删除或更新信息,请邮件至freekaoyan#163.com(#换成@)

基于生物信息学方法的儿童急性不明确谱系白血病的潜在治疗靶基因筛选

本站小编 Free考研考试/2022-02-12

闂傚倷绀佺紞濠傖缚瑜旈、鏍幢濡炵粯鏁犻梺閫炲苯澧撮柣鎿冨亰瀹曞墎鎹勬潪鏉挎瀳闂備線鈧偛鑻晶浼存煕閻樻煡鍙勭€规洏鍨芥俊鍫曞炊閵娿儺浼曢梺鑽ゅ枑閻熴儳鈧凹鍙冨鎶藉醇閵夛妇鍘遍梺褰掑亰閸撴瑩銆冨▎鎴犵<闁告瑦锚瀹撳棛鈧娲忛崝鎴﹀极閹剧粯鏅搁柨鐕傛嫹闂傚倷鐒︾€笛呯矙閹达附鍎斿┑鍌氭啞閸嬬喐绻涢幋娆忕仼缁绢厸鍋撻梺璇查濠€杈ㄦ叏鐎靛摜涓嶆い鏍仦閻撴洘绻涢崱妯哄濠⒀屽墯缁绘繈鍩€椤掑嫬绠ユい鏃€鍎冲畷銉モ攽閻愬弶顥為悽顖滃仱婵″爼顢曢敂鐣屽幐闂佺ǹ鏈粙鎾诲箠閸℃瑦鍋栨繛鍡樻尰閻撴洘淇婇娆掝劅闁稿孩鍨圭槐鎾诲磼濮樺吋楔闂侀€炲苯澧存繛浣冲吘娑樷槈閵忊€充函濠电姴锕ら悧濠囧疾椤掑嫭鐓ラ柣鏇炲€圭€氾拷

摘要/Abstract


摘要: 目的·利用生物信息学分析方法探索儿童急性不明确谱系白血病(acute leukemia of ambiguous lineage,ALAL)致病通路、生存相关的独特基因表达谱及枢纽基因。方法·从TARGET (Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatment)和GEO (Gene Expression Omnibus)数据库下载患者和健康人的表达数据,利用limma、clusterProfiler、survival等生信工具对基因表达量进行差异分析、功能分析及生存分析,最后通过构建蛋白-蛋白相互作用网络筛选得到与ALAL发病及生存相关的枢纽基因。结果·将ALAL组和健康对照组进行比较,共筛选得到4 053个显著差异基因(均P<0.05),其中表达上调基因1 844个,表达下调基因2 209个。利用GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析发现,上调基因参与细胞周期及剪接,下调基因参与免疫调节。通过与其他类型白血病的表达谱进行比较,发现ALAL中生存相关基因呈现独特的表达模式。蛋白质-蛋白质相互作网络显示生存基因网络的核心基因为CXCL8(C-X-C motif chemokine ligand 8)和LMNA(lamin A/C)。结论·ALAL的发病机制与细胞周期以及免疫相关,ALAL预后不良可能与其生存基因的独特表达谱有关;CXCL8LMNA在ALAL中发挥重要作用,可能作为潜在的治疗靶点;这些结果对ALAL的机制研究和临床治疗具有提示作用。
关键词: 生物信息学, 数据挖掘, 白血病, 生存分析
Abstract:
Objective·To explore the pathogenetic pathways, unique gene expression profiles related to survival and hub genes in children with acute leukemia of ambiguous lineage (ALAL) by bioinformatics analysis.
Methods·From TARGET (Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatment) and GEO (Gene Expression Omnibus), the expression data of patients and healthy individuals were downloaded. The differential analysis of gene expression, as well as its function and survival analysis, were performed by bioinformatics tools, such as limma, clusterProfiler and survival. Finally, the hub genes of ALAL were screened by constructing protein-protein interaction network (PPI).
Results·Four thousand and fifty-three significant differentially expressed genes were identified in the differential analysis between ALAL group and control group (all P<0.05), of which 1 844 were up-regulated genes and 2 209 were down-regulated genes. GO (Gene Ontology) and KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) enrichment analysis indicated that up-regulated genes were related to cell cycle and splicing, while the down-regulated genes were associated with immunity. By comparing the expression profiles with those of other types of leukemia, a unique expression pattern of survival-related genes in ALAL were found. Finally, PPI showed that CXCL8 (C-X-C motif chemokine ligand 8) and LMNA (lamin A/C) were the hub genes of the survival gene network.
Conclusion·The pathogenesis of ALAL is related to cell cycle and immunity. The poor prognosis of ALAL may be related to the unique expression profile of survival-related genes. CXCL8 and LMNA play an important role in ALAL, and may act as potential therapeutic targets. These results have implications for the mechanism research and clinical treatment of ALAL.

Key words: bioinformatics, data mining, leukemia, survival analysis


PDF全文下载地址:

点我下载PDF
闂佽瀛╅鏍窗閹烘纾婚柟鍓х帛閳锋垶銇勯幇鍓佹偧妞わ絽寮剁换婵嬪焵椤掑嫬绠ユい鏃€鍎冲畷銉モ攽椤旂瓔娈樻い锔剧〗闂傚倷鐒︾€笛呯矙閹烘鍎楁い鏂垮⒔閸楁岸鎮楀☉娆嬬細闁崇粯妫冮弻娑㈠Ψ閵忊剝鐝﹀┑鐐插悑瀹€鎼佸蓟閵堝绾ч柛顭戝枟濞堝爼姊虹紒妯煎⒈闁稿簺鍊楃划娆愬緞閹邦剛顔掗梺鑲┾拡閸撴盯骞婂┑瀣厽闁绘ê寮舵径鍕偓瑙勬礃閿曘垽鏁愰悙纰樺亾閿濆骸浜剧紒鎲嬬秮閺岀喐娼忔ィ鍐╊€嶅銈嗘尵閹虫捇濡撮幒鎴僵闁惧浚鍋嗛妴濠傗攽閻橆偄浜鹃梺鍛婄☉閻°劑寮查鍕€堕柣鎰絻閳锋梹淇婄仦鍌氬闁哄矉绻濆畷濂割敃閵忕姴绠扮紓鍌欑劍椤ㄥ懘藝闂堟稓鏆︽慨姗嗗弿缁憋絽霉閿濆嫯顒熷ù鐓庢喘濮婃椽宕ㄦ繝鍌滅懆濠碘槅鍋呯换鍫ョ嵁閹版澘閱囬柡鍥╁枑濞呮牗绻涙潏鍓хК婵炲拑缍佸畷鈥斥堪閸喎鈧敻鏌i姀鐘典粵闁搞倐鍋撻梻浣规偠閸斿秶鎹㈤崟顓炲灊閻犲洤寮弮鍌楀亾閿濆骸澧伴柨娑虫嫹
547闂傚倷绀佸﹢閬嶃€傛禒瀣;闁瑰墽绮埛鎺楁煕閺囨娅呴柣蹇d邯閺岋絽螖閳ь剟鏌婇敐澶婄疇闁规崘顕х粈鍐┿亜韫囨挻顥滈柣鎾寸洴濮婃椽宕楅崗鑲╁嚒闂佸摜鍣ラ崑鍕偩閻戣姤鏅搁柨鐕傛嫹1130缂傚倸鍊风粈渚€藝椤栨粎鐭撻柣銏㈩暯閸嬫捇宕归锝囨闂侀€炲苯澧叉い顐㈩槺閸犲﹤顓兼径濠冭緢闂侀€炲苯澧撮柡灞稿墲瀵板嫮鈧綆浜滈~搴♀攽閻愯尙澧涢柛銊ョ仢閻g兘鏁撻悩鑼槰閻熸粌绻掔划娆撳炊閳哄啰锛滄繝銏f硾閿曪附鏅ラ梻浣告啞鑿ч柛濠冪墱缂傛捇鎸婃竟鈺傛瀹曨亝鎷呯憴鍕В闂備礁婀遍崢褔鎮洪妸鈺佺闁割偅娲栭悞鍨亜閹寸偛顕滅紒浣哄閵囧嫰顢曢姀鈺佸壉闂佹寧绋掗崝娆撶嵁鐎n噮鏁嶆繝濠傛媼濡查攱绻濋悽闈涗沪闁搞劌缍婂顐ょ矙濡數鍎ょ换婵嬪炊閵娿儲顓洪梺鍝勵槸閻楁粓宕戦幒妤€鍚归柡鍐ㄧ墛閻撳繘鏌涢埄鍐╃闁稿繐鐬肩槐鎺楊敊閸忓浜鹃悺鎺嶆祰椤骞嗛弬搴撴闁圭儤鍨虫竟鏇熺箾鏉堝墽鎮奸柡鍜佸亜鍗遍柛顐犲劜閻撴洟鏌熼悜妯诲鞍闁稿濞€閺屽秷顧侀柛蹇旂〒濞嗐垹顫濈捄娲7婵°倧绲介崯顖炲箠濮樻墎鍋撻獮鍨姎闁哥喓濞€瀹曟垿骞樼€涙ê顎撻梺缁樺灦閿氶柍褜鍓涢崑鐔煎焵椤掑喚娼愰柟顔肩埣瀹曟洟顢涢悙鑼姦濡炪倖鍨奸崕濠氬礂鐏炰勘浜滈柟鎯х摠閸婃劙鏌熼鑲╁煟鐎规洟浜堕獮鍥Ω閵夈倕顥氬┑鐐舵彧缁茬偓绂嶉懞銉ь浄闁挎洍鍋撻棁澶愭煕韫囨洖甯堕柟鍏兼倐閺屽秷顧侀柛蹇旂☉闇夐柛銉墮绾惧ジ鏌曟繝蹇曠暠妞ゆ洝椴搁幈銊ノ熺粙鍨闂佺ǹ顑嗛幐濠氬箯閸涱垱鍠嗛柛鏇ㄥ墰閺嗘岸姊绘担鍝勫付鐎殿喗鍎奸妵鎰板礃椤忓棛澶勬俊銈忕到閸燁垶宕戦悩缁樼厱闁斥晛鍟慨鈧梺绋款儐閹稿骞忛崨瀛樺仾妞ゆ牗鑹剧粻鎴︽⒒娴e憡鎯堥柛濠勄圭叅闁靛繈鍊曢悞鍨亜閹寸偛顕滅紒浣规緲椤法鎲撮崟顒€纾抽悗娈垮枤閺佸銆佸☉妯滅喎鐣℃0浣割棜濠电偠鎻紞鈧い顐㈩樀閹繝鍩€椤掑嫭鈷掗柛灞捐壘閳ь兛绮欓、娆愮節閸曨剦娼熼梺鍓插亝濞叉牜绮荤紒妯镐簻闁圭偓娼欓ˉ姘舵煕鐎n偅灏伴柟宄版嚇瀹曠兘顢樺┃鎯т壕濠电姴娲﹂崐鍨箾閹存繄鏋冪紒鈧€n喗鐓冪憸婊堝礂濞戞氨鐭嗗ù锝堟〃閻掑﹪鏌熷▓鍨灀闁稿鎸搁埥澶屸偓鍦Х椤︿即姊洪柅鐐茶嫰閸樺憡绻涢弶鎴炲枠妞ゃ垺锕㈠畷顐﹀Ψ瑜岀粭澶娾攽鎺抽崐鎾绘倿閿旀崘濮虫慨妯垮煐閻撳繘鏌涢埄鍐╃妞わ讣濡囬埀顒€婀辨灙妞ゎ厼鍢查悾鐑芥晲閸ワ附鍕冮梺绋挎湰椤ㄥ懏绂嶉幆顬″綊鏁愰崨顔兼殘闂佸憡娲熺粻鏍蓟閿濆鍊烽柛娆忣樈濡垿姊洪柅鐐茶嫰閸樻悂鏌i幒鐐电暤鐎殿噮鍓熷畷鎺戭潩閿濆棛鍙冩繝娈垮枤閹虫挸煤閻樿纾婚柟鎯х摠婵挳鏌涘☉姗堟敾闁革絾鎮傞弻锝嗘償閵忕姴鏋欓柣鐘冲姉閸犳牠宕洪埀顒併亜閹寸偛顕滄い锕傤棑缁辨挸顓奸崪浣稿壎闂佺娅曢悧鐘诲箠閻樻椿鏁嗛柛鎰亾閽戝绱撻崒娆戝妽闁告劕顭烽獮蹇涙晸閿燂拷28缂傚倸鍊风欢锟犲磻婢舵劦鏁嬬憸鏃堛€佸Δ鍛亜闁惧繐婀遍悡瀣⒑鐟欏嫭鍎楅柛銊ョ-婢规洟鏁撻敓锟�
相关话题/基因 网络 生物 健康 细胞

  • 领限时大额优惠券,享本站正版考研考试资料!
    大额优惠券
    优惠券领取后72小时内有效,10万种最新考研考试考证类电子打印资料任你选。涵盖全国500余所院校考研专业课、200多种职业资格考试、1100多种经典教材,产品类型包含电子书、题库、全套资料以及视频,无论您是考研复习、考证刷题,还是考前冲刺等,不同类型的产品可满足您学习上的不同需求。 ...
    本站小编 Free壹佰分学习网 2022-09-19
  • 痰标本mecA和Sa442基因的定量PCR检测结果与MRSA培养结果的关联
    摘要/Abstract摘要:目的·通过定量检测痰标本中mecA和Sa442基因,分析耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillinresistantStaphylococcusaureus,MRSA)的感染状态以及临床意义。方法·痰标本经裂解获取DNA,定量PCR(quantitativePCR, ...
    本站小编 Free考研考试 2022-02-12
  • 促进脐血造血干/祖细胞植入策略的研究进展
    摘要/Abstract摘要:脐血移植(cordbloodtransplantation,CBT)已广泛地应用于儿童及成人恶性及非恶性血液病的治疗。与其他来源的造血干/祖细胞移植相比,行CBT后造血系统及免疫系统重建较缓慢且存在一定的植入失败率,从而增加了患者感染等导致的移植相关死亡率。因此,如何促进 ...
    本站小编 Free考研考试 2022-02-12
  • 白介素-10受体A基因突变致新生儿极早发炎性肠病2例
    摘要/Abstract摘要:病例1:男,36d,2019年4月因“反复腹泻伴便血14d”就诊。查体见营养不良,口腔散在溃疡,肛周红肿,有波动感。入院后行肛周引流术。结肠镜检查见全结肠多发溃疡隆起性病变,基因检测提示白介素-10受体A基因突变(c.301C>T,c.537G>A),诊断为极早发炎性肠病 ...
    本站小编 Free考研考试 2022-02-12
  • 脐静脉内皮细胞外泌体对炎症因子刺激下前软骨细胞凋亡的影响
    摘要/Abstract摘要:目的·探讨脐静脉内皮细胞外泌体对炎症刺激下小鼠前软骨细胞ATDC5凋亡的影响。方法·采用试剂盒分离人脐静脉内皮细胞(humanumbilicalveinendothelialcell,HUVEC)外泌体,采用Westernblotting检测外泌体标志蛋白肿瘤易感基因10 ...
    本站小编 Free考研考试 2022-02-12
  • 基于单细胞RNA测序的结直肠癌预后预测模型的建立和验证
    摘要/Abstract摘要:目的·基于单细胞RNA测序(singlecellRNAsequence,scRNA-seq)技术构建结直肠癌预后预测模型。方法·利用GEO(GeneExpressionOmnibus)数据库获取结直肠癌样本的scRNA-seq数据集,筛选与结直肠癌转移相关的差异基因作为预 ...
    本站小编 Free考研考试 2022-02-12
  • Ⅰ期食管鳞癌的生物学特征和外科治疗结果
    摘要/Abstract摘要:目的·回顾Ⅰ期食管鳞癌患者的外科治疗结果,分析此类早期肿瘤的临床生物学特征,并确定外科治疗是否是值得推荐的治愈性策略选择。方法·回顾性分析上海交通大学附属胸科医院2015年—2019年的379例Ⅰ期食管鳞癌外科患者临床资料。分期定义按照《美国癌症联合委员会分期手册》第8版 ...
    本站小编 Free考研考试 2022-02-12
  • 不同年龄2型糖尿病患者牙周健康流行病学调查
    摘要/Abstract摘要:目的·调查不同年龄2型糖尿病人群的牙周整体健康水平,探讨年龄对糖尿病患者牙周炎患病率的影响及相关危险因素。方法·对2018年11月—2018年12月至上海交通大学附属第六人民医院内分泌科就诊的2型糖尿病患者进行牙周检查及问卷调查。对指数牙的相关牙周指标进行检查和计分,检查 ...
    本站小编 Free考研考试 2022-02-12
  • 原位生物打印的研究进展与前景
    摘要/Abstract摘要:生物打印是一种新兴的生物制造技术,推动了许多创新并为再生医疗开辟了新途径。生物打印的目的是在体外制造移植物,然后将其植入体内,然而一直以来离体组织的培养及血管化都存在难以彻底解决的问题。为了解决这一难题,研究者们提出了原位生物打印的概念,将组织直接打印在受伤或缺损的部位, ...
    本站小编 Free考研考试 2022-02-12
  • 上海市社区中老年人群健康的血管衰老和心血管疾病患病风险的相关性研究
    摘要/Abstract摘要:目的·研究上海市社区中老年人群健康的血管衰老(healthyvascularaging,HVA)与心血管疾病患病风险的相关性。方法·对上海市嘉定社区9922名40岁及以上常住居民进行问卷调查、体格检查、生化指标检测及臂-踝脉搏波传导速度(brachial-anklepul ...
    本站小编 Free考研考试 2022-02-12
  • 伴刀豆球蛋白A诱导肝细胞损伤的磷酸化蛋白质组学研究
    摘要/Abstract摘要:目的·研究伴刀豆球蛋白A(concanavalinA,ConA)诱导肝细胞损伤过程中全细胞蛋白质的磷酸化修饰水平的变化规律。方法·将小鼠肝细胞株AML12与ConA(10μg/mL)共培养,诱导肝细胞损伤模型,12h后提取细胞的总蛋白,经消化酶解后富集肽段,并使用高效液相 ...
    本站小编 Free考研考试 2022-02-12