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上海交通大学生命科学技术学院硕士课程内容介绍《微生物菌种选育》

上海交通大学 免费考研网/2012-12-29

《微生物菌种选育》

课程代码X080511学分/学时2.0/36开课时间秋
课程名称微生物菌种选育
开课学院生命科学技术学院
任课教师欧竑宇
面向专业微生物学、生物化工、药物学、分子生物学、生物信息学
预修课程(null)
课程讨论时数8 (小时)课程实验数0 (小时)
课程内容简介

课程内容简介从"微生物功能基因组学"视角看"微生物遗传育种"这个老问题。结合现代基因工程技术和生物信息学方法，介绍在基因组学、代谢组学、蛋白质组学和合成生物学背景下，微生物菌种选育研究中涌现的新方法和新思路 (参考英文简介)。本课程将丰富以生物学为主要背景学生的微生物知识体系，帮助学生掌握分析大量数据的生物信息学基本方法，探讨分子微生物学前沿问题，以启发学生的独立思考能力。

课程内容简介（英文）

课程内容简介（英文）In this course we link the "Microbial Functional Genomics" with the original concept of "Microbial Breeding" for the improvement of secondary metabolite-producing strains. Distinctly different to the traditional breeding strategy based on mutation and screening, we are discussing various state-of-the-art approaches involved in gene cloning and heterologous expression, transposon mutagenesis, genome annotation and comparison, metabolic network and proteome analysis, and combinatorial biosynthesis. Remarkably, the powerful bioinformatics techniques are illustrated for mining bacterial genome sequences, including methods for in silico prediction of microbial PKS/NRPS biosynthetic pathways from DNA sequence data, and adaption of codon usage of a target gene to its potential expression host.

教学大纲

教学大纲第一章微生物育种的遗传学原理 (4个学时)第一节微生物遗传多样性第二节基因组结构及测序第二章微生物育种技术 (10个学时)第一节常规诱变育种技术第二节基因重组育种技术第三节体外重组DNA技术第四节抗生素生物合成基因的克隆策略第五节转座子诱变技术第三章组学技术在微生物育种中的应用 (8个学时)第一节全基因组比较分析技术第二节代谢网络分析及发酵过程优化第三节蛋白质组分析技术第四章生物信息学技术在微生物育种中的应用(6个学时)第一节生物信息学数据库及常用工具第二节目的基因密码子使用的优化第三节计算机辅助PKS和NRPS生物合成途径的预测第五章研究前沿讨论 (8个学时)(暂定如下4个热点议题: 人工基因组与必需基因, 2个学时; 基因水平转移, 2个学时;其余两个议题待定, 4个学时)

课程进度计划

课程进度第一章微生物育种的遗传学原理 第一节微生物遗传多样性 (2个学时)第二节基因组结构及测序 (2个学时)第二章微生物育种技术 第一节常规诱变育种技术 (2个学时)第二节基因重组育种技术 (2个学时)第三节体外重组DNA技术 (2个学时)第四节抗生素生物合成基因的克隆策略 (2个学时)第五节转座子诱变技术 (2个学时)第三章组学技术在微生物育种中的应用 第一节全基因组比较分析技术 (4个学时)第二节代谢网络分析及发酵过程优化 (2个学时)第三节蛋白质组分析技术 (2个学时)第四章生物信息学技术在微生物育种中的应用第一节生物信息学数据库及常用工具 (2个学时)第二节目的基因密码子使用的优化 (2个学时)第三节计算机辅助PKS和NRPS生物合成途径的预测 (2个学时)第五章研究前沿讨论 (暂定如下4个热点议题: 人工基因组与必需基因, 2个学时; 基因水平转移, 2个学时;其余两个议题待定, 各2个学时)

课程考核要求

课程考核要求1.本课程讨论部分将学生分成四个小组，培养团队合作能力。每位学生均各自准备综述,每一小组选出优秀代表作口头报告, 所有学生参与共同讨论，拓宽课程内容。2.本课程要求学生结合本专业的特点和所研究的课题，选择常用生物信息学工具自己上机实习, 熟悉其在生物序列分析中的应用。3.课程成绩将综合学生平时上课表现，综述讨论和考试成绩等多个部分。

参 考 文 献
  • 参 考 文 献1.Tobias Kieser et al. Practical Streptomyces Genetics. ISBN: 0-7084-0623-8, John Innes Centre, Norwich UK, 20002.周集中等著, 张洪勋和赵立平等译. 微生物功能基因组学, ISBN：9787502599218, 化学工业出版社 2007
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