蛋白质组学是在基因组学的基础上研究蛋白质的表达与功能的科学，是建立在cDNA阵列mRNA表达谱的基因功能分析，蛋白质与蛋白质相互作用分析到蛋白质表达、测序和结构分子等诸多不同实验方法相互融合基础上的科学，主要包括结构蛋白质组学和功能蛋白质组学。本课程主要讲述蛋白质组学的研究背景和特点、动物蛋白质组学的样品制备方法、二维凝胶电泳技术及毛细管电泳技术、二维凝胶电泳图像分析技术、蛋白质的质谱技术鉴定方法，翻译后修饰、蛋白质与蛋白质互作、蛋白质生物信息学及蛋白质组学技术在动物科学及生命科学领域中的应用等方面。其中特殊蛋白质样品的制备方法、二维凝胶电泳技术、生物质谱技术鉴定蛋白质和蛋白质间互作是本门课程讲授的重点内容。本门课的教学目的是通过对蛋白质组学技术的学习，使研究生掌握蛋白质组学产生的背景、基本原理、主要研究内容和基本研究方法，充分了解蛋白质组学技术在动物科学与农业科学领域中的应用及发展趋势。

教学内容和基本要求及供参考的学时要求。第一章：蛋白质组学概论（4学时）第一节：蛋白质组学与基因组学第二节：蛋白质组学的研究历史和背景第三节：蛋白质组学的概念第四节：蛋白质组学在动物科学中的应用第五节：蛋白质组学的特点与难点第六节：蛋白质组学研究的基本方法及发展趋势要求：重点掌握蛋白质组学的概念和发展趋势，尤其是要理解蛋白质组学研究内容与传统蛋白质化学研究的区别。要了解蛋白质组学与基因组学、蛋白质组学在动物科学中的应用。第二章：蛋白质组学样品的制备方法（4学时）第一节：概述第二节：样品裂解中成分分析第三节：细胞裂解法第四节：蛋白质提取与纯化第五节：亚细胞分离与蛋白提取要求：掌握不同组织、细胞材料样品破碎的方法，重点掌握离液剂（样品裂解液）中各种组分（离液剂、还原剂、去污剂、两性电解质等）功能、裂解液配制原则和蛋白质提取过程中各类杂质消除方法。需要了解低拷贝蛋白、疏水蛋白和亚细胞蛋白的分离方法。第三章：蛋白质组研究的凝胶与非凝胶技术（6学时）第一节：概述第二节：双向凝胶电泳第三节：胶上蛋白质检测第四节：双向电泳中的问题与原因分析第五节：非凝胶色谱技术第六节：非凝胶电泳要求：重点掌握蛋白质等电聚焦基本原理和设定原则，了解双向电泳主要设备的性。掌握常规的染色方法，了解不同染料检焦蛋白的灵敏度范围和优缺点。掌握电泳和染色过程中出现问题的解决办法。了解一维色谱、多谱色谱和毛细管电泳的基本原理。第四章：电泳图谱的图像分析（4学时）第一节：概述第二节：蛋白电泳图像分析第三节：图像分析技术要点第四节：2D数据库和网上比较第五节：2D蛋白质质谱数据库构建要求：熟练掌握目前主要图像分析软件的主要特点、使用方法以及分析上调蛋白与下调蛋白的方法，掌握电泳凝胶的网上比较方法。第五章：生物质谱技术和蛋白质鉴定（6学时）第一节：概述第二节：生物质谱基本原理和工作模式第三节：质谱分析完整蛋白质和多肽第四节：质谱法对蛋白质一级结构的分析及鉴定第五节：质谱前蛋白质或多肽样品制备方法第六节：主要质谱相关技术分析方法要求：掌握各类生物质谱技术的基本原理、尤其要掌握应用肽指纹技术、肽序列标签技术和串联质谱技术鉴定蛋白的原理和方法。了解质谱前蛋白质或多肽样品制备方法和主要步骤。第六章：定量蛋白质组学（2学时）第一节：概述第二节：体内标记第三节：体外标记第七章：蛋白质组研究中翻译后修饰分析 （4学时）第一节：磷酸化蛋白质组研究第二节：糖基化蛋白质组研究第八章：蛋白质相互作用 （4学时）第一节：概述第二节：蛋白质免疫共沉淀第三节：酵母双杂交第四节：蛋白质芯片第九章： 作为动物遗传和育种工具的蛋白质组学（2学时）第一节：动物遗传多样性分析 第二节：基因组的表达 第三节：遗传作图和候选蛋白第四节：方法学进展和动物蛋白数据库要求：掌握动物生物信息学的主要内容，了解动物遗传和育种工具的蛋白质组学基本原则和主要蛋白质数据的特点。

开卷考试或闭卷考试，作业为主要考核形式。考核成绩有两部组成：考试成绩占70%，作业成绩占30%。

• 教材：《蛋白质组学》，钱小红主编，科学出版社，2002年9月教学参考书：1、《生物信息学》，郝柏林等编著，2000， 10，上海科学技术出版社 2、《基因组学》，王庆饶主编， 2002， 11， 科学出版社