上海交通大学体育系成立于1986年，现为交大直属系之一。经过十多年的建设，已经形成了拳操、小球、田径、大球等四个教研室，1998年建立了交大体育科研所（含图书资料室），2002年成立了“上海交大学生体质健康检测中心”和 “上海交通大学国际乒乓球交流中心”。
2000年被批准为硕士学位授予点，开始招收体育教育训练学专业的硕士研究生。现有教师68人，其中教授5人，副教授27人。其中具有博士学位1人，在读博士研究生1人，具有硕士学位9人，在读硕士研究生4人。
近5年来，体育系在教学、科研、运动竞赛、群体等方面取得一系列成果，共发表学术论文200多篇，承担国家级课题6项，出版教材和专著20余本。2001年荣获国家级优秀教学成果二等奖和上海市优秀教学成果一等奖；2004年“大学体育”课程获得国家级精品课程。
1998年以来，我校获得省市级金牌272枚，世界级金牌24枚；连续三届蝉联全国大学生运动会“校长杯”，并在2000年、2004年以团体总分第一夺得全国高校冠军。