上海交通大学药学院是由上海交通大学和上海医药工业研究院于2000年2月26日共建成立的上海交通大学的一个二级学院，主要任务是招收和培养本科生、研究生（硕士、博士），学科建设、科学研究、技术开发和成果产业化等。

　　药学院是在全国深化科研、教育体制改革的形势下，为了更好地发展我国的医药工业，配合上海市在二十一世纪重点发展生物医药产业的战略部署而建立的。在办学过程中我们本着教科联手、强强联合、学科互补、资源共享的原则，结合大学的人才培养优势与科研院所的研究开发优势，建设高水平的医药学科，培养高层次、复合型人才，建立产学研一体的研究开发中心，加速高新技术产业化，促进科研、教育体制改革，争取探索出一条高校和科研院所合作的新途径。

　　药学院是在上海交通大学和上海医药工业研究院组成理事会领导下的二级学院，学院的办学方向、办学规模、学科建设、科研开发、成果产业化、学院院长人选等重大事项，由理事会研究决定。学院管理人员由双方推选，经理事会决定，由上海交通大学任命。日常办学由上海交通大学统筹。

　　药学院学术顾问委员会由双方单位和中国科学院的专家学者组成，包括许文思、侯惠民、周后元、陈亚珠、嵇汝运、陈凯先、杨胜利等中国科学院和中国工程院院士。

　　药学院成立以后，在国内外招聘了一批年轻的博士和学术带头人，与交通大学原有的药学师资力量组成了基本教师队伍。上海医药工业研究院选派了部分科技人员担任学院的兼职教授（包括3名中国工程院院士）。目前药学院有教授12人，兼职教授10人，副教授9人，专任教师具有博士学位的比例超过80％。可以招收‘药学’专业本科学生，具有‘药物化学’、‘药剂学’、‘药理学’、‘微生物与生化药学’、‘中药学’、‘药物输送及代谢动力学’6个硕士学位点，和‘药物输送及代谢动力学’、‘药物化学（与医工院共享）’、‘药剂学（与医工院共享）’、‘微生物与生化药学（与医工院共享）’4个博士点，每年可招收50名左右硕士和博士研究生。另外还具有‘制药工程’方向的工程硕士授予权。