上海中医药大学基础医学院与上海中医药研究院中医基础理论研究所实行院所合一的管理体制。拥有21个教研室，4个研究室，2个研究组，此外还有创建于1937年，为全国高校首屈一指的上海中医药大学医史博物馆。我院现有教职员工近200人，其中正教授（含研究员）32人，副教授（含副研究员）17人。本院为中医博士后流动站，目前已接受2名研究人员。设有6个博士点，14个硕士点。本院有中医基础理论和中医内科（辩证规律）2个上海市教委重点学科，其中中医基础理论还是中医药管理局重点学科，已获学科建设经费240万元。最近经国家教委审核，专家组论证通过评定为全国理科基础学科科学研究和教学人才培训基地，将获基地建设经费500万，本院承担全校所有临床专业和中药专业的基础医学教学，还设有中医基础医学专业。在教学方面，我院许多学科在全国中医院校中居领先地位。我院还担任了全国规划教材《中医基础理论》等六门课程的主编。自93年我院各学科为了适应教改需要，新开设了《基础医学实验技术》、《中医基础医学系列II》等22门选修课程。使我院基础医学教学在原有的基础上又提高了一个水平。

　　在科研方面，本院近十年来，中标科研课题累计117项，获科研经费200多万元，其中获局级以上成果奖37项，多年来，我院在开展肾与耳的研究、中医脉象研究、中医虚证研究、中医体质病理研究、中医学术史研究及创立有中医特色的解剖学研究等方面均取得可喜的成绩，学术水平居全国领先。

　　我院还广泛开展国内外学校交流，已与日本东洋医学会、马来西亚中医学院等建立了学术联系，并聘请了多名教授、专家任名誉教授与客座教授，双方多次进行访问及学术交流活动，我院也派出多名教授赴日本、韩国、新加坡、澳大利亚、美国等国家讲学。我院与第二军医大学建立了军民共建友好协作关系，经常就教学管理与教学方法开展交流。我院经常开展院内各种学术活动，开形成制度，全院学术气氛浓厚，近十年来，发表论文计800余篇，出版专著150余部。

　　本院是一个全国培养中医基础医学教学和科研人才，对中医各临床专业进行前期教学及配合中医临床科研进行应用基础研究的多功能实体，也是学校教学及科研的中坚力量和支柱。全院师生员工正以崭新的恣态，努力贯彻党的教育方针，面向世界，面向现代化，立足改革，为开拓未来而奋斗。