流行病学教研室，隶属海军临床医学系，1992年教研室主要人员有：薛广波、王能久、倪仁宝、郭振东、居喜娟、施绮云、郭强、刘厚奇、翁毅、胡世杰、魏群生、陈北川、蔡全才。1993年起编制名称改为流行病学教研室，隶属卫生勤务学系，薛广波教授任主任（1987~1998年），王能久副教授任副主任，发展了神经流行病学和消毒学两个研究方向。1990年刘厚奇获国家自然科学基金资助。1992年王能久副教授等人的流行病出血热防治对策研究获上海市科委资助。由郭振东、施绮云、王炳魁、王淑周开展的《afd-a型空气清香消毒剂的研制》获军队科技进步三等奖（1988年），由居喜娟副教授作为第三完成人完成的《癫痫发病规律及致病因素研究》获军队科技进步二等奖（1993年），薛广波教授作为第二完成人参与的《偏头痛、丛集性头痛连续防治研究》获军队科技进步二等奖（1998年）；1994年薛广波主编的《军队流行病学》本科教材开始用于教学实践。薛广波教授主编了数本消毒学专业书刊，其中《实用消毒学》于1988年获国家优秀科技图书二等奖，《现代疾病预防学》于1999年获军队优秀图书提名奖。薛广波、居喜娟同志享受政府特殊津贴。
　　
　　1998年-2002年，教研室缺主任，由副主任蔡全才同志主持教研室工作。在1998年的抗洪战斗中，我室魏群生、蔡全才同志奔赴抗洪一线，分别荣立个人三等功和先进个人。此间，徐荷副教授获校a级教员的光荣称号。
　　
　　2002年10月底，曹广文教授从美国留学归国后任教研室主任。2003年9月教研室在编人员：曹广文、徐荷、张宏伟、蔡全才、顾春英、陈北川、刘世建、常文军、王国萍。在读研究生：高宏伟、谭晓洁、贺松琴。2003年以来，教研室组织全体在职人员编写的新版《军队流行病学》（徐荷主编、张宏伟副主编）本科教材和《epidemiology》（张宏伟主编、顾春英副主编）外训教材已经用于教学实践。蔡全才、郭强主编的《生物武器医学防护》于2003年出版。教研室2003年同时开设了8个年制的流行病学课程，显示流行病学在军事院校中的重要性得到加强。蔡全才获得校a级教员光荣称号。
　　
　　根据国际流行病学发展形势，教研室于2002年底确定了三个发展方向：一是肿瘤分子流行病学，克隆肿瘤转移相关基因、建立可以用于人群调查和监控以及肿瘤特异性治疗的肿瘤标志基因群。该方向曾获得6项国家自然科学基金资助，1999年，曹广文教授主持的《恶性肿瘤组织特异性基因治疗》获军队科技进步一等奖（99-1-8-1），发表论文90余篇，其中在gastroenterology，am j path，gene ther，int j cancer，eur j cancer，cancer gene ther，int j oncol，in vivo，j gastroenterol hepatol等国际专业杂志上发表论文10余篇被sci引用80余次。2003年该方向新获得1项国家自然科学基金和1项教育部回国人员启动基金资助；二是传染病现场和分子流行病学，主要任务针对突发性传染病和生物战的侦察和应急处理，并进行快速检测基因芯片研究。该研究方向曾获上海市曙光计划资助，今年新获得国家自然科学基金（主任基金70340015）、全军计划项目（03f001-5）等基金资助，发表论文10余篇，获专利一项，曹广文教授参与的《输血传播的新病原微生物》于2003年获军队科技进步一等奖。该方向在2003年春爆发的sars流行中，现场流行病学研究显示出其实用性和强大生命力。曹广文主任奉命赴北京抗sars现场调查2个月，蔡全才副主任在国家卫生部进行疫情分析1个月，受到总部表彰。其余同志在支部书记张宏伟和副主任顾春英同志带领下在上海进行了卓有成效的sars防治工作；三是生物武器防护和消毒学研究。该方向获得校青年基金资助。2003年在国家211工程启动下，建成了标准生物武器防护实验室（气溶胶实验室和生物防护实验室）、分子流行病学实验室和综合实验室。该方向在未来反生物战的侦、检、消、防、治五个方面将发挥作用。
　　
　　现有在职人员9名，其中教授1名，副教授2名、讲师2名、助教3名、实验师1名；博士4名，硕士3名，本科1名。1993年我室被批准为硕士学位授予点。